Effet dose-dépendant du di-n-butyl phtalate sur le développement embryo-larvaire du poisson zèbre (Danio rerio) : Intérêt de l’intégration de gradients de concentration dans les analyses transcriptomiques

International audience ; La question des doses d’exposition auxquelles les contaminants influencent le fonctionnement des organismes et affectent leur physiologie est centrale en écotoxicologie. Le développement constant d’outils d’analyses de données omiques permet aujourd’hui d’adopter des schémas expérimentaux de plus en plus complexes. Parmi ceux-ci, l’outils DRomics est spécifiquement dédié aux données établies selon des plans expérimentaux en dose-réponse, privilégiant le nombre de doses testées par rapport au nombre de réplicats par doses. Les travaux présentés s’intéressent aux conséquences de l’exposition d’embryons de poisson zèbre (Danio rerio) au di-n-butyl phtalate (DBP), un phtalate retrouvé dans les eaux de surface mondiales à des concentrations allant de quelques ng/L à quelques dizaines de μg/L sur certains sites. Des embryons ont été exposés dès le stade 256 cellules jusqu’au stade larvaire (5 jours post-fécondation), selon un plan expérimental incluant 5 concentrations d’exposition allant de 0 µg/L à la NOEC chez le poisson selon l’ECHA (100µg/L), et incluant des concentrations cohérentes avec les niveaux de contamination environnementale. Ce dispositif a généré un jeu de données transcriptomique par mRNAseq, permettant de comparer le statut transcriptionnel des larves à 5 jours post-fécondation. Ces données ont été analysées à l’aide de l’outil DRomics, permettant de (1) sélectionner les transcrits dont l’abondance répond de façon significative au gradient de DBP testé, (2) d’identifier les tendances d’évolution (linéaire, exponentielle, en cloche ou en U) de l’abondance de chaque transcrit le long du gradient de concentration testé et (3) de déterminer une dose d’effet critique (« benchmark dose ») pour chacun des gènes dérégulés par l’exposition au DBP. Cette approche permet notamment d’identifier les cohortes de gènes présentant un même profil de transcription en fonction de la concentration d’exposition et des cohortes de gènes dérégulés à partir d’une même dose d’effet critique. Ces ...