Genome-wide association study of health traits in Fleckvieh cattle

Genomweite Assoziationsstudien (GWAS) sind Werkzeuge zur Identifizierung von QTL (Regionen im Genom, welche für quantitative Merkmale kodieren) auch für niedrig heritable Merkmale. Viele Gesundheitsmerkmale beim Rind ziegen eine niedrige Heritabilität und sind durch konventionelle Züchtung schwer zu verbessern. In der vorliegenede Studie wurden GWAS mit individuellen SNP Markern und Gruppen von solchen Markern für die Merkmale Langlebigkeit, Fruchtbarkeit und das Auftreten von Zysten im Ovarium durchgeführt. Die Töchterleistungen von rund 2000 Stieren wurden als Phänotypen verwendet, Genotypen waren 41008 SNP Marker pro Stier. Bei der Analyse einzelner SNPs wurden die Bonferroni-Korrektur und die false discovery rate (FDR) zur Adjustierung der Signifikanzgrenze verwendet. Simulationen von Waldmann et al. (in Vorbereitung) haben gezeigt, dass eine Multi-SNP Analyse mit dem "elastischen Netz" sehr gute Ergebnisse liefern. Diese Methode wurde ebenfalls angewendet. Bei Bonferroni-Korrektur wurden 4 signifikante Loci für Nutzungsdauer und 9 für Fruchtbarkeit gefunden. Mit der FDR Methode awaren die korrspondierenden Zahlen 270 und 726 SNPs. Die Multi-SNP Analyse ergab 143 bzw. 183 signifikant mit Nutzungsdauer bzw. Fruchtbarkeit assoziierte SNP. Mit keiner der drei Methoden wurden signifikante Ergebnisse für Zysten im Ovarium gefunden. Schlußfolgerungen der Analyse sind, dass individuelle SNP-Analysen das Vorhandensein von mit Gesundheitsmerkmalen assoziierten SNP entweder unter- oder überschätzen und dass es ein Potential für genomosche Selektion für die Merkmale Nutzungsdauer und Fruchtbarkeit beim Fleckvieh gibt. ; Abstract Genome-wide association study (GWAS) has become an important methodology to detect QTLs affecting phenotypic variations of traits, especially for traits with low heritability. Many health traits in cattle display low heritability and conventional genetic improvements often yield unsatisfying selection responses. In this study, single-SNP and multiple-SNP GWAS analyses were conducted to find ...