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Diversity of Hydrogen Bond Network and Its Impact on NMR Parameters of Amylose B Polymorph. A Study Using Molecular Dynamics and DFT Calculations Within Periodic Boundary Conditions

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  • معلومة اضافية
    • Contributors:
      Laboratoire de physique et chimie des nano-objets (LPCNO); Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie de Toulouse (ICT); Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP); Université de Toulouse (UT)-Fédération de recherche « Matière et interactions » (FeRMI); Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Toulouse (UT)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS); Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
    • بيانات النشر:
      HAL CCSD
      American Chemical Society
    • الموضوع:
      2021
    • Collection:
      Université Toulouse III - Paul Sabatier: HAL-UPS
    • نبذة مختصرة :
      International audience ; Classical molecular dynamics simulations have been combined with quantum (DFT) calculations of 13 C NMR parameters in order to relate the experimental spectrum of the double-helix form of the amylose B-polymorph in highly crystalline conditions not only to its 3D structure but also to the arrangement of atoms in the crystal lattice. Structures obtained from these simulations or from geometry optimization procedures at the DFT level have shown the presence of hydrogen bond networks between sugars of the same helix or between residues of the two chains of the double helix. 13 C NMR parameter calculations have revealed the impact of such a network on the chemical shifts of carbon atoms. In addition, DFT calculations using periodic boundary conditions were compulsory to highlight the presence of two types of sugar within the crystal sample. It allows us to confirm, theoretically, the experimental hypothesis that the existence of two distinct sugar types in the NMR spectrum is a consequence of crystal packing.
    • Relation:
      hal-03338385; https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03338385; https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03338385/document; https://hal.insa-toulouse.fr/hal-03338385/file/Amylose_B_ACS_revised_2.pdf
    • الرقم المعرف:
      10.1021/acs.jpcb.0c08631
    • Rights:
      info:eu-repo/semantics/OpenAccess
    • الرقم المعرف:
      edsbas.1C677917