Highly pathogenic avian influenza virus H5N1 clade 2.3.4.4b from Peru forms a monophyletic group with Chilean isolates in South America ... : يشكل فيروس إنفلونزا الطيور H5N1 شديد العدوى 2.3.4.4b من بيرو مجموعة أحادية النسل مع عزلات تشيلية في أمريكا الجنوبية ...

Highly pathogenic avian Influenza virus (HPAIV) has spread in an unprecedented extent globally in recent years. Despite the large reports of cases in Asia, Europe, and North America, little is known about its circulation in South America. Here, we describe the isolation, and whole genome characterization of HPAIV obtained from sampling 26 wild bird species in Peru, representing one of the largest studies in our region following the latest HPAIV introduction in South America. Out of 147 samples analyzed, 22 were positive for detection of avian influenza virus using a qRT-PCR-based assay. Following inoculation into embryonated chicken eggs, fourteen viral isolates were obtained from which nine isolates were selected for genome characterization, based on their host relevance. Our results identified the presence of HPAIV H5N1 subtype in a highly diverse wild bird species. Phylogenetic analysis revealed that these isolates correspond to the clade 2.3.4.4b, sharing a common ancestor with North American isolates ... : انتشر فيروس أنفلونزا الطيور شديد الإمراض (HPAIV) على نطاق غير مسبوق على مستوى العالم في السنوات الأخيرة. على الرغم من التقارير الكبيرة عن الحالات في آسيا وأوروبا وأمريكا الشمالية، لا يُعرف سوى القليل عن انتشاره في أمريكا الجنوبية. هنا، نصف العزلة، وتوصيف الجينوم الكامل لـ HPAIV الذي تم الحصول عليه من أخذ عينات من 26 نوعًا من الطيور البرية في بيرو، مما يمثل واحدة من أكبر الدراسات في منطقتنا بعد أحدث إدخال لـ HPAIV في أمريكا الجنوبية. من بين 147 عينة تم تحليلها، كانت 22 عينة إيجابية للكشف عن فيروس أنفلونزا الطيور باستخدام اختبار قائم على qRT - PCR. بعد التلقيح في بيض الدجاج الجنيني، تم الحصول على أربعة عشر عزلًا فيروسيًا تم اختيار تسعة عزلات منها لتوصيف الجينوم، بناءً على أهميتها كمضيف. حددت نتائجنا وجود النوع الفرعي HPAIV H5N1 في أنواع الطيور البرية شديدة التنوع. كشف التحليل الوراثي أن هذه العزلات تتوافق مع الفرع 2.3.4.4b، وتتشارك سلفًا مشتركًا مع عزلات أمريكا الشمالية وتشكل مجموعة أحادية النسل جنبًا إلى جنب مع العزلات من تشيلي. وإجمالاً، تشير التغيرات في مستويات الأحماض الأمينية مقارنة بأقرب أقربائهم إلى أن ...