The impact of social confinement measures on the control of COVID-19 in Portugal ; O impacto de medidas de confinamento social no controlo da COVID-19 em Portugal

Dissertation submeted to UNIVERSITY OF TRÁS-OS-MONTES AND ALTO DOURO for obtaining the degree of MASTER in Bioinformatics and Applications to Life Sciences, in accordance with DR – I série–A, Decreto-Lei n.º 74/2006 from 24th of March and the Regulation of Postgraduate Studies at UTAD DR, 2.ª série – Deliberation n.º 2391/2007 ; Este trabalho foca-se em dois objetivos principais. A análise de dados portugueses de hospitalização, de forma a compreender melhor a dinâmica de hospitalização do COVID-19 e assim criar parâmetros a serem utilizados em modelação matemática. E a construção de um aplicativo para facilitar o uso e divulgação dos modelos desenvolvidos pela equipa do projeto COVID-19 in-CTRL. Para a análise dos dados de internamento, os dados de Grupos de Diagnósticos Homogéneos (DRG) portugueses, relativos a um período de um ano (março 2020 a março 2021), foram tratatos e transformados de forma a permitir uma análise exploratória em que o tempo de permanência em hospital, tempo até a morte, taxas de letalidade, percentagem de pacientes que necessitaram de tratamento em Unidades de Cuidados Intensivos (UCI) e outras métricas relativas a hospitalização por COVID foram estudadas, para pacientes UCI e não UCI, de acordo com vários fatores como a idade, o género e a Administação Regional de Saúde (ARS) e também ao longo do tempo. Contagens de entradas, fatalidades, ocupação e outras métricas de evolução ao longo do tempo também foram analisadas. Durante a pandemia COVID-19 em Portugal, o grupo COVID-19 in-CTRL teve um importante papel na criação de modelos para prever o impacto de vários tipos de medidas de saúde pública para prevenir a propagação da pandemia e assim ajudar as autoridades portuguesas nas suas tomadas de decisão. Com o final do projeto o autor pretende preservar todo o trabalho realizado ao reimplementar, na linguagem de programação R, o motor utilizado para resolver os sistemas de equações diferenciais ordinárias (EDO) dos modelos matemáticos, de forma a permitir que futuros trabalhos, ...