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Evaluating the Portability of Rheumatoid Arthritis Phenotyping Algorithms: A Case Study on French EHRs

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  • معلومة اضافية
    • Contributors:
      fabacher, thibaut; Groupe Méthodes en Recherche Clinique [Strasbourg] (GMRC); Nouvel Hôpital Civil de Strasbourg; Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS); I-Cube Research; Health data- and model- driven Knowledge Acquisition (HeKA); Inria de Paris; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)); École Pratique des Hautes Études (EPHE); Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité)-École Pratique des Hautes Études (EPHE); Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris Cité (UPCité); Centre de Recherche des Cordeliers (CRC (UMR_S_1138 / U1138)); Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg] (CHU Strasbourg); Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS); Sciences et Technologies des Langues - LISN (STL); Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN); Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
    • بيانات النشر:
      IOS Press, 2023.
    • الموضوع:
      2023
    • نبذة مختصرة :
      Previous work has successfully used machine learning and natural language processing for the phenotyping of Rheumatoid Arthritis (RA) patients in hospitals within the United States and France. Our goal is to evaluate the adaptability of RA phenotyping algorithms to a new hospital, both at the patient and encounter levels. Two algorithms are adapted and evaluated with a newly developed RA gold standard corpus, including annotations at the encounter level. The adapted algorithms offer comparably good performance for patient-level phenotyping on the new corpus (F1 0.68 to 0.82), but lower performance for encounter-level (F1 0.54). Regarding adaptation feasibility and cost, the first algorithm incurred a heavier adaptation burden because it required manual feature engineering. However, it is less computationally intensive than the second, semi-supervised, algorithm.
    • File Description:
      application/pdf
    • الرقم المعرف:
      10.3233/shti230263
    • Rights:
      CC BY NC
    • الرقم المعرف:
      edsair.doi.dedup.....35c8f11c155ea4825e5390d4cd55549f