Contributors: Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des Arbres et de la Forêt (BioForA); Office national des forêts (ONF)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2 (UMR_9213 / UMR_1403)); Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Info&Sols (Info&Sols); Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Génétique et Biomasse Forestières ORléans (GBFOR); Laboratoire de Biologie des Ligneux et des Grandes Cultures (LBLGC); Université d'Orléans (UO)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Diversité, Adaptation et Amélioration de la Vigne AGAP (DAAV); Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM); ANR-10-LABX-0040,SPS,Saclay Plant Sciences(2010)
نبذة مختصرة : International audience ; Objective Black poplar (Populus nigra L.) is a species native to Eurasia with a wide distribution area. It is an ecologically important species from riparian ecosystems, that is used as a parent of interspecific (P. deltoides x P. nigra) cultivated poplar hybrids. Variant detection from transcriptomics sequences of 241 P. nigra individuals, sampled in natural populations from 11 river catchments (in four European countries) is described here. These data provide new valuable resources for population structure analysis, population genomics and genome-wide association studies. Data description We generated transcriptomics data from a mixture of young differentiating xylem and cambium tissues of 480 Populus nigra trees sampled in a common garden experiment located at Orléans (France), corresponding to 241 genotypes (2 clonal replicates per genotype, at maximum) by using RNAseq technology. We launched on the resulting sequences an in-silico pipeline that allowed us to obtain 878,957 biallelic polymorphisms without missing data. More than 99% of these positions are annotated and 98.8% are located on the 19 chromosomes of the P. trichocarpa reference genome. The raw RNAseq sequences are available at the NCBI Sequence Read Archive SPR188754 and the variant dataset at the Recherche Data Gouv repository under https:// doi. org/ 10. 15454/ 8DQXK5.
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