Contributors: Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l’océan (DECOD); Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut Agro Rennes Angers; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro); Ecosystèmes, biodiversité, évolution Rennes (ECOBIO); Université de Rennes (UR)-Institut Ecologie et Environnement - CNRS Ecologie et Environnement (INEE-CNRS); Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Observatoire des Sciences de l'Univers de Rennes (OSUR); Université de Rennes (UR)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut national des sciences de l'Univers (INSU - CNRS)-Université de Rennes 2 (UR2)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE); Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement IRD : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM); Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP); Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie )-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM); Risques, Ecosystèmes, Vulnérabilité, Environnement, Résilience (RECOVER); Aix Marseille Université (AMU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Station d'Ecologie Théorique et Expérimentale (SETE); Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Fédération de Recherche Agrobiosciences, Interactions et Biodiversité (FR AIB); Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institute of Zoology Beijing; Chinese Academy of Sciences Beijing (CAS); This study is part of the project GENESIS (ANR-13-ADAP-0005) supported by the Agence Nationale de la Recherche. S.B. was co-funded by the project PROBIS (Biodiversa) and E.C. was funded by an IRD postdoctoral fellowship. R.E.G., A.G., J.F.M. and S.B. received funding for this research from ANR Bioadapt.; ANR-13-ADAP-0005,GENESIS,Le rôle de la diversité génétique et de la plasticité phénotypique dans l'adaptation aux changements environmentaux: Une analyse génomique de l'invasion biologique(2013); ANR-21-LCV3-0003,BioAdapt,BioAdapt, une plateforme pour l'amélioration génétique de plantes cultivées aux stress abiotiques(2021)
نبذة مختصرة : Data availability: All sequencing data (GBS reads) are publicly-available under the BioProject ID PRJNA799666. The original genetic data yielded by genotyping (in vcf format), additional metadata (e.g. geographical coordinates) and all scripts necessary to reproduce the results presented in the paper are available in a publicly-available Github repository: https://github.com/ThomasBrazier/PseudorasboraGENESIS. Data are available from the authors upon reasonable request.This study has been conducted in accordance with the relevant animal or human ethics approvals. ; International audience ; Insufficient data on the origins of the first introduced propagule and the initial stages of invasion complicate the reconstruction of a species' invasion history. Phylogeography of the native area profoundly shapes the genomic patterns of the propagules on which subsequent demographic processes of the invasion are based. Thus, a better understanding of this aspect helps to disentangle native and invasive histories. Here, we used genomic data together with clustering methods, explicit admixture tests combined with ABC models and Machine Learning algorithms, to compare patterns of genetic structure and gene flow of native and introduced populations, and infer the most likely invasion pathways of the highly invasive freshwater fish Pseudorasbora parva. This species is the vector of a novel lethal fungal-like pathogen (Sphaerothecum destruens) that is responsible for the decline of several fish species in Europe. We found that the current genetic structuring in the native range of P. parva has been shaped by waves of gene flow from populations in southern and northern China. Furthermore, our results strongly suggest that the genetic diversity of invasive populations results from recurrent global invasion pathways of admixed native populations. Our study also illustrates how the combination of admixture tests, ABC and Machine Learning can be used to detect high-resolution demographic signatures and reconstruct an integrative ...
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