نبذة مختصرة : Os fungos endofíticos são micro-organismos encontrados no interior de tecidos vegetais de modo assintomático, estudados em uma grande variedade de plantas de interesse econômico. No sul da Bahia em sistema agroflorestal, o cacau (Theobroma cacao L.) é cultivado sob a sombra de espécies arbóreas nativas de Mata Atlântica após o raleamento do sub-bosque da floresta, no entanto, os agricultores veem substituindo as árvores sombreadoras nativas por espécies exóticas de valor econômico. Além disso trabalhos sobre a comunidade dos fungos endofíticos em agroflorestas no mundo são escassos. Este estudo teve por objetivo conhecer a comunidade de fungos endofíticos em folhas saudáveis de Cariniana legalis, Paubrasilia echinata e Guarea macrophylla presentes em sistema agroflorestal de cultivo de cacau (cabruca) na Bahia. As folhas foram lavadas em água corrente e detergente neutro e posteriormente fragmentadas em discos foliares (6 mm de diâmetro) e submetidas à desinfestação superficial com álcool 70% (30 s), hipoclorito de sódio 3% (NaOCl) (2 min e 30 s), novamente com álcool 70% (30 s) e a seguir lavadas com água destilada esterilizada. Os discos foram transferidos para placas de Petri contendo (Malte-Dextrose-Ágar) mais cloranfenicol (50 mg L-1). A análise morfológica foi realizada através de literatura especializada, posteriormente foi realizado o sequenciamento dos genes ITS (Internal Transcribed Spacer), TUB2 (β-tubulina) e GAPDH (Gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase) e análises filogenéticas para confirmação das espécies. Foram obtidos 662 isolados fúngicos distribuídos em 21 gêneros e 43 espécies, principalmente encontrados no filo Ascomycota. Colletotrichum representou o gênero com maior número de isolados, enquanto Diaporthe apresentou o maior número de espécies, sendo C. siamense (15,86%) a espécie mais frequente. Alguns isolados obtiveram baixas similaridades quando comparadas com outras sequências recuperadas do GenBank. Além disso, este é o primeiro relato de N. lacticolonia para a região Neotropical ...
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