Çiğ ve tüketime hazır gıda örneklerinde rotavirusun moleküler tanısı ; Molecular diagnosis of rotavirus in raw and ready-to-eat food samples

Son yıllarda insanlarda görülen ve bazen de salgınlar haline gelen gıda kaynaklı hastalıkların etkenlerinin içerisinde virusların da bulunduğu birçok araştırmada gösterilmiştir. Gıda kaynaklı virusların başlıcaları norovirus, hepatitis A virusu, rotavirus, adenovirus, enterovirus, astrovirus ve aichiviruslardır. Rotaviruslar gastroenterite neden olan, her yaştan kişiyi etkileyen ve gıdalarla da bulaşabildiği kanıtlanan viruslardır. Gıdalar, çiftlikten veya tarladan soframıza ulaşana kadar geçirdiği serüvenin herhangi bir aşamasında rotaviruslarla kontamine olabilmektedirler. Ülkemizde gıda kaynaklı viruslardan Norovirus ve Hepatitis A viruslarının varlığı araştırmalarla gösterilmiştir. Fakat yaptığımız incelemelerde gıdalarda rotavirusun varlığına yönelik bir bildirim saptanmamıştır. Bu nedenle çalışmamızda çiğ ve tüketime hazır çeşitli gıda örneklerinde rotavirusun saptanması ve pozitif örneklerde virusun izolasyonuna yönelik araştırma yapıldı. Araştırmamızda, deniz mahsülleri (midye, balık vs.), kırmızı et ürünleri (sucuk, köfte vs.) ve beyaz et ürünlerinden (jambon, kanat vs.) 105 adet örnek toplandı. Toplanan örnekler RT-PCR metodu ile rotavirusun varlığı yönünden incelendi. Rotavirus saptanan örneklerden MA-104 hücre kültürüne ekimleri yapıldı. Pozitif örneklerin genotiplendirmesi için de DNA dizilimi ve filogenetik analizler yapıldı. Çalışmada RT-PCR incelemeleri sonucu 2 adet midye numunesinde rotavirus saptandı. Pozitif saptanan midye örneklerinin birinde VP4 ve VP7 gen bölgesinin DNA diziliminin analizi sonucunda A grubu rotavirus olduğu ve genotipinin de G1P[8] olduğu belirlendi. Pozitif saptanan örneklerin hücre kültürüne inokülasyonu sonucunda virusun izolasyonu saptanmadı. Bu çalışmada saptanan rotavirusun, ülkemizde insanlarda yaygın olarak görülen A grubu rotavirus G1P[8] genotipi olduğu belirlenmiştir. Çocuklarda yaygın olarak görülen ve kaynağı konusunda kesin bilgilere sahip olamadığımız rotavirus infeksiyonlarının gıda kaynaklı olabileceği de düşünülerek hijyenik önlemlere daha çok dikkat ...