Design and Validation of Primer Sets for the Detection and Quantification of Antibiotic Resistance Genes in Environmental Samples by Quantitative PCR ... : تصميم والتحقق من صحة المجموعات التمهيدية للكشف عن جينات مقاومة المضادات الحيوية وتحديد كميتها في العينات البيئية عن طريق تفاعل البوليميراز المتسلسل الكمي ...

The high prevalence of antibiotic resistant bacteria (ARB) in several environments is a great concern threatening human health. Particularly, wastewater treatment plants (WWTP) become important contributors to the dissemination of ARB to receiving water bodies, due to the inefficient management or treatment of highly antibiotic-concentrated wastewaters. Hence, it is vital to develop molecular tools that allow proper monitoring of the genes encoding resistances to these important therapeutic compounds (antibiotic resistant genes, ARGs). For an accurate quantification of ARGs, there is a need for sensitive and robust qPCR assays supported by a good design of primers and validated protocols. In this study, eleven relevant ARGs were selected as targets, including aadA and aadB (conferring resistance to aminoglycosides); ampC , bla TEM , bla SHV , and mecA (resistance to beta-lactams); dfrA 1 (resistance to trimethoprim); ermB (resistance to macrolides); fosA (resistance to fosfomycin); qnrS (resistance ... : يعد الانتشار المرتفع للبكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية (ARB) في العديد من البيئات مصدر قلق كبير يهدد صحة الإنسان. على وجه الخصوص، أصبحت محطات معالجة مياه الصرف الصحي (WWTP) مساهمين مهمين في نشر ARB لاستقبال المسطحات المائية، بسبب الإدارة أو المعالجة غير الفعالة لمياه الصرف الصحي عالية التركيز بالمضادات الحيوية. وبالتالي، من الضروري تطوير أدوات جزيئية تسمح بالمراقبة المناسبة للجينات التي تشفر المقاومات لهذه المركبات العلاجية المهمة (الجينات المقاومة للمضادات الحيوية، ARGs). للحصول على تقدير كمي دقيق لمجموعات ARG، هناك حاجة إلى فحوصات QPCR حساسة وقوية مدعومة بتصميم جيد للطبقات التمهيدية والبروتوكولات التي تم التحقق من صحتها. في هذه الدراسة، تم اختيار أحد عشر مجموعة من مجموعات ARG ذات الصلة كأهداف، بما في ذلك aadA و aadB (مما يمنح مقاومة للأمينوغليكوزيدات) ؛ ampC، BLA TEM، BLA SHV ، و mecA (مقاومة بيتا لاكتام) ؛ dfrA 1 (مقاومة ثلاثي ميثوبريم) ؛ ermB (مقاومة الماكروليدات) ؛ fosA (مقاومة الفوسفوميسين) ؛ qnrS (مقاومة الكينولونات) ؛ و tetA (A) (مقاومة التتراسيكلين). تم إجراء التصميم السيليكي للمجموعات التمهيدية ...