Comparative genomics of drug-resistant strains of Mycobacterium tuberculosis in Ecuador ... : علم الجينوم المقارن للسلالات المقاومة للأدوية من المتفطرة السلية في الإكوادور ...

Tuberculosis is a serious infectious disease affecting millions of people. In spite of efforts to reduce the disease, increasing antibiotic resistance has contributed to persist in the top 10 causes of death worldwide. In fact, the increased cases of multi (MDR) and extreme drug resistance (XDR) worldwide remains the main challenge for tuberculosis control. Whole genome sequencing is a powerful tool for predicting drug resistance-related variants, studying lineages, tracking transmission, and defining outbreaks. This study presents the identification and characterization of resistant clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis including a phylogenetic and molecular resistance profile study by sequencing the complete genome of 24 strains from different provinces of Ecuador.Genomic sequencing was used to identify the variants causing resistance. A total of 15/21 isolates were identified as MDR, 4/21 as pre-XDR and 2/21 as XDR, with three isolates discarded due to low quality; the main sub-lineage was LAM ... : السل مرض معدي خطير يصيب الملايين من الناس. على الرغم من الجهود المبذولة للحد من المرض، فقد ساهمت زيادة مقاومة المضادات الحيوية في استمرار الأسباب العشرة الأولى للوفاة في جميع أنحاء العالم. في الواقع، لا تزال الحالات المتزايدة للمقاومة المتعددة (MDR) والمقاومة الشديدة للأدوية (XDR) في جميع أنحاء العالم هي التحدي الرئيسي لمكافحة السل. تسلسل الجينوم الكامل هو أداة قوية للتنبؤ بالمتغيرات المتعلقة بمقاومة الأدوية، ودراسة السلالات، وتتبع الانتقال، وتحديد تفشي المرض. تقدم هذه الدراسة تحديد وتوصيف العزلات السريرية المقاومة للسل المتفطرات بما في ذلك دراسة ملف المقاومة الوراثية والجزيئية من خلال تسلسل الجينوم الكامل لـ 24 سلالة من مقاطعات مختلفة من الإكوادور. تم استخدام التسلسل الجيني لتحديد المتغيرات المسببة للمقاومة. تم تحديد ما مجموعه 15/21 عزلات على أنها MDR، و 4/21 على أنها ما قبل XDR و 2/21 على أنها XDR، مع التخلص من ثلاث عزلات بسبب انخفاض الجودة ؛ كان السطر الفرعي الرئيسي هو LAM (61.9 ٪) و Haarlem (19 ٪) ولكن تم تحديد الصفوف X و T و S. من بين سلالات ما قبل XDR و XDR الست، تجدر الإشارة إلى أن خمس سلالات تأتي من ...