Contributors: Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité (ISYEB); Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN)-École Pratique des Hautes Études (EPHE); Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles (UA); Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad); Muséum national d'Histoire naturelle (MNHN); Mauritius Herbarium; Royal Society of Arts and Sciences of Mauritius; Ministry of Agro-Industry and Food Security Mauritius; Royal Botanic Gardens Kew; Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM); European Regional Development Fund (ERDF contract GURDT I2016‐1731‐0006632; Région Réunion; Agropolis Foundation (Labex Agro—Montpellier, E-SPACE project number 1504-004 and MUSEOVIR project number 1600-004); European Community Research Infrastructure Action under the FP7 “Capacities” Program (grants GB-TAF-6437 and GB-TAF-7130.) & CIRAD/AI-CRESI- 3/2016; Ph.D. co-funded by ED 227, Muséum national d’Histoire naturelle and Sorbonne Université, Ministère de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation.; ANR-17-CE35-0009,MUSEOBACT,“Une nuit au musée”: mieux reconstuire les emergences de bactéries pathogènes des cultures grâce à des échantillons historiques(2017); ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010)
نبذة مختصرة : International audience ; Herbarium collections are an important source of dated, identified and preserved DNA, whose use in comparative genomics and phylogeography can shed light on the emergence and evolutionary history of plant pathogens. Here, we reconstruct 13 historical genomes of the bacterial crop pathogen Xanthomonas citri pv. citri (Xci) from infected Citrus herbarium specimens. Following authentication based on ancient DNA damage patterns, we compare them with a large set of modern genomes to estimate their phylogenetic relationships, pathogenicity-associated gene content and several evolutionary parameters. Our results indicate that Xci originated in Southern Asia ~11,500 years ago (perhaps in relation to Neolithic climate change and the development of agriculture) and diversified during the beginning of the 13th century, after Citrus diversification and before spreading to the rest of the world (probably via human-driven expansion of citriculture through early East-West trade and colonization).
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