Contributors: Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD); Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro); Department of Biochemistry and Pharmacology, Bio21 Molecular Science and Biotechnology Institute; The University of Melbourne; Melbourne Bioinformatics Australia; University of Melbourne; Monash University Melbourne; Plateforme Génomique Environnementale et Fonctionnelle (GEF); Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR); Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP); Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro); The University of Alabama at Birmingham; Biologie évolutive et écologie des algues = Evolutionary Biology and Ecology of Algae (EBEA); Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Sorbonne Université (SU)-Universidad Austral de Chile-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR); Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Écologie et santé des écosystèmes (ESE); Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest
نبذة مختصرة : Many research questions in ecology and evolution require balancing sampling strategies between their spatial (how many populations? on which geographical, environmental gradients?), temporal (diachronic approaches), and genomic (how many and which loci?) dimensions. High-throughput molecular biology protocols often offer very good genomic coverage, but this is often only achievable at the expense of other sampling dimensions. This has led to the development of targeted genotyping strategies for SNP locus sets, in addition to whole or reduced genome sequencing strategies. We here present an adaptation of a protocol developed by the University of Melbourne for genotyping rare variants in human oncology to non model species for use in ecology and evolution. Hi-Plex is an amplicon sequencing technique (sensu Meek & Larson 2019) in which all loci are co-amplified in a multiplex reaction before Illumina or Ion Torrent sequencing (we used Illumina). Intermediate steps include dual indexing of individual samples used for demultiplexing.
_1.png)
Processing Request
No Comments.