Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading  Processing Request

Transposable element accumulation drives genome size increase in Hylesia metabus (Lepidoptera: Saturniidae), an urticating moth species from South America

Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading   Processing Request
  • معلومة اضافية
    • Contributors:
      Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM); Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes (IGEPP); Université de Rennes (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Rennes Angers; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro); Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT); Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics (GenScale); Inria Rennes – Bretagne Atlantique; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes); Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut Mines-Télécom Paris (IMT)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-IMT Atlantique (IMT Atlantique); Société Entomologique Antilles-Guyane (SEAG); Centre National de Ressources Génomiques Végétales (CNRGV); Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut de Génomique Fonctionnelle - Montpellier GenomiX (IGF MGX); Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-BioCampus (BCM); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire Ecologie, Evolution, Interactions des Systèmes amazoniens (LEEISA); Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Guyane (UG)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad); C. Perrier acknowledges INRAE CBGP for funding Omni-C analyses. M. McClure and M. Ariasacknowledge CNRS-MITI (Mission pour les Initiatives Transverses) for funding HiFi analyses.
    • بيانات النشر:
      CCSD
      Oxford University Press (OUP)
    • الموضوع:
      2024
    • Collection:
      Université de Guyane: HAL-UG
    • نبذة مختصرة :
      The nuclear and mitochondrial assemblies, and the HiFi, Omni-C and resequencing data will soon be available on NCBI under the BioProject ID PRJNA1132489. The nuclear and mitochondrial assemblies will also soon be available on the Bioinformatics BIPAA Platform, together with annotations of genes and repetitive elements, at: https://bipaa.genouest.org/sp/hylesia_metabus. ; International audience ; We present the first nuclear genome assembly and a complete mitogenome for Hylesia metabus (Arthropoda; Insecta; Lepidoptera; Saturniidae). The assembled nuclear genome sequence is 1,271 Mb long, which is among the 10 largest lepidopteran genome assemblies published to date. It is scaffolded in 31 pseudo chromosomes, has a BUSCO score of 99.5%, and has a highly conserved synteny compared to phylogenetically close species. Repetitive elements make up 67% of the nuclear genome and are mainly located in intergenic regions, among which LINEs were predominant, with CR1-Zenon being the most abundant. Phylogenetic and comparative analyses of H. metabus assembly and 17 additional Saturniidae and Sphingidae assemblies suggested that an accumulation of repetitive elements likely led to the increased size of H. metabus’ genome. Gene annotation using Helixer identified 26,122 transcripts. The Z scaffold was identified using both a synteny analysis and variations of coverage for two resequenced male and female H. metabus . The H. metabus nuclear genome and mitogenome assemblies can be found and browsed on the BIPAA website and constitute useful resources for future population and comparative genomics studies.
    • Relation:
      info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/39556100; BIORXIV: 2024.07.11.602864; PUBMED: 39556100
    • الرقم المعرف:
      10.1093/jhered/esae069
    • الدخول الالكتروني :
      https://cnrs.hal.science/hal-04792049
      https://cnrs.hal.science/hal-04792049v2/document
      https://cnrs.hal.science/hal-04792049v2/file/esae069.pdf
      https://doi.org/10.1093/jhered/esae069
    • Rights:
      http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/ ; info:eu-repo/semantics/OpenAccess
    • الرقم المعرف:
      edsbas.AEA1449