Primer Design for Sequencing DENV-4 to Be Used in Molecular Epidemiology of Dengue Viruses in Jakarta

Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi karakteristik pasien demam berdarah dengue di Jakarta dan mengidentifikasi genotipe virus dengue serotype 4 (DENV 4) di Jakarta serta membuat desain primer DENV-4. Penelitian dilakukan secara potong lintang pada 100 pasien dengan hasil pemeriksaan NS-1 positif. Penelitian dilakukan di Departemen Mikrobiologi, Faculty of Medicine, Universitas Indonesia. Pengambilan data dilakukan pada bulan Maret-December 2010, virus sequencing dilakukan pada bulan Januari-Oktober 2011. Sampel dibagi berdasarkan hasil konfirmasi RT-PCR, jenis kelamin, usia dan tempat tinggal. Identifikasi virus dengue dan penentuan serotipe menggunakan RT-PCR. Penentuan genotipe DENV-4 dilakukan dengan melakukan sekuensing whole genome DENV-4 menggunakan software Genetyx. Pembuatan primer DENV-4dilakukan dengan program Primer Designer. Prevalensi demam berdarah dengue tertinggi terdapat pada usia 14-20 tahun (41,4%) dan pada pasien yang bertempat tinggal di Jakarta Timur. Ratio penderita perempuan dan laki-laki tidak menunjukkan perbedaan bermakna. Genotipe DENV-4 yang bersirkulasi di Jakarta adalah tipe II. Desain primer DENV-4 memiliki ukuran 406-692 pasang basa, tidak ada hairpin, formasi dimer dengan dua dan Tm yang berbeda yang berkisar antara 0-8 C.