Kvantitatiivisten reaaliaikaisten EBV- ja BKV-PCR-menetelmien verifiointi Stratagene Mx3005P-laitteelle

Kvantitatiivinen reaaliaikainen PCR on nopea ja herkkä menetelmä nykypäivän virusdiagnostiikassa. Menetelmällä voidaan osoittaa näytteestä hyvinkin pieniä virusmääriä. Epstein-Barrin virus (EBV) ja BK-virus (BKV) ovat kaksisäikeisen DNA:n omaavia yleisiä taudinaiheuttajia. Näiden virusten määri-tys on tärkeää etenkin elinsiirto- ja syöpäpotilaiden tautidiagnostiikassa. Teimme opinnäytetyömme HUSLABin virologian osastolle. Työmme tarkoituksena oli selvittää kvanti-tatiivisten reaaliaikaisten EBV- ja BKV-PCR-menetelmien soveltuvuus määritettäväksi Stratagene Mx3005P-laitteella. Määritimme 210 EBV-plasmanäytettä, joista 128 oli positiivisia ja 82 negatiivisia sekä 106 BKV-plasmanäytettä, joista 40 oli positiivisia ja 66 negatiivisia. Toistettavuuden selvittämistä varten valitsimme kaksi eritasoista EBV-näytettä ja kolme eritasoista BKV-näytettä. Työssä tutkitut näytteet olivat pakastettuja potilas- ja laadunvalvontanäytteitä, joiden viruspitoisuudet oli aiemmin määritetty ABI Prism 7900-laitteella. Virusten DNA:n eristämiseen näytteistä käytettiin automaattista nukleiinihappoeristyslaitetta, MagNA Pure LC ja määrityksiin reaaliaikaista PCR-laitetta, Stratagene Mx3005P. Molempien tutkittavien menetelmien toiminta perustui ns. TaqMan®-menetelmään. Työssä vertailimme saatuja tuloksia ja niiden yhdenmukaisuutta keskenään. Tutkimme menetelmällä saatujen tulosten toistettavuutta, korrelaatiota, herkkyyttä sekä tarkkuutta. Tulokset analysoimme kol-mella eri algoritmilla: adaptiivinen normalisoitu (EBV, BKV), non-adaptiivinen normalisoitu (EBV, BKV), non-adaptiivinen ei-normalisoitu (EBV) ja adaptiivinen ei-normalisoitu (BKV). Saamiemme tulosten korrelaatiot olivat erittäin vahvoja (p=0,000 EBV ja p=0,000 BKV) ja tulokset korreloivat keskenään erittäin voimakkaasti. Sen sijaan toistettavuus ei ollut aivan toivomallamme ta-solla, mutta herkkyys ja tarkkuus olivat hyviä. Saadut tulokset tukivat aiempaa olettamusta. Tästä joh-tuen Stratagene Mx3005P soveltuu mielestämme varalaitteeksi EBV- ja BKV-määrityksiin. ; Quantitative ...