طراحی و ارزیابی این سیلیکو آغازگرهای اختصاصی ژن HBZ ویروس 1-HTLV semi-nested PCR جهت. (Arabic)

Design and In-Silico Evaluation of Specific Primers for the HBZ Gene of HTLV-1 to Establish a semi-nested PCR Method. (English)

Background and Objectives HTLV-1 is the only known oncogenic human retrovirus, linked to ATL and HAM/TSP. Serological methods like ELISA and Western blot have sensitivity limitations, whereas PCRbased techniques offer more reliable detection. The HBZ gene, consistently expressed in ATL and asymptomatic carriers, correlates with proviral load. This study aimed to design specific primers targeting HBZ for a highly sensitive semi-nested PCR assay. Materials and Methods In a Cross-Sectional study, the HBZ gene sequence was identified using the NCBI GenBank database. Sequences from various viral isolates were aligned using MEGA6 bioinformatics software. Primers were designed from a conserved region shared by all HTLV-1 strains. Primer design and evaluation were conducted using Primer-BLAST, Primer3, OLIGO Analyze, SnapGene, and Gene Runner software. For the experimental phase, genomic DNA extracted from blood samples underwent a two-step semi-nested PCR. The PCR products were then analyzed using agarose gel electrophoresis. Results The primers designed for the HBZ gene successfully enabled the development of a semi-nested PCR assay. In silico predictions of primer performance were validated after synthesis and laboratory testing, with results aligning perfectly with the bioinformatics predictions. Conclusions This study demonstrates that the primers designed for the HBZ gene, combined with the seminested PCR method, provide an effective means for detecting the HTLV-1 provirus. Both the bioinformatics and laboratory results confirmed the specificity and sensitivity of the method, underscoring its potential for rapid and accurate HTLV-1 detection. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

سابقه و هدف ویروس لنفوتروپیک سلول انسانی نوع ۱ 1-HTLV) تنها رترو ویروس سرطان زای انسانی است که با بیماری هایی نظیر لوسمی لنفوم سلول T بالغین (ATL) و فلج اسپاستیک گرمسیری مرتبط می باشد. روشهای سرولوژیکی مانند الایزا و وسترن بلات ابزارهای رایجی برای تشخیص این ویروس هستند اما محدودیت هایی دارند. روشهای مبتنی بر PCR با شناسایی مستقیم ماده ژنتیکی ویروس حساسیت بالاتری ارائه می دهند. ژن HBZ ، که توسط رشته منفی پروویروس 1-HTLV کد میشود نقش مهمی در سرطان زایی دارد و برخلاف سایر ژنهای ویروسی دچار جهشهای مداوم نمیشود در این مطالعه ژن HB برای طراحی آغازگرهای اختصاصی و توسعه آزمایش semi-nested PCR بررسی شد. مواد و روشها در یک مطالعه مقطعی توالی ژن HBZ از ایزوله های گوناگون ویروس از پایگاه داده NCBI استخراج شد و با نرم افزار MEGA6 هم ردیف گردید. طراحی آغازگر از ناحیه محافظت شده مشترک بین تمامی سویه ها انجام شد. جهت ارزیابی آغازگرها از نرم افزارهای OligoAnalyzer و SnapGene استفاده گردید. در مرحله آزمایشگاهی DNA ژنومی استخراج شده از نمونه های خون مورد واکنش semi-nested PCR قرار گرفت و محصولات حاصل با روش الکتروفورز ژل آگارز ارزیابی گردید. یافته ها طراحی آغازگرهای ژن HBZ با استفاده از نرم افزارهای بیوانفورماتیکی به طور موفقیت آمیزی انجام شد. نتایج ارزیابی های این سیلیکو پس از سنتز و آزمایش آغازگرهای طراحی شده در آزمایشگاه تأیید شد و با نتایج پیش بینی شده بیوانفورماتیکی یکسان بودند. نتیجه گیری طراحی آغازگرهای ژن HBZ و توسعه آزمایش semi-nested PCR با موفقیت انجام شد. نتایج آزمایشگاهی پیش بینی های بیوانفورماتیکی را تایید کرده و کارآیی این روش را برای تشخیص دقیق و سریع ویروس نشان داد. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Scientific Journal of Iranian Blood Transfusion Organization is the property of Iranian Blood Transfusion Organization Research Center and its content may not be copied or emailed to multiple sites without the copyright holder's express written permission. Additionally, content may not be used with any artificial intelligence tools or machine learning technologies. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)