Contributors: Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM); Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Génétique Moléculaire des Levures; Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Microbiologie et Génétique Moléculaire (MGM); Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Department of Genetics Saint-Louis; Washington University in Saint Louis (WUSTL); Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain (UCL); Department of Biology Utah; University of Utah; Models and Algorithms for the Genome (MAGNOME); Inria Bordeaux - Sud-Ouest; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Bordeaux (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique (LaBRI); Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Structure et évolution des génomes - UMR 8030 (SEG); CNS-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE); Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA); Architecture et Réactivité de l'ARN (ARN); Institut de biologie moléculaire et cellulaire (IBMC); Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Génomique d'Evry (IG); Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB); Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)); Institut de Biologie et de Technologies de Saclay (IBITECS); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay; Modèles et algorithmes pour la Bioinformatique et la Visualisation d'informations; (MABIOVIS); Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Bordeaux (UB)-École Nationale Supérieure d'Électronique, Informatique et Radiocommunications de Bordeaux (ENSEIRB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Université Louis Pasteur - Strasbourg I-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Microbiologie, adaptation et pathogénie (MAP); Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform; Institut Pasteur Paris (IP); Department of Membrane Transport Prague; Czech Academy of Sciences Prague (CAS); Laboratoire de chimie bactérienne (LCB); Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Consortium National de Recherche en Génomique - CNRG (Génoscope) CNRS (GDR 2354, Génolevures) ARC (grant 3738) Région Aquitaine (Pôle Recherche en Informatique, 20051306001AB) Bureau des ressources génétiques (grant 347, Diversité fongique) NIH NHGRI (Richard Wilson) James S. McDonnell Foundation (Mark Johnston); ANR-05-BLAN-0331,GENARISE,How do genes arise ? Lessons and questions from the evolution of yeast genomes.(2005)
نبذة مختصرة : International audience ; Our knowledge on yeast genomes remains largely dominated by the extensive studies on Saccharomyces cerevisiae and the consequences of its ancestral duplication, leaving the evolution of the entire class of hemiascomycetes only partly explored. We concentrate here on five species of Saccharomycetaceae, a large subdivision of hemiascomycetes, that we call "protoploid" because they diverged from the S. cerevisiae lineage prior to its genome duplication. We determined the complete genome sequences of three of these species, Kluyveromyces (Lachancea) thermotolerans and Saccharomyces (Lachancea) kluyveri (two members of the newly described Lachancea clade) and Zygosaccharomyces rouxii. We included in our comparisons the previously available sequences of Klyveromyces lactis and Ashbya (Eremothecium) gossypii. Despite their broad evolutionary range and significant individual variations in each lineage, the five protoploid Saccharomycetaceae share a core repertoire of ca. 3,300 protein families and a high degree of conserved synteny. Synteny blocks were used to define gene orthology and to infer ancestors. Far from representing minimal genomes without redundancy, the five protoploid yeasts contain numerous copies of paralogous genes, either dispersed or in tandem arrays, that, altogether, constitute a third of each genome. Ancient, conserved paralogs as well as novel, lineage-specific paralogs were identified.
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