Contributors: BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech; Unité de Recherche Génomique Info (URGI); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA); Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE); Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE); Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE); Département PEGASE LBBE (PEGASE); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE); Biodiversité, Gènes & Communautés (BioGeCo); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de Bordeaux (UB); Marc-Henri Lebrun (INRA-Bioger); Francis Martin (INRA, Interactions arbres/micro-organismes, Champenoux, France); Genoscope, Institut de Genomique, CEA, France; Agence Nationale de la Recherche ANR-07-GPLA-051G; ANR ANR-06-BLAN-0399, ANR-07-GPLA-015; Australian Grains Research and Development Corporation; NIH, National Library of Medicine; U.S. National Science Foundation DEB-0717476, IOS-0924861; 'Dothideomycete' community; INRA-SPE department; 'Leptosphaeria maculans' scientific and applied community
نبذة مختصرة : Fungi are of primary ecological, biotechnological and economic importance. Many fundamental biological processes that are shared by animals and fungi are studied in fungi due to their experimental tractability. Many fungi are pathogens or mutualists and are model systems to analyse effector genes and their mechanisms of diversification. In this study, we report the genome sequence of the phytopathogenic ascomycete Leptosphaeria maculans and characterize its repertoire of protein effectors. The L. maculans genome has an unusual bipartite structure with alternating distinct guanine and cytosine-equilibrated and adenine and thymine (AT)-rich blocks of homogenous nucleotide composition. The AT-rich blocks comprise one-third of the genome and contain effector genes and families of transposable elements, both of which are affected by repeat-induced point mutation, a fungal-specific genome defence mechanism. This genomic environment for effectors promotes rapid sequence diversification and underpins the evolutionary potential of the fungus to adapt rapidly to novel host-derived constraints.
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