Development of a fast and sensitive RT-qPCR assay based on SYBR® green for diagnostic and quantification of Avian Nephritis Virus (ANV) in chickens affected with enteric disease ... : تطوير اختبار RT - QPCR سريع وحساس يعتمد على SYBR® GREEN لتشخيص فيروس التهاب الكلية الطيري (ANV) وتحديد كميته في الدجاج المصاب بالأمراض المعوية ...

Background Enteric viruses are among the most prominent etiological agents of Runting-Stunting Syndrome (RSS). The Avian Nephritis Virus (ANV) is an astrovirus associated with enteric diseases in poultry, whose early diagnosis is essential for maintaining a good poultry breeding environment. ANV is an RNA virus that rapidly mutates, except for some conserved regions such as ORF1b. Therefore, the approach of a diagnostic method based on fast-RT-qPCR using SYBR® Green that focuses on the amplification of a fragment of ORF1b is presented as a feasible alternative for the diagnosis of this viral agent. In this study, the proposed assay showed a standard curve with an efficiency of 103.8% and a LoD and LoQ of 1 gene viral copies. The assay was specific to amplify the ORF 1b gene, and no amplification was shown from other viral genomes or in the negative controls. 200 enteric (feces) samples from chickens (broilers) and laying hens with signs of RSS from Ecuadorian poultry flocks were examined to validate ... : خلفية مجردة الفيروسات المعوية هي من بين أبرز العوامل المسببة لمتلازمة التقزم (RSS). فيروس التهاب الكلية الطيري (ANV) هو فيروس نجمي مرتبط بالأمراض المعوية في الدواجن، والذي يعد تشخيصه المبكر ضروريًا للحفاظ على بيئة جيدة لتربية الدواجن. ANV هو فيروس RNA يتحور بسرعة، باستثناء بعض المناطق المحفوظة مثل ORF1b. لذلك، يتم تقديم نهج طريقة تشخيصية تعتمد على تفاعل البوليميراز المتسلسل السريع باستخدام SYBR® Green الذي يركز على تضخيم جزء من ORF1b كبديل عملي لتشخيص هذا العامل الفيروسي. في هذه الدراسة، أظهر الاختبار المقترح منحنى قياسيًا بكفاءة 103.8 ٪ و LOD و LOQ من 1 نسخة فيروسية من الجين. كان الفحص محددًا لتضخيم جين ORF 1b، ولم يظهر أي تضخيم من الجينومات الفيروسية الأخرى أو في الضوابط السلبية. تم فحص 200 عينة معوية (براز) من الدجاج (الدجاج اللاحم) والدجاج البياض مع علامات RSS من قطعان الدواجن الإكوادورية للتحقق من صحة الطريقة المقترحة. النتائج باستخدام طريقتنا، تم الحصول على 164 نتيجة إيجابية من إجمالي عدد العينات التي تم فحصها، في حين تم الكشف عن وجود الحمض النووي الريبي الفيروسي في العينات التي تم جمعها من يوم واحد ...