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The aim of the study was to detect the rDNA sequences and their regions in Histoplasma capsulatum, which could be considered species-specific and used as a molecular method for this diagnosis by the technique of nested polymerase chain reaction (nested PCR), employing specific sequences (primers) for H. capsulatum: 18S rDNA region (HC18), 100 kDa (HC100) and the sequence 5.8 S-ITS rDNA (HC5.8). The PCR sequences HC18, HC100 and HC5.8 resulted in a specificity of 100%. The molecular assays may increase the specificity, sensitivity and speed in the diagnosis of Histoplasmosis.O objetivo do estudo consistiu em detectar seqüências no ADNr e as suas regiões no Histoplasma capsulatum, que pudessem ser consideradas espécie-específicas e usadas como método molecular para o diagnóstico pela técnica da reação em cadeia da polimerase aninhada ("nested PCR") com seqüências específicas ("primers") para H. capsulatum: regiões 18S ADNr (HC18), 100kDa (HC100) e a seqüência 5.8 S ADNr-ITS (HC5.8). A "nested PCR" com as seqüências HC18, HC100 e HC5.8 resultaram em 100% de especificidade. Os ensaios moleculares podem aumentar a especificidade, sensibilidade e rapidez na diagnose da Histoplasmose.