Contributors: Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Paris (UP)-Université Sorbonne Paris Nord; Services de Maladies Infectieuses et Tropicales CHU Bichat; AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP); Institut de Microbiologie CHRU Lille; Pôle de Biologie Pathologie Génétique CHU Lille; Centre Hospitalier Régional Universitaire Lille (CHRU Lille)-Centre Hospitalier Régional Universitaire Lille (CHRU Lille); Carcinogénèse épithéliale : facteurs prédictifs et pronostiques - UFC (EA 3181) (CEF2P / CARCINO); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC); Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon); Hospices Civils de Lyon (HCL); Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes); Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour les Matériaux et l'Environnement (LCPME); Institut de Chimie du CNRS (INC)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Laboratoire de virologie Rouen; Université de Rouen Normandie (UNIROUEN); Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Département de microbiologie : Bactério, Virologie, Parasito, Hygiène-Hôpital Charles Nicolle Rouen -CHU Rouen; Normandie Université (NU); CHU Pontchaillou Rennes; Morphogénèse et antigénicité du VIH et du virus des Hépatites (MAVIVH - U1259 Inserm - CHRU Tours ); Université de Tours-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS); Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier); Laboratoire Chrono-environnement - CNRS - UBFC (UMR 6249) (LCE); Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Franche-Comté (UFC); Service d'anesthésie - réanimation chirurgicale CHU Bichat; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris; Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université de Paris (UP); Centre d’Infection et d’Immunité de Lille - INSERM U 1019 - UMR 9017 - UMR 8204 (CIIL); Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre Hospitalier Régional Universitaire Lille (CHRU Lille)-Université de Lille-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Pasteur de Lille; Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP)-Réseau International des Instituts Pasteur (RIIP); Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle (UGSF); Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE); Service des maladies infectieuses et tropicales CHU Lyon (hôpital de la Croix-Rousse); Hôpital de la Croix-Rousse CHU Lyon; Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes); Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes); Défaillance Cardiovasculaire Aiguë et Chronique (DCAC); Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lorraine (UL); Cardiovascular and Renal Clinical Trialists Vandoeuvre-les-Nancy (INI-CRCT); Institut Lorrain du Coeur et des Vaisseaux Louis Mathieu Nancy; French-Clinical Research Infrastructure Network - F-CRIN Paris (Cardiovascular & Renal Clinical Trialists - CRCT ); Service de Réanimation Médicale CHRU Nancy; Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy); Service des Maladies Infectieuses et Tropicales Hôpital Charles Nicolle, Rouen; Hôpital Charles Nicolle Rouen -Université de Rouen Normandie (UNIROUEN); Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM); Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (CREATIS); Université Jean Monnet Saint-Étienne (UJM)-Hospices Civils de Lyon (HCL)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon); Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL); Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM); ARN régulateurs bactériens et médecine (BRM); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique )-Université de Rennes 1 (UR1); Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES); Service de Médecine Intensive et Réanimation Tours; Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU TOURS); Département Maladies Infectieuses et Tropicales, Hôpital Universitaire, Montpellier, France; Département d’Epidémiologie, de Biostatistique et de Recherche Clinique AP-HP Hôpital Bichat - Claude Bernard (DEBRC); Centre d'investigation Clinique CHU Bichat - Épidémiologie clinique (CIC 1425); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris; The study has received financial support from the National Research Agency (ANR) through the ANR-Flash call for COVID-19 (Grant ANR-20-COVI-0018) and the Bill and Melinda Gates Foundation under Grant Agreement INV-017335. The French cohort was supported by the REACTing consortium and by a grant from the French Ministry of Health (Grant PHRC 20-0424). The funders had no role in the study design; in the collection, analysis, and interpretation of data; in the writing of the report; and in the decision to submit the article for publication.; ANR-20-COVI-0018,TheraCoV,Dynamique virale au niveau individuel et populationnel : implications pour l'optimisation des stratégies antivirales(2020)
نبذة مختصرة : International audience ; The characterization of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) viral kinetics in hospitalized patients and its association with mortality is unknown. We analyzed death and nasopharyngeal viral kinetics in 655 hospitalized patients from the prospective French COVID cohort. The model predicted a median peak viral load that coincided with symptom onset. Patients with age ≥65 y had a smaller loss rate of infected cells, leading to a delayed median time to viral clearance occurring 16 d after symptom onset as compared to 13 d in younger patients ( P < 10 −4 ). In multivariate analysis, the risk factors associated with mortality were age ≥65 y, male gender, and presence of chronic pulmonary disease (hazard ratio [HR] > 2.0). Using a joint model, viral dynamics after hospital admission was an independent predictor of mortality (HR = 1.31, P < 10 −3 ). Finally, we used our model to simulate the effects of effective pharmacological interventions on time to viral clearance and mortality. A treatment able to reduce viral production by 90% upon hospital admission would shorten the time to viral clearance by 2.0 and 2.9 d in patients of age <65 y and ≥65 y, respectively. Assuming that the association between viral dynamics and mortality would remain similar to that observed in our population, this could translate into a reduction of mortality from 19 to 14% in patients of age ≥65 y with risk factors. Our results show that viral dynamics is associated with mortality in hospitalized patients. Strategies aiming to reduce viral load could have an effect on mortality rate in this population.
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