RNA:n, DNA:n ja proteiinien koon, pitoisuuden ja laadun määrityksen validointi Bioanalyzer 2100 -laitteelle

Opinnäytetyö tehtiin FICAM:lle, joka on Tampereen yliopiston lääketieteen ja biotieteiden tiedekuntaan kuuluva tutkimuskeskus. FICAM on eläinkokeille vaihtoehtoisten menetelmien asiantuntijakeskus, joka kehittää ja validoi in vitro kudos- ja elinmalleja. Kudos- ja elinmallit perustuvat erilaistettuihin kantasoluihin, joista rakennetaan useiden solutyyppien yhdistelmä soluviljelyssä. Malleista voidaan eristää mm. RNA:ta, josta tutkitaan esimerkiksi geeniekspressiota ja arvioidaan sytotoksisuutta. FICAM:iin oli hankittu bioanalysaattori RNA:n, DNA:n ja proteiinien koon ja määrän analysointiin, mutta laite ei ollut vielä GLP-käytössä. Opinnäytetyön tavoitteena oli todistaa bioanalysaattori hyväksyttäväksi GLP-käyttöön. Tarkoituksena oli validoida laite ja menetelmät RNA:n, DNA:n ja proteiinien pitoisuuden, koon ja laadun määritykseen. Menetelmiin valittiin sopivat kitit ja referenssiaineet laitteen käyttötarkoituksen perusteella. Tulosten perusteella arvioitiin järjestelmän toiminnan ja kittien toistettavuutta ja tarkkuutta. FICAM:in vaatimusten sekä Bioanalyzer 2100 -laitteen valmistajan, Agilent Technologies:in ilmoittamien arvojen perusteella validoinnille asetettiin hyväksymiskriteerit. Bioanalyzer 2100 läpäisi validoinnin hyväksymiskriteerit RNA:n DNA:n ja proteiinien koon, pitoisuuden ja eheyden määrityksessä. Laite sopii rutiinimenetelmiin sekä laadunvarmistukseen. Analyyseihin tarvitaan hyvin vähän reagensseja, mikä on kustannustehokasta sekä vaarallisen jätteen määrä vähenee. Jatkotoimenpiteenä laitteelle voidaan tarvittaessa validoida useampi kitti sen mukaan, millaisia näytteitä halutaan analysoida. ; This thesis was commissioned by FICAM, which is a GLP certified research facility in faculty of medicine and life sciences, University of Tampere. FICAM is specialized in developing and validating in vitro tissue and organ models to replace animal testing. From these models RNA, DNA and proteins can be isolated and analyzed to study gene and protein expression. Bioanalyzer 2100 (Agilent) was purchased for ...