Computational Analysis of DNA Origami Nanostructures using Atomic Model Building ; Computergestützte Analyse von DNA-Origami-Nanostrukturen mittels der Konstruktion von Atom Modellen

To address the accurate structural interpretation of cryogenic electron microscopy maps of DNA nanostructures we develop semi-automated protocols for molecular dynamics-based atomic model building. These models enable annotation and contextualization of the electron density, targeted inspection of isolated design motifs, structural comparison of design iterations, reproducible quantification of global object properties, and provide a reference for the validation of structure prediction models. ; Um die strukturelle Interpretation von Kryo-EM Daten von DNA-Nanostrukturen zu ermöglichen, entwickeln wir Molekular-Dynamik basierte, halb-automatische Protokolle zum Bau von Atom-Modellen. Diese Modelle erlauben die Annotation und Kontextualisierung der Elektronendichten, Inspektion isolierter Motive, den Vergleich unterschiedlicher Iterationen, reproduzierbare Quantifizierung globaler Eigenschaften, und bilden einen Referenz-Datensatz für die Validierung von Strukturvorhersage-Modellen.