Contributors: Unité de Nutrition Humaine (UNH); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA)-Clermont Université; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC); ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS); Fédération de recherche de Roscoff (FR2424); Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR); Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR); Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); MetaToul AXIOM (E20); ToxAlim (ToxAlim); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT); Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-MetaboHUB-MetaToul; MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Auzeville (GENOTOUL); Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Auzeville (GENOTOUL); Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Biologie du fruit et pathologie (BFP); Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Sciences et Technologies - Bordeaux 1 (UB); Plateforme Bordeaux Metabolome; Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-MetaboHUB-Bordeaux; MetaboHUB-MetaboHUB; Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss); Inria Rennes – Bretagne Atlantique; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7); Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA); Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes - UFR des Sciences et des Techniques (UN UFR ST); Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire Outils d'Analyse des Données (CEA, LIST) (LOAD (CEA, LIST)); Département Métrologie Instrumentation & Information (CEA, LIST) (DM2I (CEA, LIST)); Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)); Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Technologique (CEA) (DRT (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Laboratoire d'Intégration des Systèmes et des Technologies (LIST (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay; Plateforme Exploration du Métabolisme (PFEM); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-MetaboHUB-Clermont; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); This work was supported by Biogenouest R©, Lifegrid (Auvergne), and by the IDEALG project ANR-10-BTBR-04 , IFB ANR-11-INBS-0013 and MetaboHUB ANR-11-INBS-0010 grants.; Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (UdA). Clermont-Ferrand, FRA.; ANR-10-BTBR-0004,IDEALG,Biotechnologies pour la valorisation des macroalgues(2010); ANR-11-INBS-0013,IFB (ex Renabi-IFB),Institut français de bioinformatique(2011); ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011)
نبذة مختصرة : Paper reference: Giacomoni et al. (2014) Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for com- putational metabolomics. Bioinformatics http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu813 Paper reference: Giacomoni et al. (2014) Workflow4Metabolomics: A collaborative research infrastructure for computational metabolomics. Bioinformatics http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu813 ; In the context of an emergent and fast evolving science, the development of various tools dedicated to metabolomic data processing and data analysis increased. Because metabolomic analyses require a variety of steps involving various disciplines from analytical chemistry to statistics and bioinformatics, it requires many skills and expertise. However, despite this abundance of tools, standardization is lacking in these diversity of programs, as well as infrastructure to handle and link the different steps of metabolomic analyses. We recently implemented Workflow4Metabolomics (W4M), a collaborative online platform hosting and providing a full pipelinefor metabolomics from data preprocessing to annotation including statistical analysis. It is not designed to respond to only one specific type of metabolomic analysis, but to cover a maximum range of possible approaches - as metabolomics is a complex science that can be studied through various complementary analytical techniques. Thus, more than just gathering programs, W4M provides relevant combinations of generic and specific tools, a large part of which being developed and sustained by the partners providing this virtual research environment (VRE). Moreover, using Galaxy, a web-based platform technology, W4M provides modules from various sources and of various types. This platform allows hosted tools to be run and linked together via an instinctive and ergonomic interface, which is beneficial for both beginners and experts in metabolomics. W4M gets its strength from the collaboration of complementary teams from bioinformatics and metabolomics environment. Initiated by the ...
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