Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading  Processing Request

On the development of computational tools for the study of protein-protein interactions and protein-protein binding

Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading   Processing Request
اقرأ أكثر حفظ في قائمتي
  • معلومة اضافية
    • Contributors:
      University/Department: Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
    • Thesis Advisors:
      Oliva Miguel, Baldomero
    • بيانات النشر:
      Universitat Pompeu Fabra, 2017.
    • الموضوع:
      2017
    • نبذة مختصرة :
      Proteins are involved in almost all cell processes, with physical interaction between them being key to their function and dictated by its 3D structure. Hence, the study of protein-protein interactions and protein-protein binding is crucial to fully understand biological systems. In this thesis, we present V-D2OCK, a fast and accurate data-driven docking tool for high throughput prediction of the structure of protein complexes. We have also studied the conformational space of potential encounter complexes by means of non-specific decoys obtained by docking in order to develop BADock, an accurate binding affinity predictor from the unbound individual structures. Finally, we have published online an integrated and centralized resource (InteractoMIX) that allows to the research community an easy access to a compendium of bioinformatic web applications to study protein-protein interactions.
    • نبذة مختصرة :
      Les proteïnes estan implicades en gairebé tots els processos cel·lulars, amb la interacció física entre elles clau per la seva funció i dictada per la seva estructura 3D. Per tant, l’estudi de la unió i les interaccions proteïna-proteïna és crucial per entendre completament els sistemes biològics. En aquesta tesi, es presenta V-D2OCK, una eina de “docking” dirigit ràpida i precisa per predir l’estructura de complexes de proteïnes a gran escala. També hem estudiat l’espai conformacional de possibles complexes transitoris per mitjà de resultats de “docking” no específics per tal de desenvolupar BADock, un predictor d’energia d’unió a partir de les estructures individuals per separat. Finalment, hem publicat online un recurs integrat i centralitzat (InteractoMIX) que permet a la comunitat investigadora l’accés fàcil a un conjunt de aplicacions web de bioinformàtica per l’estudi de interaccions proteïna-proteïna.
      Programa de doctorat en Biomedicina
    • File Description:
      application/pdf
    • Rights:
      ADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.
    • الرقم المعرف:
      edstdx.10803.565599