Demographic inferences from genomic data under spatial models ; Inférences démographiques à partir de données génomiques sous des modèles spatialisés.

This thesis aims at presenting a set of concepts and inferential tools adapted to the analysis of neutral genetic polymorphism in a specific class of stochastic population genetics models : spatialized demographic models of populations where the dispersal of individuals between generations is limited in space (isolation by distance models). Such analysis is based on the combination of stochastic models of population evolution (generation by generation coalescence) and statistical inference method by simulation (“the summary-likelihood method”). In a first step various tools were developed and tested independently before being integrated together to create an inferential framework adapted to our models. In a second step, we used this framework to study the performances and benefits of these new inference methods and the influence of considering linkage disequilibrium patterns on parameter inference under distance isolation models. ; Cette thèse a pour but de développer un ensemble de concepts et d’outils inférentiels adaptés à l’analyse du polymorphisme génétique neutre dans une classe bien spécifique de modèles stochastiques de génétique des populations : les modèles démographiques spatialisés de populations où la dispersion des individus entre générations est limitée dans l’espace (modèles d’isolement par la distance). Cette analyse repose sur la combinaison de modèles stochastiques de l’évolution des populations (la coalescence en génération par génération) et d’une méthode d’inférence statistique par simulation (“the summary-likelihood method”). Dans un premier temps, les divers outils furent mis au point et testés indépendamment avant d’être intégré ensemble afin de créer un canevas d’inférence reliant des outils adaptés à nos modèles. Dans un second temps nous avons utilisé ce canevas afin d’étudier les performances et les bénéfices de ces nouvelles méthodes d’inférences par simulation dans ce contexte d’isolement par la distance, notamment l’influence de la prise en compte des patrons de déséquilibre de ...