Contributors: Biologie, Epidémiologie et analyse de risque en Santé Animale (BIOEPAR); École nationale vétérinaire, agroalimentaire et de l'alimentation Nantes-Atlantique (ONIRIS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP); Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro); Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale); Inria Rennes – Bretagne Atlantique; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7); Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT); Department of Botany and Plant Sciences Riverside; University of California Riverside (UC Riverside); University of California (UC)-University of California (UC); Centre for Genomic Regulation - Centre de Regulació Genòmica Barcelona (CRG); Universitat Pompeu Fabra Barcelona (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico Barcelona (CNAG); Institut de Biologia Evolutiva Barcelona (IBE); Consejo Superior de Investigaciones Cientificas España = Spanish National Research Council Spain (CSIC)-Universitat Pompeu Fabra Barcelona (UPF); Department of Entomology CALS; College of Agriculture and Life Sciences Cornell University (CALS); Cornell University New York -Cornell University New York; Biologie Fonctionnelle, Insectes et Interactions (BF2I); Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); University of Miami Coral Gables; Universidad de la República Montevideo (UDELAR); Universitat de València (UV); Faculté des Sciences Mathématiques, Physiques et Naturelles de Tunis (FST); Université de Tunis El Manar (UTM); University of Rochester USA; Evolution, génomes, comportement et écologie (EGCE); Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire des Interactions Plantes Microbes Environnement (LIPME); Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut d'écologie et des sciences de l'environnement de Paris (iEES Paris); Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Santé et agroécologie du vignoble (UMR SAVE); Université de Bordeaux (UB)-Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV)-Ecole Nationale Supérieure des Sciences Agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); University of Rhode Island (URI); Universitat de Barcelona (UB); Boyce Thompson Institute Ithaca; Universität für Bodenkultur Wien = University of Natural Resources and Life Sciences Vienne, Autriche (BOKU); Center for Genomic Regulation (CRG-UPF); Centro de Investigación Biomédica en Red de Epidemiología y Salud Pública = Consortium for Biomedical Research of Epidemiology and Public Health (CIBERESP); Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats = Catalan Institution for Research and Advanced Studies (ICREA); Institut Sophia Agrobiotech (ISA); Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Côte d'Azur (UniCA); National Taiwan University Taiwan (NTU); Chang Gung Memorial Hospital Taipei (CGMH); Texas A&M University College Station; Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse (AMIS); Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Beijing Genomics Institute Shenzhen (BGI); China Agricultural University (CAU); MingDao University (MDU); University of Texas at Austin Austin; Trafic et signalisation membranaires chez les bactéries (MTSB); Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP); Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite (UMR BGPI); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro - Montpellier SupAgro; Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Sciences pour l'environnement (SPE); Université Pascal Paoli (UPP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Génome et Transcriptome - Plateforme Génomique (GeT-PlaGe); Plateforme Génome & Transcriptome (GET); Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Auzeville (GENOTOUL); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT); Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Auzeville (GENOTOUL); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Brigham & Women’s Hospital Boston (BWH)
نبذة مختصرة : Erratum: Correction to: The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest (BMC biology (2020) 18 1 (90)).An amendment to this paper has been published and can be accessed via the original article. DOI:10.1186/s12915-020-00864-7 / WOS:000570626800001PubMed ID: 32917281 ; International audience ; Background: Although native to North America, the invasion of the aphid-like grape phylloxera Daktulosphaira vitifoliae across the globe altered the course of grape cultivation. For the past 150 years, viticulture relied on grafting-resistant North American Vitis species as rootstocks, thereby limiting genetic stocks tolerant to other stressors such as pathogens and climate change. Limited understanding of the insect genetics resulted in successive outbreaks across the globe when rootstocks failed. Here we report the 294-Mb genome of D. vitifoliae as a basic tool to understand host plant manipulation, nutritional endosymbiosis, and enhance global viticulture.Results: Using a combination of genome, RNA, and population resequencing, we found grape phylloxera showed high duplication rates since its common ancestor with aphids, but similarity in most metabolic genes, despite lacking obligate nutritional symbioses and feeding from parenchyma. Similarly, no enrichment occurred in development genes in relation to viviparity. However, phylloxera evolved > 2700 unique genes that resemble putative effectors and are active during feeding. Population sequencing revealed the global invasion began from the upper Mississippi River in North America, spread to Europe and from there to the rest of the world.Conclusions: The grape phylloxera genome reveals genetic architecture relative to the evolution of nutritional endosymbiosis, viviparity, and herbivory. The extraordinary expansion in effector genes also suggests novel adaptations to plant feeding and how insects induce complex plant phenotypes, for instance galls. Finally, our understanding of the ...
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