Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading  Processing Request

Biološki i tehnički izvori varijacija u sekvenciranju transkriptoma tkiva štitnjače ; Biological and technical sources of variations in transcriptome sequencing of thyroid tissue

Item request has been placed! ×
Item request cannot be made. ×
loading   Processing Request
اقرأ أكثر حفظ في قائمتي
  • معلومة اضافية
    • Contributors:
      Štefanić, Mario
    • بيانات النشر:
      Sveučilište Josipa Jurja Strossmayera u Osijeku. Medicinski fakultet Osijek.
      Josip Juraj Strossmayer University of Osijek. Faculty of Medicine Osijek.
    • الموضوع:
      2022
    • Collection:
      Croatian Digital Theses Repository (National and University Library in Zagreb)
    • نبذة مختصرة :
      CILJ. Ispitati utjecaj demografskih, agonalnih i procesnih osobitosti uzoraka na transkripcijsku varijabilnost i kontrolu kvalitete u cjelogenomskoj RNASeq analizi tkiva štitnjače (bioinformatička analiza). USTROJ STUDIJE. Istraživanje je ustrojeno kao eksploracijska studija (in silico analiza). METODE. Analizirana je transkripcijska varijabilnost tkiva štitnjače korištenjem knjižnica RNK sekvenciranja iz GTEx projekta (v8 izdanje). Ukupno je analizirano 228 profila cjelogenomske ekspresije u ovisnosti o demografskim podacima donora i atributima uzoraka. Provedena je analiza particije varijance, hijerarhijsko grupiranje i faktorizacija matrica, nakon čega je uslijedilo profiliranje bioloških puteva unutar visoko izraženih metagena (Gene Ontology, Hallmark, Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, Cell Signatures, Broad Molecular Signatures Database v7.4). REZULTATI. U potpunosti razvijen Hashimotov tiroiditis, kada je bio prisutan, dominantan je izvor transkripcijske varijabilnosti. Za zdravo tkivo štitnjače doprinos tehničkih kovarijata nadmašuje utjecaj demografskih podataka (starost, spol i etnička pripadnost). Mlađa dob, smrt na respiratoru, bolje očuvana RNK, kratka ishemija i ograničena autoliza povezani su s izražajem detoksikacijskih i antioksidativnih, obrambenih gena iz NRF2 puta. Nasuprot tome, starija dob, spora smrt, lošije očuvana RNK, produljena ishemija i viši stupanj autolize povezani su s transkripcijskim biljezima hipoksijskog odgovora, ishemijske ozljede vaskulature, NFκB signaliziranja i aktivacije perivaskularnih fibroblasta. ZAKLJUČAK. Identificirani su različiti obrasci transkripcijske varijabilnosti koji proizlaze iz širokog raspona demografskih i tehničkih kovarijata. Brojni geni koordinirano mijenjaju izražaj, odražavajući rezidualnu transkripciju dugo nakon prestanka života. ; TITLE. Biological and technical sources of variations in transcriptome sequencing of thyroid tissue AIM. To assess the effect of demographic, agonal and technical factors on whole-genome transcriptional ...
    • File Description:
      application/pdf
    • Relation:
      https://zir.nsk.hr/islandora/object/mefos:1741; https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273; https://repozitorij.unios.hr/islandora/object/mefos:1741; https://repozitorij.unios.hr/islandora/object/mefos:1741/datastream/PDF
    • الدخول الالكتروني :
      https://zir.nsk.hr/islandora/object/mefos:1741
      https://urn.nsk.hr/urn:nbn:hr:152:622273
      https://repozitorij.unios.hr/islandora/object/mefos:1741
      https://repozitorij.unios.hr/islandora/object/mefos:1741/datastream/PDF
    • Rights:
      http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ ; info:eu-repo/semantics/openAccess
    • الرقم المعرف:
      edsbas.8A8FEFB9