Molecular characterization of chicken infectious anaemia virus (CIAV) in China during 2020–2021

Le virus de l'anémie infectieuse du poulet (CIAV) a été identifié comme l'agent causal de l'anémie infectieuse du poulet (CIA), causant d'énormes pertes économiques à l'industrie avicole dans le monde. Dans cette étude, un total de 573 échantillons cliniques ont été prélevés dans 197 élevages de poulets de chair dans 17 provinces de Chine au cours de la période 2020-2021. Parmi eux, 375 échantillons (375/573, 65,4 %) étaient positifs pour le CIAV par PCR en temps réel. Le taux positif de détection du CIAV entre les différentes régions de la Chine variait de 46,67 % (Chine du Nord) à 81,25 % (Chine centrale). Les séquences nucléotidiques du gène VP1 ont été obtenues pour 91 souches de CIAV, le séquençage du génome entier a été réussi pour 72 souches sur 91. L'analyse phylogénétique basée sur le gène VP1 a révélé que 91 souches de CIAV circulant actuellement en Chine appartiennent à trois génotypes (II, IIIa et IIIb), et que la plupart des souches de CIAV appartiennent au génotype IIIa. L'analyse phylogénétique de l'ensemble du génome a montré que 71 souches de CIAV appartiennent au génotype IIIa et une souche appartient au génotype II. L'analyse de séquence a montré plusieurs substitutions d'acides aminés dans les protéines VP1, VP2 et VP3. Nos résultats améliorent la compréhension de la caractérisation moléculaire de l'infection par le CIAV en Chine. FAITS SAILLANTS de la RECHERCHE Une étude systématique moléculaire du CIAV en Chine au cours de la période 2020-2021. Le génotype IIIa du IAV est le génotype prédominant en Chine. A molecular systematic survey of CIAV in China during 2020-2021. Le génotype IIIa du CIAV est le génotype prédominant en Chine.
El virus de la anemia infecciosa del pollo (CIAV) se ha identificado como el agente causante de la anemia infecciosa del pollo (CIA), causando enormes pérdidas económicas a la industria avícola a nivel mundial. En este estudio, se recogieron un total de 573 muestras clínicas de 197 granjas de pollos de engorde en 17 provincias de China durante 2020-2021. Entre ellos, 375 muestras (375/573, 65,4%) fueron positivas para CIAV por PCR en tiempo real. La tasa positiva de detección de CIAV entre diferentes regiones de China osciló entre el 46,67% (norte de China) y el 81,25% (centro de China). Las secuencias de nucleótidos del gen VP1 se obtuvieron para 91 cepas de CIAV, la secuenciación del genoma completo fue exitosa para 72 de 91 cepas. El análisis filogenético basado en el gen VP1 reveló que 91 cepas de CIAV que circulan actualmente en China pertenecen a tres genotipos (II, IIIa y IIIb), y la mayoría de las cepas de CIAV pertenecen al genotipo IIIa. El análisis filogenético de todo el genoma mostró que 71 cepas de CIAV pertenecen al genotipo IIIa, y una cepa pertenece al genotipo II. El análisis de secuencia mostró varias sustituciones de aminoácidos en las proteínas VP1, VP2 y VP3. Nuestros resultados mejoran la comprensión de la caracterización molecular de la infección por CIAV en China. LA INVESTIGACIÓN DESTACAUn estudio sistemático molecular de CIAV en China durante 2020-2021. El genotipo IIIa de CIAV es el genotipo predominante en China. Una encuesta sistemática molecular de CIAV en China durante 2020-2021. El genotipo IIIa del CIAV es el genotipo predominante en China.
Chicken infectious anaemia virus (CIAV) has been identified as the causative agent of chicken infectious anaemia (CIA), causing huge economic losses to the poultry industry globally. In this study, a total of 573 clinical samples were collected from 197 broiler farms in 17 provinces of China during 2020-2021. Among them, 375 samples (375/573, 65.4%) were positive for CIAV by real-time PCR. The positive rate of CIAV detection between different regions of China ranged from 46.67% (North China) to 81.25% (Central China). The nucleotide sequences of the VP1 gene were obtained for 91 CIAV strains, whole genome sequencing was successful for 72 out of 91 strains. Phylogenetic analysis based on the VP1 gene revealed that 91 CIAV strains currently circulating in China belong to three genotypes (II, IIIa and IIIb), and most of the CIAV strains belong to genotype IIIa. Phylogenetic analysis of the whole genome showed that 71 CIAV strains belong to genotype IIIa, and one strain belongs to genotype II. Sequence analysis showed several amino acid substitutions in both the VP1, VP2 and VP3 proteins. Our results enhance the understanding of the molecular characterization of CIAV infection in China. RESEARCH HIGHLIGHTSA molecular systematic survey of CIAV in China during 2020-2021.CIAV genotype IIIa is the predominant genotype in China. A molecular systematic survey of CIAV in China during 2020-2021. CIAV genotype IIIa is the predominant genotype in China.
تم تحديد فيروس فقر الدم المعدي بالدجاج (CIAV) كعامل مسبب لفقر الدم المعدي بالدجاج (CIA)، مما تسبب في خسائر اقتصادية هائلة لصناعة الدواجن على مستوى العالم. في هذه الدراسة، تم جمع ما مجموعه 573 عينة سريرية من 197 مزرعة دجاج في 17 مقاطعة صينية خلال الفترة 2020-2021. من بينها، كانت 375 عينة (375/573، 65.4 ٪) إيجابية لـ CIAV من خلال تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الفعلي. تراوح المعدل الإيجابي للكشف عن فيروس كورونا بين مناطق مختلفة من الصين من 46.67 ٪ (شمال الصين) إلى 81.25 ٪ (وسط الصين). تم الحصول على تسلسل النيوكليوتيدات لجين VP1 لـ 91 سلالة من سلالة CIAV، وكان تسلسل الجينوم بأكمله ناجحًا لـ 72 من أصل 91 سلالة. كشف التحليل الوراثي القائم على جين VP1 أن 91 سلالة من سلالة CIAV المتداولة حاليًا في الصين تنتمي إلى ثلاثة أنماط وراثية (II و IIIA و IIIB)، وأن معظم سلالات CIAV تنتمي إلى النمط الجيني IIIA. أظهر التحليل الوراثي للجينوم بأكمله أن 71 سلالة من سلالة CIAV تنتمي إلى النمط الجيني IIIA، وأن سلالة واحدة تنتمي إلى النمط الجيني II. أظهر تحليل التسلسل العديد من بدائل الأحماض الأمينية في كل من بروتينات VP1 و VP2 و VP3. تعزز نتائجنا فهم التوصيف الجزيئي لعدوى CIAV في الصين. يسلط البحث الضوء علىمسح منهجي جزيئي لـ CIAV في الصين خلال 2020-2021. النمط الجيني IIIA هو النمط الجيني السائد في الصين. مسح منهجي جزيئي لـ CIAV في الصين خلال 2020-2021. النمط الجيني IIIA لـ CIAV هو النمط الجيني السائد في الصين.