نبذة مختصرة : Na Katedri za mikrobno ekologijo in fiziologijo, Oddelka za mikrobiologijo Biotehniške fakultete so izvedli ekperiment eksperimentalne evolucije, pri katerem so testirali vpliv sorodstvenega razlikovanja na evolucijo seva PS-216. V procesu eksperimentalne evolucije so starševski sev PS-216 periodično izpostavili stičnim sevom PS-216, PS-218 in PS-13 in po dvajsetih ciklih testirali spremembe fenotipa razlikovanja sorodnosti, torej ali roji evolviranih sevov z rojem starševskega seva PS-216 tvorijo linijo. Prav tako pa so preverili, ali je prišlo do sprememb fenotipa rojenja. Na sekvenciranje so poslali 21 sevov, med katerimi so bili sevi s spremenjenim fenotipom rojenja in razlikovanja sorodnosti, prav tako pa tudi sevi, ki niso spremenili fenotipov razlikovanja sorodnosti ali rojenja. Namen magistrske naloge je bila identifikacija mutacij in potencialnega HGT (ang. Horizontal Gene Transfer). Genom starševskega seva PS-216 in stičnega seva PS-13 smo sestavili tako s kratkimi odčitki Illumina kot z dolgimi odčitki PacBio. Genome evolviranih sevov ter stičnega seva PS-218 smo sestavili s kratkimi odčitki Illumina. Mutacije, kot so SNP-ji in večje delecije, smo identificirali z bioinformacijskim orodjem Breseq, medtem ko smo insercije, ki bi nakazovale na potencialen HGT, identificirali s skripto MUMandCo. Mutacije smo odkrili v genih, vpletenih v sintezo ekstracelularnega matriksa, sporulacijo, transport peptidov in stresne odgovore. Prav tako smo identificirali mutacije v šestih genih, katerih produkti in funkcije še niso poznani. Potencialnega dogodka HGT nismo zaznali. ; At the chair of Microbial Ecology and Physiology, Department of Microbiology of the Biotechnical Faculty, an experimental evolution was conducted in which they tested the effect of kin discrimination on the evolution of the PS-216 strain. Parental strain PS-216 was cyclically exposed to contact strains PS-13, PS-216 and PS-218 during experimental evolution. After 20 cycles they tested evolved strains for changes in kin discrimination and ...
Processing Request
No Comments.