Subterranean species inventory in the molecular era / Inventaire des espèces souterraines dans l’ère moléculaire

Depuis les premières découvertes dans les années 1860 d’organismes souterrains en France, l’effort d’échantillonnage et d’identification des espèces souterraines est resté soutenu. Pourtant, l’inventaire des espèces est encore largement incomplet. Depuis les années 1990, la percée des méthodes moléculaires a révolutionné les concepts et les pratiques guidant l’inventaire des espèces. Ici, nous expliquons comment les méthodes moléculaires ont changé la façon de délimiter, d’identifier et d’échantillonner les espèces. Dans le cadre de la taxinomie intégrative, les espèces sont désormais délimitées à la fois sur des bases morphologiques et moléculaires. Les méthodes de délimitation moléculaire fournissent souvent beaucoup plus de taxons avec des aires de distribution plus restreintes que la morphologie. L’inventaire moléculaire des espèces est simultanément passé de l’échantillonnage des spécimens à celui de l’ADN environnemental (ADNe) et de l’identification d’un seul organisme (barcoding) à l’identification en masse de toute une communauté (metabarcoding). Toutefois, il existe encore un certain nombre de défis à relever pour que l’ADN environnemental et le metabarcoding soient appliqués en routine à l’inventaire de la biodiversité souterraine.
Since the first discoveries in the 1860s of subterranean organisms in France, there has been a sustained effort in sampling and identifying subterranean species. Yet, the species inventory is still largely incomplete. Since the nineties, breakthrough in molecular methods has revolutionized concepts and practices guiding species inventory. Here, we provide a brief overview of how molecular methods have changed ways of delimiting, identifying and sampling species. Within the framework of integrative taxonomy, species taxa are now routinely delimited both on morphological and molecular grounds. Molecular delimitation methods often provide many more taxa with smaller range size than morphology. Species molecular inventory has simultaneously shifted from the sampling of specimens to that of environmental DNA (eDNA) and from the identification of a single organism (i. e. barcoding) to the simultaneous identification of a whole community (i. e. metabarcoding). Yet, there are still a number of challenges to be addressed for eDNA and metabarcoding to be applied routinely to the inventory of subterranean biodiversity.