Virus influenza aviaires : analyse du risque d'évolution vers les formes hautement pathogènes ; Avian influenza viruses : analysis of the risk of evolution towards highly pathogenic forms

Les virus de l'influenza aviaire (AIV) constituent une menace importante pour la santé animale et humaine. Ces virus peuvent être classés en deux groupes en fonction de leur pathogénicité observée chez les volailles. Certains virus influenza aviaires faiblement pathogènes (LPAIV) de sous-types H5 ou H7 ont la capacité d'évoluer et d'acquérir une séquence polybasique dans le site de clivage de l'hémagglutinine (HA), ce qui a pour effet d’augmenter considérablement leur pathogénicité, permettant ainsi l’émergence de virus influenza aviaire hautement pathogène (HPAIV). Le mécanisme génétique de cette évolution est mal compris et certaines questions restent sans réponse. Est-ce que tous les LPAIV ont-ils la même probabilité d'évoluer vers un phénotype hautement pathogène ? Si la probabilité d'émergence d’HPAIV est différente parmi les LPAIV, existe-t-il des caractéristiques spécifiques sur le segment génomique HA qui peuvent influencer l'évolution LPAIV/HPAIV ? Plusieurs études ont suggéré qu’une structure secondaire d’ARN conservée de type tige-boucle d'ARN, située dans la région codant le site de clivage HA, pourrait être impliquée dans l'évolution LPAIV/HPAIV. Dans cette thèse, nous avons étudié la présence possible d'éléments génomiques viraux pouvant influencer les taux de mutation de la polymérase virale, ce qui pourrait potentiellement conduire à l'émergence de HPAIV. Tout d'abord, une analyse phylogénétique des séquences nucléotidiques HA du sous-type H5/7 du virus de l'influenza aviaire, combinée à des prédictions de structures secondaires de l'ARN, a été réalisée pour révéler les motifs structurels potentiels impliqués dans la transition LPAIV/HPAIV. Grâce à cette approche bioinformatique, l'analyse par clustering des structures d'ARN prédites, associée aux données phylogénétiques, a révélé que la plupart des ancêtres ayant conduit à l'émergence d’HPAIV par recombinaison partagent la même structure prédite d'ARN au niveau de la région HA1/HA2. Cette structure d’ARN pourrait favoriser la recombinaison ...