مطالعه‌‌ی قدرت مهاری ترکیبات بیس ایندولی سنتتیک بر فرآیند فیبریلاسیون آمیلوئیدی با استفاده از روش‌های شبیه‌سازی مولکولی

تشکیل ساختارهای آمیلوئیدی به دلیل ایجاد بیماری‌هایی مانند آلزایمر، پارکینسون، و دیابت نوع 2، مورد توجه محققان است. از جمله مهارکننده‌های مهم، حلقه‌های ایندولی می‌باشند. مطالعات تجربی بر روی دو نوع ترکیب بیس ایندولی نشان داده است که ترکیب بیس ایندولیل 2-متیل فنیل متان (BI2MPM) مهارکننده‌ی فیبریلاسیون آمیلوئیدی پروتئین لیزوزیم است. اما ترکیب بیس ایندولیل 3-نیترو فنیل متان (BI3NPM) قدرت مهاری چندانیندارد. در این مطالعه با استفاده از روشهای داکینگ و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، میانکنش این دو لیگاند با پروتئین مدل شده‌ی آمیلوئیدی بررسی شد. روش داکینگ مولکولی تمایلی مشابه اما با جایگاه اتصالی متفاوت برای دو لیگاند نشان داد. اما نتایج دینامیک مولکولی نشان داد که لیگاند BI2MPMبا تخریب عمده ساختار بتای هسته های اولیه، موجب کاهش میانکنش بین آن‌ها و با افزایش تغییرات ساختاری در رشته‌های بتا باعث ناپایداری و توقف رشد فیبریلاسیون می‌گردد. اما ترکیب BI3NPM تغییرات اندکی بر ساختار هسته‌های فیبریلی اعمال می‌کند.