Genetics and genomics in Peru: Clinical and research perspective

Génétique moléculaire et médecine génomiqueVolume 6, Numéro 6 p. 873-886 GENETICS AND GENOMIC MEDICINE AROUND THE World Open Access Genetics and Genomics in Peru : Clinical and Research perspective Heinner Guio, Corresponding Author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondence Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú. Email : heinnerguio@gmail.comRecherche pour plus d'articles de cet auteurJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteurKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteurMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúRecherche pour plus d'articles de cet auteurPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúSearch pour plus d'articles de cet auteurGiocondaasser Mano-Morales, Gioconda Mano-Massericio Servicio de Genética, Instituto Nacional de Saludo del San-SB (INSNB), Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteur F. UMgar F. Gueltegar, Surfición, Département de Perheatologie, Rú. Hôpital Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo-Vásquez, Eduardo Acevedo-Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by cet auteurRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this auteurYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PerúSearch for more papers by this authorJuan M. Iglesias-Pedraz, Juan M. Iglesias-Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca-Barriga, Hugo Abarca-Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INSN), Lima, Peru Facultad de Estomatología, Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Perúultad de Medicina Humana, Universidad Ricardo Palma, Lima, Perú, Perúsearch for more papers by this author Heinner Guiing, Correspondinginging Heinnero Author@ Guio@guio.org/gmail-003-008-0003-008 Nacudo, Perúdicón, Universido Perú, Universido Perú, Universida Perú, Universida Perú, Perú, Universida Perú Lima Perú, Perú, Univera Perú, Universida Perús, Univera Perú Lima Perú, Perú, Univera Perúdicatora Perú, Universida Perú, Univera. Email : heinnerguio@gmail.comRecherche pour plus d'articles de cet auteurJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteurKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteurMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúRecherche pour plus d'articles de cet auteurPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúSearch pour plus d'articles de cet auteurGiocondaasser Mano-Morales, Gioconda Mano-Massericio Servicio de Genética, Instituto Nacional de Saludo del San-SB (INSNB), Lima, PérouRecherche pour plus d'articles de cet auteur F. UMgar F. Gueltegar, Surfición, Département de Perheatologie, Rú. Hôpital Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo-Vásquez, Eduardo Acevedo-Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by cet auteurRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this authorYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PeruSearch for more papers by this authorJuan M. Iglesias-Pedraz, Juan M. Iglesias-Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca-Barriga, Hugo Abarca-Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INSN), Lima, Peru Facultad de Estomatología, Universidad Científica del Sur, Lima, Perúultad de Medicina, Humana, Universidad Ricardo Palma, Lima, PerúSearch for more papers by this First December 25 2018 author : https://doi.org/1000.13.52/Cggities 8.53/ADFExequitations 8Accessportation Tools for favorTareCitationShare citations Partagez les conditions d'accès au texte complet et aux conditions d'utilisation de l'article ci-dessous. En savoir plus.Copie URL Partager un lienPartager surFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Graphical Abstract Les Péruviens conservent actuellement dans leur ADN l'histoire de 2,5 millions d'années d'évolution humaine et de 150 000 ans de migration de l'Afrique vers le Pérou ou les Amériques. Le développement de la génétique et de la génomique dans le domaine clinique et universitaire est montré dans cette revue. 1 DÉMOGRAPHIE PÉRUVIENNE Le Pérou est un pays pluriculturel et ethniquement diversifié situé au centre-ouest de l'Amérique du Sud. C'est le quatrième plus grand pays (1 285 216 km2) en superficie en Amérique du Sud, bordé au nord par l'Équateur et la Colombie, au sud par le Chili, au sud-est par la Bolivie, par le Brésil à l'est et par l'océan Pacifique à l'ouest. Le Pérou possède l'un des climats, géographiques et écologiques les plus diversifiés au monde, du dessert tropical ou subtropical à la jungle amazonienne en passant par les glaciers dans les montagnes des hautes terres. Le Pérou est divisé en 24 régions géopolitiques avec un gouvernement central. Selon le dernier recensement national de 2017, la population péruvienne compte 31 237 385 habitants (Instituto Nacional de Estadistica e Informatica [INEI], 2017). La majeure partie de la population péruvienne vit dans la zone côtière, avec près d'un tiers de la population du pays vivant à Lima, la plus grande ville d'environ 11 millions d'habitants. La population rurale et urbaine a changé au cours des 50 dernières années en raison des vagues de migration dans les années 1950 des sites ruraux vers les sites urbains principalement situés sur la côte, entraînant la diminution ou la disparition des communautés autochtones. Le système de santé péruvien au Pérou comprend cinq sous-systèmes différents : (a) le ministère de la Santé qui fournit des services aux personnes classées comme pauvres et extrêmement pauvres (environ de la population) couvertes par le SIS (Assurance maladie intégrale), (b) le sous-système de sécurité sociale (EsSalud) administré par le ministre du Travail et de l'Emploi qui fournit des services aux employés formels et à leurs personnes à charge (26,7 % de la population), (c) le sous-système des forces armées géré par le ministre de la Défense, (d) le sous-système des forces de police administré par le ministère de l'Intérieur et (e) le secteur privé (Alcalde-Rabanal, Lazo-González et Nigenda, 2011 ; Ypanaqué-Luyo et Martins, 2015). Parmi les maladies les plus répandues au Pérou, les maladies infectieuses (virales ou bactériennes) des voies respiratoires supérieures ont les taux de morbidité les plus élevés et le cancer (gastrique, cervical, utérin, du sein, de la prostate et du poumon) les taux de mortalité les plus élevés (INEI, 2015). Cela donne l'occasion unique de mener diverses études génétiques sur les maladies infectieuses et non infectieuses les plus répandues affectant la population péruvienne. 2 SERVICES DE SANTÉ DE GÉNÉTIQUE ET GÉNOMIQUE Les services de génétique au Pérou sont rares mais en croissance malgré les limites de l'infrastructure et des ressources humaines qualifiées. Les très rares services publics de génétique disponibles dans le pays offrent des soins cliniques et des conseils génétiques fournis par des généticiens médicaux et d'autres spécialistes ayant une formation en génétique. Le diagnostic moléculaire disponible est principalement basé sur les techniques cytogénétiques, la PCR et les technologies de séquençage de Sanger. Il y a 21 généticiens médicaux accrédités dans le registre national de l'école de médecine péruvienne (https://cmp.org.pe/conoce-a-tu-medico/), la plupart d'entre eux travaillant dans des hôpitaux publics de la capitale. La formation en génétique humaine et en génétique médicale est rare avec un seul programme de résidence en génétique médicale accrédité pour les médecins, un programme de troisième cycle en génétique humaine et un programme d'études supérieures en biologie, génétique et biotechnologie pour les spécialistes en biologie moléculaire. Le conseil génétique est actuellement offert par des généticiens médicaux et d'autres spécialistes ayant une formation en génétique ; cependant, il n'existe pas de programme formel de conseil génétique accrédité au Pérou. En outre, les collaborations nationales et internationales ont été cruciales, en particulier dans l'analyse bioinformatique, car au Pérou, il n'y a toujours pas de carrière universitaire en bioinformatique, les formations ne font partie que de cours, de séminaires à l'intérieur et à l'extérieur de notre pays. 2.1 Dépistage néonatal Il existe des initiatives hospitalières isolées pour le dépistage néonatal au Pérou. D'ici 2012, une loi énonce l'intérêt national d'avoir un programme universel de dépistage néonatal, en donnant la priorité au dépistage de l'hypothyroïdie congénitale (CH), de l'hyperplasie congénitale des surrénales (CAH), de la phénylcétonurie (PKU), de la mucoviscidose, de la perte auditive et de la cataracte congénitale (Galán-Rodas, Duenas, Obando et Saborio 2013). Jusqu'à présent, il existe des programmes indépendants de dépistage néonatal dans les principaux hôpitaux du ministère de la Santé, dans le sous-système de la sécurité sociale (EsSalud) et dans le secteur privé. Le programme d'EsSAlud a commencé en 2011 (INEI, 2015), y compris le dépistage de la CH, de la PKU, de la CAH et de la galactosémie (GAL) disponibles dans chaque centre de soins de santé EsSalud à travers le pays. L'incidence de CH, CAH, PKU et GAL était de 1:3 211, 1:22 207, 1:46 970 et 1:37 576, respectivement (Données selon le Dr M. Dueñas). Cependant, le Pérou n'a pas encore complètement mis en œuvre le Programme national de dépistage néonatal dans les centres médicaux publics. 2.2 Surveillance des malformations congénitales Depuis 2012, il existe un registre hospitalier des malformations congénitales à l'hôpital tertiaire du sous-système de la sécurité sociale, qui fait partie de la contribution à l'Étude collaborative latino-américaine sur les malformations congénitales (ECLAMC) (Cruz-Ticona et al., 2015), Les malformations congénitales les plus courantes sont les suivantes : malformations cardiaques congénitales, syndrome de Down, fente labiale et/ou palatine, hydrocéphalie et malformations du tube neural. 2.3 Génétique pédiatrique La génétique clinique a débuté à l'hôpital Guillermo Almenara Irigoyen en 1968, avec la dysmorphologie clinique et le test de diagnostic du caryotype sans baguage (Delgado-Matallana, 2000). En outre, la dysmorphologie clinique a prospéré à l'Instituto Nacional de Salud del Niño-Breña (INSN-Breña), avec l'avantage d'être l'institut national représentatif de la santé des enfants. Au fil des ans, toute cette expérience a été publiée sous la forme d'un livre unique en dysmorphologie reliant les images des patients (autorisées par les parents) et une explication clinique et moléculaire succincte des maladies. Cette recompilation intitulée « Atlas de Dismorfología Pediátrica » (Atlas de la dysmorphologie pédiatrique) a rassemblé plus de 200 syndromes et cas cliniques reconnaissables avec des photos de patients péruviens (Klein, Gallardo, Chavez et Abarca, 2012). En outre, l'INSN-Breña est l'une des plus grandes institutions nationales où les patients du Pérou et du système de santé MINSA reçoivent un diagnostic et une prise en charge. Dans le tableau 1, nous pouvons observer la fréquence des troubles génétiques diagnostiqués dans cet établissement au service de l'erreur génétique et innée du métabolisme. Tableau 1. Fréquence des troubles génétiques diagnostiqués à l'Institut national péruvien de la santé Breña (INSN-Breña) de 2014 à 2018 Troubles génétiques Comptes diagnostiquesa Pourcentage Syndrome de Down 1 344 12,69 Retard psychomoteur 582 5,49 Déficience intellectuelle 520 4,91 Retard psychomoteur syndromique 342 3,23 Syndrome d'Ehlers-Danlos hypermobile 280 2,64 Déficience intellectuelle syndromique 267 2,52 Trouble du spectre autistique 251 2,37 Taille courte 202 1,91 Retard syndromique 199 1,88 Retard du langage 191 1,8 Neurofibromatose 1 159 1,5 Microcéphalie syndromique 150 1,42 Microtie 142 1,34 Syndrome de Turner 128 1,21 Hémihyperplasie 117 1,1 Palate de la lèvre de la fente 116 1,09 Syndrome de malformation 112 1,06 Syndrome de Goldenhar 107 1,01 Macules café-au-lait 106 1 Dysplasie squelettique 101 0,95 Syndrome de Noonan 96 0,91 Ostéogenèse imparfaite 82 0,77 Microcéphalie 75 0,71 Syndrome de Moebius 72 0,68 Hypotonia 58 0,55 Défaut du tube neural 56 0,53 Épilepsie 56 0,53 Syndrome de Marfanoïde 56 0,53 Désordre de différenciation sexuelle 56 0,53 Duchenne musculaire drophystatique 52 0,49 Palft 49 0,46 Achondroplasia 46 0,43 Altéromation chromosomatique non équilibrée 45 0,42 Maladie congénitale 41 0,38 Maladie congénitale 40 0,38 Maladie congénitale arthrogrypose 39 0,37 Syndrome de surcroissance 38 0,36 Mucopolysaccharidose 36 0,34 Anomalie polonaise 35 0,33 Cataracte congénitale 34 0,32 Macrocéphalie 34 0,32 Myopathie 33 0,31 Syndrome de Williams 32 0,3 Atrophie musculaire spinale 31 0,29 Séquence de bandes amniotiques 31 0,29 Perte auditive sensorielle 30 0,28 Craniosynostose 29 0,27 Fissure lipo-palatale syndromique 29 0,27 Malformation cardiaque 28 0,26 Syndrome de Beckwith-Wiedemann 24 0,23 Syndrome de Crouzon 24 0,23 Syndrome de Russell-Silver 23 0,22 Cardiopathie congénitale syndromique 21 0,2 Sclérose tubéreuse 21 0,2 Syndrome de Sotos 21 0,2 Encéphalopathie épileptique 20 0,19 Syndrome de Cornelia de Lange 20 0,19 Microphtalmie syndromique 19 0,18 Syndrome de McCune-Albright 18 0,17 Scoliose 17 0,16 Leucodystrophie 17 0,16 Polyneuropathie sensori-motrice 17 0,16 Enchondromatose multiple 16 0,15 Holoprosencéphalie 16 0,15 Rachitisme hypophosphatémique 16 0,15 Hypothyroïdie congénitale 15 0,14 Lipodystrophie congénitale 15 0,14 Microphtalmie 15 0,14 Polydactylie 15 0,14 Syndrome de Kabuki 15 0,14 Acidose tubulaire rénale 14 0,13 Association VACTERL 14 0,13 Fente palatine syndromique 14 0,13 Malformation cardiaque syndromique 14 0,13 Méromélie 14 0,13 Micropène 14 0,13 Syndrome de Klippel–Feil 14 0,13 Syndrome de Prader–Willi 14 0,13 Syndrome de Waardenburg 14 0,13 Syndrome de blépharophimosis - ptose épicantho-palpébrale inversée 13 0,12 Syndrome cardiofaciocutané 13 0,12 Syndrome de Marshall 13 0,12 Dysostose spondylocostale 12 0,11 Exostose multiple 12 0,11 Hydrocéphalie congénitale 12 0,11 Macrocéphalie syndromique 12 0,11 Syndrome d'Apert 12 0,11 Syndrome de Parry-Romberg 12 0,11 Dysostose cleidocrânienne 11 0,1 Hypospasses 11 0,1 Paralysie cérébrale infantile 11 0,1 Albinisme 10 0,09 Fissure labiale 10 0,09 Gastroschisis 10 0,09 Séquence de Pierre-Robin 10 0,09 Syndrome de Cayler 10 0,09 Synostose de Holt-Oram 10 0,09 Synostose radio-ulnaire 10 0,09 Brachydactylie 9 0,08 Dysplasie ectodermique 9 0,08 Hyperplasie congénitale des surrénales 9 0,08 Hypomélanose de l'ITO 9 0,08 Immunodéficience primaire 9 0,08 Malformation anorectale 9 0,08 Syndrome de 3MC 9 0,08 Syndrome de Costello 9 0,08 Syndrome de Klinefelter 9 0,08 Syndrome de Klippel-Trenaunay-Weber 9 0,08 Cardiomyopathie dilatée 8 0,08 Dysplasie ectodermique hypohidrotique 8 0,08 Schizencéphalie 8 0,08 Hémihyperplasie syndromique 8 0,08 Syndrome de Rubinstein–Taybi 8 0,08 Syndrome de Stickler 8 0,08 Anémie Fanconi 7 0,07 Cholestase intrahépatique 7 0,07 Maladie de Charcot-Marie-Tooth 7 0,07 Maladie de Gaucher 7 0,07 Maladie néuromusculaire 7 0,07 Hétéotaxie congénitale primaire 7 0,07 microcéphalie 7 0,07 Ostéopétrose 7 0,07 Paraparésie spastique dans la famille 7 0,07 Syndrome de Bardet-Biedl 7 0,07 Syndrome de Moebius-Anomalie Pologne 7 0,07 Syndrome de Pallister-Killian 7 0,07 Syndrome de Prune-Belly 7 0,07 Syndrome tricorinophalangien 7 0,07 Trisomie 18 7 0,07 Ataxie-télangiectasie 6 0,06 Cataracte congénitale syndromique 6 0,06 Dysostose mandibulofaciale 6 0,06 Faunatose pigmentaire 6 0,06 Malformation ano-rectale syndromique 6 0,06 Syndrome de la main 6 0,06 Syndrome d'Escobar 6 0,06 Syndrome de Treacher-Collins 6 0,06 Aniridie 5 0,05 Incontinence pigmenti 5 0,05 Lymphangiome cystique 5 0,05 Syndrome d'Angelman 5 0,05 Syndrome de Coffin-Lowry 5 0,05 Syndrome de FATCO 5 0,05 Syndrome d'insensibilité aux androgènes 5 0,05 Sous-luxation cristalline 5 0,05 Ataxie 4 0,04 Glucose-6-phosphate déshydrogénase 4 0,04 Hypotrichose congénitale 4 0,04 Syndrome de Paralyse cérébrale infantile 4 0,04 Syndrome d'alcool fœtalique 4 0,04 syndrome de CHARGE 0,04 Syndrome d'Ehlerslos 4 0,04 Syndrome de Hallannos 4 0,04 Syndrome de Hall-Dystrei 4 0,04 Syndrome de Protectus 4 0,04 4 0,04 Syndrome de Hugo 4 0,04 L'analyse des microréseaux chromosomiques est le test de diagnostic clinique de premier niveau pour les patients présentant une déficience intellectuelle, des troubles du spectre autistique et des anomalies congénitales (Miller et al.Cette technique a été mise en œuvre et développée à l'INSN-Breña, révélant l'étiologie chez plus de 50% des patients présentant une déficience intellectuelle et un retard de développement (Abarca-Barriga, Chávez Pastor, Trubnykova, Vásquez et Poterico, 2017), avec une consultation génétique clinique préalable. De plus, nous avons trouvé de nouveaux variants et démontré comment la perte de variants du nombre de copies (CNV) entraînait une délétion homozygote dans les gènes MPLKIP (OMIM # 609188) et SUGCT (OMIM #609187), qui sont les causes de la trichothiodystrophie de type 4 et de l'acidurie glutarique de type 3, respectivement (Serna-Infantes et al.En outre, cela nous a permis de décrire un patient atteint du syndrome 18p−/18q+, ajoutant au phénotype en décrivant l'hématurie microscopique persistante et la pseudoarctation aortique avec épaississement des parois aortiques descendantes, suggérant l'artérite de Takayasu (Poterico et al., 2017). La collaboration avec des généticiens européens a permis le rapport de nouveaux CNV de la séquence régulatrice ZPA (ZRS) de l'amplificateur de membre Sonic hedgehog (SHH) sur le chromosome 7q36 et sa relation avec des syndromes de polysyndactylie spécifiques. Ces microduplications étaient corrélées au syndrome de Laurin-Sandrow et à la polysyndactylie de type Haas, selon la longueur de la région ZRS (Lohan et al.De plus, les généticiens péruviens de l'INSN ont décrit des cas uniques de dysplasie chéloïde ptérygiale numérique (Abarca et al., 2014), le syndrome de H (Abarca Barriga, Trubnykova, Polar Córdoba, Ramos Diaz et Aviles, 2016), le syndrome de van der Knaap (Hamilton et al., 2018) et le syndrome de Shawaf-Traboulsi (Abarca Barriga et al.Enfin, la collaboration internationale a permis de signaler deux syndromes génétiques communs - à savoir Noonan (Kruszka et al., 2018) et Williams-Beuren (Kruszka et al., 2018)- avec des généticiens cliniques de l'Institut national de recherche sur le génome humain des National Institutes of Health ; et avec d'autres généticiens de différents sites dans le monde, contribuant au domaine de la génétique clinique dans le monde entier. Une décision politique a permis à la population péruvienne d'avoir une nouvelle institution pour la santé des enfants. Cet institut spécialisé s'appelle Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB) et est un centre de référence national pour les cas complexes nécessitant un traitement chirurgical ou une transplantation. Le Service de génétique a débuté en 2015, avec un développement rapide des activités cliniques et de laboratoire. Les consultations de génétique clinique à l'INSN-SB sont réalisées par cinq généticiens cliniciens, estimant à environ 400 le nombre de patients par mois. Le diagnostic le plus fréquent est le syndrome de Down. L'évaluation comprend un nombre croissant de patients ayant reçu un diagnostic d'anomalies cardiaques (par exemple, hétérotaxie, cardiomyopathie dilatée), neurologiques (par exemple, épilepsie, déficience intellectuelle, perte auditive) ou de troubles du comportement (par exemple, autisme). Des analyses cytogénétiques ont été mises en œuvre depuis la création du Service de génétique à l'INSN-SB, principalement pour des analyses constitutionnelles. En outre, il existe des études sur la moelle osseuse des enfants atteints de leucémie et un test de fragilité chromosomique pour le diagnostic de l'anémie de Fanconi - étant le centre unique effectuant ce test au Pérou. Depuis 2016, plus de 500 échantillons de sang et près de 200 échantillons de moelle osseuse ont été analysés. D'autre part, plus de 600 échantillons ont été analysés pour la détection d'altérations génétiques chez les patients atteints de néoplasmes hématologiques. Les projets de recherche en cours avec un investissement institutionnel concernent les anomalies cardiaques et la pharmacogénétique chez les enfants atteints de leucémie. L'INSN-SB travaille sur des questions administratives et logistiques pour l'obtention d'équipements et de ressources humaines pour la mise en œuvre de tests de panel génétique utilisant le séquençage de nouvelle génération (NGS) dans les maladies pédiatriques, telles que les anomalies cardiaques, les syndromes d'insuffisance médullaire, entre autres. 2.4 Génétique du cancer La génétique clinique et le conseil en oncologie ont débuté en 2006 à l'Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (Institut national des maladies néoplasiques - INEN) en tant qu'initiative de recherche financée par des fonds publics. Depuis lors, les consultations génétiques ont augmenté non seulement en nombre, mais aussi dans les conditions cliniques avec des collaborations internes et externes, car de plus en plus de médecins non généticiens sont conscients des conditions héréditaires. De plus, la formation clinique en génétique fait de l'INEN le nœud unique des futurs généticiens médicaux. Plus de 1 500 patients ont assisté à une consultation de généticien clinique ; même si la référence à la consultation génétique à l'INEN est 4 sont des outils moléculaires utiles pour la stratification du risque GC dans les biopsies endoscopiques (Pirini et al.Une étude intéressante chez des Péruviens natifs (Quechuas des Andes centrales) n'a pas trouvé d'association entre les SNP candidats et le GC (Zamudio et al.Vingt pour cent des pays d'Amérique latine ont élaboré des lignes directrices pour la détection précoce du CCR et, au cours des dernières années, avec l'avènement de la NGS, plusieurs tests ont été effectués pour détecter les syndromes cancéreux héréditaires, en particulier le syndrome de Lynch. Ces études en Amérique latine ont rapporté qu'environ 18 % des patients diagnostiqués à un jeune âge présentaient des variants pathogènes dans des gènes non traditionnellement associés au CCR (par exemple, ATM [OMIM #607585], CHEK2 [OMIM # 604373], BRCA1, BRCA2, CDKN2A [OMIM # 600160], PALB2 [OMIM #610355]). Les variants pathogènes MHL1 (OMIM #120436) étaient plus fréquents chez les patients du Pérou, du Mexique et du Chili, tandis que les variants pathogènes MSH2 (OMIM # 609309) se sont produits principalement chez les patients de Colombie et d'Argentine (Ñique Carbajal, Sánchez Renteria, Lettiero, Wernhoff et Domínguez-Valentin, 2014 ; Rossi et al., 2017). 2.5 La génétique dans les maladies auto-immunes Plusieurs manuscrits ont été publiés sur les aspects génétiques des maladies auto-immunes dans les populations péruviennes ; la plupart d'entre eux étaient des efforts de collaboration. Ces études ont impliqué des patients des hôpitaux de niveau tertiaire, principalement les hôpitaux Guillermo Almenara Irigoyen et Edgardo Rebagliati Martins du système de sécurité sociale, et à l'hôpital Cayetano Heredia du ministère du système de santé. Des études spécifiques se sont appuyées sur des troubles auto-immuns, tels que la polyarthrite rhumatoïde (PR), le lupus érythémateux disséminé (LED), la spondyloarthrite (SpA) et l'hépatite auto-immune. Une nouvelle variante HLA-DRB1 (OMIM #142851) (14:02) a été rapportée dans la première de ce type d'études péruviennes sur la PR en 2001 (Castro et al.Une méta-analyse du polymorphisme HLA-DQA1 (OMIM #146880) dans les populations latino-américaines comprenait deux rapports péruviens sur cette question : de l'hôpital Guillermo Almenara Irigoyen et de l'hôpital de l'armée de l'air (Delgado-Vega & Anaya, 2007). Une autre collaboration latino-américaine - Genome of RA network consortium (GENAR)- a révélé que plus l'ascendance amérindienne est élevée, plus les chances de remplir plusieurs critères de PR sont faibles (Sánchez et al.D'autre part, les descendants amérindiens pourraient avoir de nouveaux loci génétiques liés à la PR (Herráez et al.Dans le LED, deux hôpitaux péruviens (Hôpitaux Guillermo Almenara Irigoyen et Edgardo Rebagliati Martins) font partie du consortium GENLES (Genoma de Lupus Eritematoso Sistémico Network/Genome of SLE network consortium) qui est la plus grande étude génétique dans les populations latino-américaines. Cette cohorte a rapporté que l'ascendance amérindienne est liée à une charge génétique plus élevée d'allèles à risque de LED par rapport au Caucasien (Sanchez et al., 2010) et à une maladie plus grave (Sánchez et al.Néanmoins, lorsque deux cohortes ayant une ascendance similaire ont été comparées (LUMINA [Lupus in Minorities : Nature vs. Nurture] et GLADEL [Grupo Latino Americano de Estudio de Lupus/Latin American Group for the Study of SLE]), les différences de résultats ne pouvaient pas être expliquées par l'ascendance amérindienne (Ugarte-Gil et al.De plus, GENLES, en collaboration avec d'autres cohortes des États-Unis et d'Europe, a signalé plusieurs nouveaux loci (Langefeld et al., 2017 ; Ugarte-Gil et al.Dans le cadre d'une cohorte péruvienne de LED nommée Almenara Lupus Cohort, une étude sur l'hypométhylation chez les patients atteints de LED a été lancée en collaboration avec l'Université de Californie à San Francisco (UCSF). En ce qui concerne la SpA et son principal risque génétique (c'est-à-dire HLA-B27 [OMIM # 142830]), une population péruvienne de l'hôpital Cayetano Heredia en 1981 (Alarcon et al., 1981) a signalé une faible fréquence de l'antigène HLA-B27. Cette assertion affecte les patients péruviens SpA (Cuchacovich et al., 2002), explique
Molecular Genetics & Genomic Medicine Volume 6, Issue 6 p. 873-886 GENETICS AND GENOMIC MEDICINE AROUND THE WORLDOpen Access Genetics and genomics in Peru: Clinical and research perspective Heinner Guio, Corresponding Author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondencia Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú. Correo electrónico: heinnerguio@gmail.comBusque más artículos de este autorJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PerúBusque más artículos de este autorKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PerúBusque más artículos de este autorMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúBusque más artículos de este autorPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúBusque más artículos de este autorGioconda Manassero-Morales, Gioconda Manassero-Morales Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PerúBusque más artículos de este autorManuel F. Utegar-Gil, F. Uteil Universidad Científica del Sur, Perú Departamento de Rheatología. Hospital Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorEduardo Acevedo-Vásquez, Escuela de Medicina Eduardo Acevedo-Vásquez, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde Centro Tecnológico y de Investigación INBIOMEDIC, Lima, PerúBuscar más artículos de este authorYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PerúSearch for more papers by this authorJuan M. Iglesias-Pedraz, Juan M. Iglesias-Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca-Barriga, Hugo Abarca-Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INSN), Lima, Perú Facultad de Estomatología, Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Facultad de Medicina Humana, Universidad Ricardo Palma, Lima, PerúSearch for more papers by this author Heinner Guio, Corresponding Author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondence Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Perú, Perú. Correo electrónico: heinnerguio@gmail.comBusque más artículos de este autorJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PerúBusque más artículos de este autorKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PerúBusque más artículos de este autorMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúBusque más artículos de este autorPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúBusque más artículos de este autorGioconda Manassero-Morales, Gioconda Manassero-Morales Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PerúBusque más artículos de este autorManuel F. Utegar-Gil, F. Uteil Universidad Científica del Sur, Perú Departamento de Rheatología. 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EsSalud, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorEduardo Acevedo-Vásquez, Escuela de Medicina Eduardo Acevedo-Vásquez, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúBuscar más artículos de este autorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde Centro Tecnológico y de Investigación INBIOMEDIC, Lima, PerúBuscar más artículos de este authorYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PerúSearch for more papers by this authorJuan M. 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Más información.Copiar URL Compartir un enlaceCompartir enFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Resumen gráfico Los peruanos actualmente conservan en su ADN la historia de 2,5 millones de años de evolución humana y 150.000 años de migración de África a Perú o las Américas. En esta revisión se muestra el desarrollo de la Genética y Genómica en el ámbito clínico y académico. 1 DEMOGRAFÍA PERUANA El Perú es un país pluricultural y étnicamente diverso ubicado en el medio oeste de América del Sur. Es el cuarto país más grande (1.285.216 km2) en superficie de América del Sur, limita al norte con Ecuador y Colombia, al sur con Chile, al sureste con Bolivia, al este con Brasil y al oeste con el Océano Pacífico. Perú tiene uno de los climas más diversos, geográficos y ecológicos del mundo, desde los desiertos tropicales o subtropicales hasta los glaciares en las montañas de las tierras altas y la selva amazónica. Perú está dividido en 24 regiones geopolíticas con un gobierno central. Según el último censo nacional en 2017, las poblaciones peruanas representan 31.237.385 habitantes (Instituto Nacional de Estadística e Informática [INEI], 2017). La mayor parte de la población del Perú vive en la zona costera, con casi un tercio de la población del país viviendo en Lima, la ciudad más grande con aproximadamente 11 millones de personas. La población rural y urbana ha cambiado en los últimos 50 años debido a las olas migratorias en la década de 1950 de los sitios rurales a los urbanos ubicados principalmente en la costa, lo que ha provocado la disminución o desaparición de las comunidades nativas. El sistema de salud peruano en Perú incluye cinco subsistemas diferentes: (a) Ministerio de Salud que brinda servicios a personas categorizadas como pobres y extremadamente pobres (alrededor de la población) cubiertas por SIS (seguro integral de salud), (b) Subsistema de seguridad social (EsSalud) administrado por el Ministro de Trabajo y Empleo que brinda servicios a empleados formales y sus dependientes (26.7% de la población), (c) Subsistema de las Fuerzas Armadas administrado por el Ministro de Defensa, (d) Subsistema de las fuerzas policiales administrado por el Ministerio del Interior y (e) el sector privado (Alcalde-Rabanal, Lazo-González, & Nigenda, 2011; Ypanaqué-Luyo & Martins, 2015). Dentro de las enfermedades más prevalentes en el Perú, las enfermedades infecciosas (virales o bacterianas) de las vías respiratorias superiores tienen las tasas de morbilidad más altas y el cáncer (gástrico, cervical, uterino, de mama, próstata y pulmón) las tasas de mortalidad más altas (INEI, 2015). Esto brinda la oportunidad única de realizar diversos estudios genéticos sobre las enfermedades infecciosas y no infecciosas más prevalentes que afectan a la población peruana. 2 SERVICIOS DE SALUD DE GENÉTICA Y GENÓMICA Los servicios genéticos en el Perú son escasos pero crecen a pesar de las limitaciones en infraestructura y recursos humanos calificados. Los muy pocos servicios genéticos públicos disponibles en el país ofrecen atención clínica y asesoramiento genético proporcionado por genetistas médicos y otros especialistas con capacitación en genética. El diagnóstico molecular disponible se basa principalmente en técnicas citogenéticas, tecnologías de secuenciación basadas en PCR y Sanger. Hay 21 genetistas médicos acreditados en el registro nacional del Colegio Médico de Médicos del Perú (https://cmp.org.pe/conoce-a-tu-medico/), la mayoría de ellos trabajando en hospitales públicos dentro de la ciudad capital. La capacitación en genética humana y genética médica es escasa, con un solo programa acreditado de residencia en genética médica para médicos, un programa de posgrado en genética humana y un programa de posgrado en biología, genética y biotecnología para especialistas en biología molecular. Actualmente, el asesoramiento genético es ofrecido por genetistas médicos y otros especialistas con capacitación en genética; sin embargo, no existe un programa formal de asesoramiento genético acreditado en Perú. Además, las colaboraciones nacionales e internacionales han sido cruciales especialmente en el análisis bioinformático debido a que en Perú todavía no existe una carrera universitaria de bioinformática, las capacitaciones solo son parte de cursos, seminarios dentro y fuera de nuestro país. 2.1 Cribado neonatal Existen iniciativas hospitalarias aisladas para el cribado neonatal en el Perú. Para 2012, una ley establece el interés nacional de tener un programa universal de detección de recién nacidos, priorizando la detección de hipotiroidismo congénito (CH), hiperplasia suprarrenal congénita (CAH), fenilcetonuria (PKU), fibrosis quística, pérdida de audición y cataratas congénitas (Galán-Rodas, Duenas, Obando y Saborio 2013). Hasta ahora, existen programas independientes de cribado neonatal en los principales hospitales del subsistema Ministerio de Salud, Seguridad Social (EsSalud) y del sector privado. El programa de EsSAlud comenzó en 2011 (INEI, 2015), incluyendo la detección de CH, PKU, CAH y galactosemia (GAL) disponible en todos los centros de salud de EsSalud en todo el país. La incidencia de CH, CAH, PKU y GAL fue de 1:3.211, 1:22.207, 1:46.970 y 1:37.576, respectivamente (Datos según el Dr. M. Dueñas). Sin embargo, Perú aún no ha implementado completamente el Programa Nacional de Detección de Recién Nacidos en Centros Médicos Públicos. 2.2 Vigilancia de defectos congénitos Desde 2012, existe un registro hospitalario de defectos congénitos en el hospital terciario del subsistema de seguridad social, que forma parte de la contribución al Estudio Colaborativo Latinoamericano de Malformaciones Congénitas (ECLAMC) (Cruz-Ticona et al., 2015), Los defectos de nacimiento más comunes son los siguientes: defectos cardíacos congénitos, síndrome de Down, labio leporino y/o paladar hendido, hidrocefalia y defectos del tubo neural. 2.3 Genética pediátrica Genética clínica iniciada en el Hospital Guillermo Almenara Irigoyen en 1968, con dismorfología clínica y prueba diagnóstica de cariotipo sin bandas (Delgado-Matallana, 2000). Además, la dismorfología clínica floreció en el Instituto Nacional de Salud del Niño-Breña (INSN-Breña), con la ventaja de ser el instituto nacional representativo de la salud infantil. A lo largo de los años, toda esta experiencia se publicó como un libro único en dismorfología que vincula imágenes de pacientes (autorizadas por los padres) y una explicación clínica y molecular sucinta de las enfermedades. Esta recopilación titulada "Atlas de Dismorfología Pediátrica" (Atlas of Pediatric Dysmorphology) reunió más de 200 síndromes y casos clínicos reconocibles con imágenes de pacientes peruanos (Klein, Gallardo, Chavez y Abarca, 2012). Además, INSN-Breña es una de las instituciones nacionales más grandes donde los pacientes de Perú y dentro del sistema de salud del MINSA reciben diagnóstico y tratamiento. En la Tabla 1, podemos observar la frecuencia de trastornos genéticos diagnosticados en esta institución al Servicio del Error Genético y Congénito del Metabolismo. Tabla 1. Frecuencia de trastornos genéticos diagnosticados en el Instituto Nacional de Salud peruano Breña (INSN-Breña) De 2014 a 2018 Trastornos genéticos Conteo diagnósticoa Porcentaje síndrome de Down 1,344 12.69 Retraso psicomotor 582 5.49 Discapacidad intelectual 520 4.91 Retraso psicomotor sindrómico 342 3.23 Síndrome de Ehlers-Danlos hipermóvil 280 2.64 Discapacidad intelectual sindrómica 267 2.52 Trastorno del espectro autista 251 2.37 Tamaño corto 202 1.91 Sindrómico corto 199 1.88 Retraso del lenguaje 191 1.8 Neurofibromatosis 1 159 1.5 Microcefalia sindrómica 150 1.42 Microtia 142 1.34 Síndrome de Turner 128 1.21 Hemihiperplasia 117 1.1 Paladar hendido 116 1.09 Síndrome de malformación 112 1.06 Síndrome de Goldenhar 107 1.01 Maculas café-au-lait 106 1 Displasia esquelética 101 0.95 Síndrome de Noonan 96 0.91 Osteogénesis imperfecta 82 0.77 Microcefalia 75 0.71 Síndrome de Moebius 72 0.68 Hipotonía 58 0.55 Defecto del tubo neural 56 0.53 Epilepsia 56 0.53 Síndrome marfanoide 56 0.53 Trastor de la diferenciación sexual 56 0.53 Duchenne distrofia muscular palatina 52 0.49 Hendiditis palatina 49 0.46 Achondroplasia 463 0.43 Alteración cromosómica no equilibrada 45 0.42 Enfermedad del corazón 0.49 0.39 Síndrome congénito congénito 40.38 artrogriposis 39 0.37 Síndrome de sobrecrecimiento 38 0.36 Mucopolisacaridosis 36 0.34 Anomalía de Polonia 35 0.33 Catarata congénita 34 0.32 Macrocefalia 34 0.32 Miopatía 33 0.31 Síndrome de Williams 32 0.3 Atrofia muscular espinal 31 0.29 Secuencia de bandas amnióticas 31 0.29 Pérdida auditiva neurosensorial 30 0.28 Craneosinostosis 29 0.27 Fisura labio-palatal sindrómica 29 0.27 Malformación cardíaca 28 0.26 Síndrome de Beckwith-Wiedemann 24 0.23 Síndrome de Crouzon 24 0.23 Síndrome de Russell-Silver 23 0.22 Cardiopatía congénita sindrómica 21 0.2 Esclerosis tuberosa 21 0.2 Síndrome de Sotos 21 0.2 Encefalopatía epiléptica 20 0.19 Síndrome de Cornelia de Lange 20 0.19 Microftalmia sindrómica 19 0.18 Síndrome de McCune-Albright 18 0.17 Escoliosis 17 0.16 Leucodistrofia 17 0.16 Polineuropatía sensitivomotora 17 0.16 Encondromatosis múltiple 16 0.15 Holoprosencefalia 16 0.15 Raquitismo hipofosfatémico 16 0.15 Hipotiroidismo congénito 15 0.14 Lipodistrofia congénita 15 0.14 Microftalmia 15 0.14 Polidactilia 15 0.14 Síndrome de Kabuki 15 0.14 Acidosis tubular renal 14 0.13 Asociación VACTERL 14 0.13 Paladar hendido sindrómico 14 0.13 Malformación cardíaca sindrómica 14 0.13 Meromelia 14 0.13 Micropenia 14 0.13 Síndrome de Klippel–Feil 14 0.13 Síndrome de Prader–Willi 14 0.13 Síndrome de Waardenburg 14 0.13 Síndrome de blefarofimosis-ptosis epicanto-palpebral invertida 13 0.12 Síndrome cardiofaciocutáneo 13 0.12 Síndrome de Marshall 13 0.12 Disostosis espondilocostal 12 0.11 Exostosis múltiple 12 0.11 Hidrocefalia congénita 12 0.11 Macrocefalia sindrómica 12 0.11 Síndrome de Apert 12 0.11 Síndrome de Parry-Romberg 12 0.11 Disostosis cleidocraneal 11 0.1 Hipospases 11 0.1 Parálisis infantil cerebral 11 0.1 Albinismo 10 0.09 Fisura labial 10 0.09 Gastrosquisis 10 0.09 Secuencia de Pierre-Robin 10 0.09 Síndrome de Cayler 10 0.09 Síndrome de Holt-Oram 10 0.09 Sinostosis radio-ulnar 10 0.09 Braquidactilia 9 0.08 Displasia ectodérmica 9 0.08 Hiperplasia suprarrenal congénita 9 0.08 Hipomelanosis de Ito 9 0.08 Inmunodeficiencia primaria 9 0.08 Malformación anorrectal 9 0.08 Síndrome 3MC 9 0.08 Síndrome de Costello 9 0.08 Síndrome de Klinefelter 9 0.08 Síndrome de Klippel-Trenaunay-Weber 9 0.08 Cardiomiopatía dilatada 8 0.08 Displasia ectodérmica hipohidrótica 8 0.08 Esquizencefalia 8 0.08 Hemihiperplasia sindrómica 8 0.08 Síndrome de Rubinstein–Taybi 8 0.08 Síndrome de Stickler 8 0.08 Anemia Fanconi 7 0.07 Colestasis intrahepática 7 0.07 Enfermedad de Charcot-Marie-Tooth 7 0.07 Enfermedad de Gaucher 7 0.07 Enfermedad neuromuscular 7 0.07 Heterotaxia 7 0.07 Congénita primaria microcefalia 7 0,07 Osteopetrosis 7 0,07 Paraparesia espástica en la familia 7 0,07 Síndrome de Bardet-Biedl 7 0,07 Síndrome de Moebius-Anomalía Polonia 7 0,07 Síndrome de Pallister-Killian 7 0,07 Síndrome de Prune-Belly 7 0,07 Tricorinofalangeal 7 0,07 Trisomía 18 7 0,07 Ataxia-telangiectasia 6 0,06 Catarata congénita sindrómica 6 0,06 Disostosis mandibulofacial 6 0,06 Faunatosis pigmentosa 6 0,06 Malformación anorrectal sindrómica 6 0,06 Síndrome de Escobar 6 0,06 Síndrome de Treacher-Collins 6 0,06 Aniridia 5 0,05 Incontinencia pigmenti 5 0,05 Linfangioma quístico 5 0,05 Síndrome de Angelman 5 0,05 Síndrome de Coffin-Lowry 5 0,05 Síndrome de FATCO 5 0,05 Síndrome de insensibilidad androgénica 5 0,05 Subluxación cristalina 5 0,05 Ataxia 4 0,04 Glucosa-6-fosfato deshidrogenasa deficiente 4 0,04 Hipotricosis congénita 4 0,04 Síndrome de Ehlsan 4 0,04 Síndrome de Hallermann 4 0,04 Síndrome de Loietz 4 0,04 Síndrome de Proteína 4 0,04 Nota 4 0,04 Síndrome de Couriga Abarria 2,04 Diagnóstico genético para otros casos no conocidos. El análisis de micromatrices cromosómicas es la prueba de diagnóstico clínico de primer nivel para pacientes con discapacidad intelectual, trastornos del espectro autista y anomalías congénitas (Miller et al., 2010), esta técnica fue implementada y desarrollada en el INSN-Breña, revelando etiología en más del 50% de los pacientes con discapacidad intelectual y retraso en el desarrollo (Abarca-Barriga, Chávez Pastor, Trubnykova, Vásquez, & Poterico, 2017), con consulta genética clínica previa. Además, encontramos variantes novedosas y demostramos cómo la pérdida de variantes del número de copias (CNV) dio como resultado la deleción homocigótica en los genes MPLKIP (OMIM # 609188) y SUGCT (OMIM # 609187), que son causas de tricotiodistrofia tipo 4 y aciduria glutárica tipo 3, respectivamente (Serna-Infantes et al., 2018) .Además, nos permitió describir a un paciente con síndrome 18p-/18q+, aumentando el fenotipo al describir la hematuria microscópica persistente y la pseudocoartación aórtica con engrosamiento descendente de las paredes de la aorta, lo que sugiere la arteritis de Takayasu (Poterico et al., 2017). La colaboración con genetistas europeos permitió el informe de nuevas CNV de la secuencia reguladora ZPA (ZRS) del potenciador de extremidades Sonic hedgehog (SHH) en el cromosoma 7q36 y su relación con síndromes específicos de polisindactilia. Estas microduplicaciones se correlacionaron con el síndrome de Laurin-Sandrow y la polisindactilia de tipo Haas, de acuerdo con la longitud de la región ZRS (Lohan et al., 2014). Además, los genetistas peruanos del INSN describieron casos únicos de displasia queloide pterigion-digital (Abarca et al., 2014), síndrome H (Abarca Barriga, Trubnykova, Polar Córdoba, Ramos Díaz y Avilés, 2016), síndrome de van der Knaap (Hamilton et al., 2018) y síndrome de Shawaf-Traboulsi (Abarca Barriga et al., 2018). Por último, la colaboración internacional permitió reportes de dos síndromes genéticos comunes, es decir, Noonan (Kruszka et al., 2018) y Williams-Beuren (Kruszka et al., 2018), con genetistas clínicos del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano de los Institutos Nacionales de Salud; y con otros genetistas de diferentes sitios en el mundo, contribuyendo al área de genética clínica en todo el mundo. Una decisión política permitió a la población peruana tener una nueva institución para la atención médica infantil. Este instituto especializado se llama Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB) y es un centro de referencia nacional para casos complejos que requieren tratamiento quirúrgico o trasplante. El Servicio de Genética comenzó en 2015, con un rápido desarrollo en las actividades clínicas y de laboratorio. Las consultas de genética clínica en el INSN-SB son realizadas por cinco genetistas clínicos, estimando 400 pacientes atendidos cada mes aproximadamente. El diagnóstico más frecuente es el síndrome de Down. La evaluación incluye un número creciente de pacientes con diagnóstico de anomalías cardíacas (por ejemplo, heterotaxia, miocardiopatía dilatada), neurológicas (por ejemplo, epilepsia, discapacidad intelectual, pérdida de audición) o trastornos del comportamiento (por ejemplo, autismo). Los análisis citogenéticos se han implementado desde el establecimiento del Servicio de Genética en el INSN-SB, principalmente para análisis constitucionales. Además, hay estudios de médula ósea de niños con leucemia y prueba de fragilidad cromosómica para el diagnóstico de anemia de Fanconi, siendo el único centro que realiza esta prueba en Perú. Desde 2016, se han analizado más de 500 muestras de sangre y casi 200 de médula ósea. Por otro lado, se han analizado más de 600 muestras para la detección de alteraciones genéticas en pacientes con neoplasias hematológicas. Los proyectos de investigación en curso con inversión institucional involucran anomalías cardíacas y farmacogenética en niños con leucemia. INSN-SB está trabajando en temas administrativos y logísticos para la obtención de equipos y recursos humanos para la implementación de la prueba de panel genético utilizando secuenciación de próxima generación (NGS) en enfermedades pediátricas, como anomalías cardíacas, síndromes de insuficiencia de médula ósea, entre otras. 2.4 Genética del cáncer La genética clínica y el asesoramiento en oncología se iniciaron en 2006 en el Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (INEN) como una iniciativa de investigación con financiación pública. Desde entonces, las consultas genéticas han ido aumentando no solo en número sino también en condiciones clínicas con colaboraciones internas y externas, a medida que más médicos no genéticos conocen las condiciones hereditarias. Además, la formación clínica en genética tiene al INEN como nodo único para futuros genetistas médicos. Más de 1.500 pacientes han asistido a una consulta de genetista clínico; incluso si la referencia a la consulta genética en el INEN es 4 son herramientas moleculares útiles para la estratificación del riesgo de GC en biopsias endoscópicas (Pirini et al., 2017) .Un interesante estudio en nativos peruanos (quechuas de los Andes Centrales) no encontró asociación entre SNPs candidatos y GC (Zamudio et al., 2016). El veinte por ciento de los países de América Latina han desarrollado pautas para la detección temprana del CCR, y en los últimos años con la llegada de la NGS se han realizado varias pruebas para detectar síndromes de cáncer hereditario, especialmente el síndrome de Lynch. Estos estudios en América Latina han informado que alrededor del 18% de los pacientes diagnosticados a una edad temprana tienen variantes patógenas en genes no tradicionalmente asociados con el CCR (por ejemplo, ATM [OMIM # 607585], CHEK2 [OMIM #604373], BRCA1, BRCA2, CDKN2A [OMIM # 600160], PALB2 [OMIM #610355]). Las variantes patógenas MHL1 (OMIM #120436) fueron más frecuentes en pacientes de Perú, México y Chile, mientras que las variantes patógenas MSH2 (OMIM # 609309) ocurrieron principalmente en pacientes de Colombia y Argentina (Ñique Carbajal, Sánchez Renteria, Lettiero, Wernhoff, & Domínguez-Valentin, 2014; Rossi et al., 2017). 2.5 Genética en enfermedades autoinmunes Se han publicado varios manuscritos sobre aspectos genéticos de enfermedades autoinmunes en poblaciones peruanas; la mayoría de ellos fueron esfuerzos de colaboración. En estos estudios participaron pacientes de hospitales de nivel terciario, principalmente los Hospitales Guillermo Almenara Irigoyen y Edgardo Rebagliati Martins del Sistema de Seguridad Social, y en el Hospital Cayetano Heredia del Sistema del Ministerio de Salud. Los estudios específicos se basaron en trastornos autoinmunes, como la artritis reumatoide (AR), el lupus eritematoso sistémico (les), la espondiloartritis (SpA) y la hepatitis autoinmune. Una nueva variante HLA-DRB1 (OMIM #142851) (14:02) fue reportada en el primero de este tipo de estudios peruanos sobre AR en 2001 (Castro et al.Un metaanálisis del polimorfismo HLA-DQA1 (OMIM # 146880) en poblaciones latinoamericanas incluyó dos informes peruanos sobre este tema: del Hospital Guillermo Almenara Irigoyen y del Hospital del Ejército de la Fuerza Aérea (Delgado-Vega & Anaya, 2007). Otra colaboración latinoamericana, el consorcio Genome of RA network (GENAR), encontró que cuanto más ascendencia amerindia, menores son las probabilidades de cumplir con varios criterios de AR (Sánchez et al., 2017) .Por otro lado, los descendientes amerindios podrían tener nuevos loci genéticos relacionados con la AR (Herráez et al., 2013) .En SLE, dos hospitales peruanos (Hospitales Guillermo Almenara Irigoyen y Edgardo Rebagliati Martins) forman parte de GENLES (Genoma de Lupus Eritematoso Sistémico Network consortium/Genome of SLE network consortium) que es el mayor estudio genético en poblaciones latinoamericanas. Esta cohorte ha informado que la ascendencia amerindia se relaciona con una mayor carga genética de los alelos de riesgo de les en comparación con los caucásicos (Sánchez et al., 2010) y con una enfermedad más grave (Sánchez et al., 2012). Sin embargo, cuando se compararon dos cohortes con una ascendencia similar (LUMINA [Lupus in Minorities: Nature vs. Nurture] y GLADEL [Grupo Latinoamericano de Estudio de Lupus/Latin American Group for the Study of SLE]), las diferencias de resultado no pudieron explicarse por la ascendencia amerindia (Ugarte-Gil et al., 2015). Además, GENLES, en colaboración con otras cohortes de EE. UU. y Europa, informó varios loci nuevos (Langefeld et al., 2017; Ugarte-Gil et al., 2015). Como parte de una cohorte peruana de les denominada cohorte de lupus de Almenara, se ha iniciado un estudio de hipometilación en pacientes con les en colaboración con la Universidad de California en San Francisco (UCSF). Con respecto a la SpA y su principal riesgo genético (es decir, HLA-B27 [OMIM #142830]), una población peruana del Hospital Cayetano Heredia en 1981 (Alarcon et al., 1981) informó una baja frecuencia de antígeno HLA-B27. Esta aseveración afecta a pacientes peruanos de SpA (Cuchacovich et al., 2002), explicai
Molecular Genetics & Genomic MedicineVolume 6, Issue 6 p. 873-886 GENETICS AND GENOMIC MEDICINE AROUND THE WORLDOpen Access Genetics and genomics in Peru: Clinical and research perspective Heinner Guio, Corresponding Author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondence Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú. Email: heinnerguio@gmail.comSearch for more papers by this authorJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PeruSearch for more papers by this authorKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this authorMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúSearch for more papers by this authorGioconda Manassero-Morales, Gioconda Manassero-Morales Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PeruSearch for more papers by this authorManuel F. Ugarte-Gil, Manuel F. Ugarte-Gil Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Rheumatology Department. Hospital Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo-Vásquez, Eduardo Acevedo-Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by this authorRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this authorYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PeruSearch for more papers by this authorJuan M. Iglesias-Pedraz, Juan M. Iglesias-Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca-Barriga, Hugo Abarca-Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INSN), Lima, Peru Facultad de Estomatología, Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Facultad de Medicina Humana, Universidad Ricardo Palma, Lima, PerúSearch for more papers by this author Heinner Guio, Corresponding Author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondence Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú. Email: heinnerguio@gmail.comSearch for more papers by this authorJulio A. Poterico, Julio A. Poterico Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PeruSearch for more papers by this authorKelly S. Levano, Kelly S. Levano INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this authorMario Cornejo-Olivas, Mario Cornejo-Olivas Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorPilar Mazzetti, Pilar Mazzetti Neurogenetics Research Center, Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas, Lima, Perú School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, PerúSearch for more papers by this authorGioconda Manassero-Morales, Gioconda Manassero-Morales Servicio de Genética, Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB), Lima, PeruSearch for more papers by this authorManuel F. Ugarte-Gil, Manuel F. Ugarte-Gil Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Rheumatology Department. Hospital Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo-Vásquez, Eduardo Acevedo-Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas-Roque, Milagros Dueñas-Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by this authorRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca-Zambrano, Sandro Casavilca-Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo-Valverde, Luis Jaramillo-Valverde INBIOMEDIC Research and Technological Center, Lima, PeruSearch for more papers by this authorYasser Sullcahuaman-Allende, Yasser Sullcahuaman-Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, PeruSearch for more papers by this authorJuan M. Iglesias-Pedraz, Juan M. Iglesias-Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca-Barriga, Hugo Abarca-Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INSN), Lima, Peru Facultad de Estomatología, Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Facultad de Medicina Humana, Universidad Ricardo Palma, Lima, PerúSearch for more papers by this author First published: 25 December 2018 https://doi.org/10.1002/mgg3.533Citations: 8AboutSectionsPDF ToolsRequest permissionExport citationAdd to favoritesTrack citation ShareShare Give accessShare full text accessShare full-text accessPlease review our Terms and Conditions of Use and check box below to share full-text version of article.I have read and accept the Wiley Online Library Terms and Conditions of UseShareable LinkUse the link below to share a full-text version of this article with your friends and colleagues. Learn more.Copy URL Share a linkShare onFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Graphical Abstract Peruvians currently preserve in their DNA the history of 2.5 million years of human evolution and 150,000 years of migration from Africa to Peru or the Americas. The development of Genetics and Genomics in the clinical and academic field is shown in this review. 1 PERUVIAN DEMOGRAPHICS Peru is a pluricultural and ethnically diverse country located in middle west of South America. It is the fourth largest country (1,285,216 km2) in area in South America, bordered in the north by Ecuador and Colombia, in the south by Chile, south east by Bolivia, by Brazil in the east and by the Pacific Ocean in the west. Peru has one of the most diverse climates, geographical and ecological in the world, from tropical or subtropical dessert to glacial in highland mountains to Amazon jungle. Peru is divided into 24 geopolitical regions with a central government. According to last national census in 2017, Peruvian populations accounts for 31,237,385 inhabitants (Instituto Nacional de Estadistica e Informatica [INEI], 2017). Most of Peru's population lives in the Coastal area, with almost one third of the nation's population living in Lima, the largest city with approximately 11 million people. Rural and urban population has changed over the last 50 years due to migration waves in the 1950s from rural to urban sites mainly located in the coast causing decrease or disappearance of native communities. The Peruvian health care system in Peru includes five different subsystems: (a) Ministry of Health that provides services to people categorized as poor and extremely poor (around of the population) covered by SIS (Integral Health insurance), (b) Social security subsystem (EsSalud) administered by Labor and Employment Minister that provides services to formal employees and their dependents (26.7% of population), (c) Armed Forces subsystem run by Minister of Defense, (d) Police forces subsystem administered by Ministry of Interior and (e) the Private sector (Alcalde-Rabanal, Lazo-González, & Nigenda, 2011; Ypanaqué-Luyo & Martins, 2015). Within the most prevalent diseases in Peru, upper respiratory infectious (viral or bacterial) diseases have the highest morbidity rates and cancer (gastric, cervical, uterine, breast, prostate, and lung) the highest mortality rates (INEI, 2015). This gives the unique opportunity for diverse genetic studies in the most prevalent infectious and non-infectious diseases afflicting the Peruvian population. 2 HEALTHCARE SERVICES OF GENETICS AND GENOMICS Genetic services in Peru are scarce but growing despite limitations in infrastructure and qualified human resources. The very few public genetic services available in the country offer clinical care and genetic counseling provided by medical geneticists and other specialists with training on genetics. Available molecular diagnosis is mostly based on cytogenetic techniques, PCR-based and Sanger sequencing technologies. There are 21 accredited medical geneticists in national registry of the Peruvian Medical college of Physician (https://cmp.org.pe/conoce-a-tu-medico/) most of them working in public hospitals within the Capital city. Training in human genetics and medical genetics are scarce with only one accredited medical genetics residency program for physicians, one postgraduate program on human genetics and one biology, genetics and biotechnology graduate program for molecular biology specialists. Genetic counseling is currently offered by medical geneticists and other specialists with training in genetics; however, there is no formal accredited Genetic counseling program in Peru. In addition, national and international collaborations have been crucial specially in bioinformatic analysis due to in Peru there is still no university bioinformatics career, the trainings only are part of courses, seminars inside and outside our country. 2.1 Newborn screening There are isolated hospital initiatives for newborn screening in Peru. By 2012, a law state the national interest for having a Universal Newborn screening program, prioritizing screening for congenital hypothyroidism (CH), congenital adrenal hyperplasia (CAH), phenylketonuria (PKU), cystic fibrosis, hearing loss and congenital cataract (Galán-Rodas, Duenas, Obando, & Saborio 2013). Up to now, there are independent newborn screening programs in main hospitals of Ministry of Health, Social security (EsSalud) subsystem and private sector. The program from EsSAlud started back in 2011 (INEI, 2015), including screening for CH, PKU, CAH, and galactosemia (GAL) available in every single EsSalud healthcare center across the country. The incidence of CH, CAH, PKU, and GAL was 1:3,211, 1:22,207, 1:46,970, and 1:37,576, respectively (Data according to Dr. M. Dueñas). However, Peru has not yet completely implemented National Newborn Screening Program in Public Medical Centers. 2.2 Surveillance of birth defects Since 2012, there is a hospital-based registry for birth defects at the tertiary hospital of the social security subsystem, which is part of contributing to the Latin American Collaborative Study of Congenital Malformations (ECLAMC) (Cruz-Ticona et al., 2015), The most common birth defects are as follows: congenital heart defects, Down syndrome, cleft lip and/or palate, hydrocephaly and neural tube defects. 2.3 Pediatric genetics Clinical genetics started at the Hospital Guillermo Almenara Irigoyen in 1968, with clinical dysmorphology and karyotype diagnostic test without banding (Delgado-Matallana, 2000). Furthermore, clinical dysmorphology flourished at Instituto Nacional de Salud del Niño-Breña (INSN-Breña), with the advantage of being the representative national institute for children's health. Over the years, all this experience was published as a unique book in dysmorphology linking patient (authorized by parents) images and a succinct clinical and molecular explanation of diseases. This recompilation entitled "Atlas de Dismorfología Pediátrica" (Atlas of Pediatric Dysmorphology) gathered more than 200 syndromes and recognizable clinical cases with Peruvian patients' pictures (Klein, Gallardo, Chavez, & Abarca, 2012). Furthermore, INSN-Breña is one of the biggest national institutions where patients from Peru and within the MINSA healthcare system receive diagnosis and management. In Table 1, we can observe the frequency of diagnosed genetic disorders in this institution at the Service of Genetic and Inborn Error of Metabolism. Table 1. Frequency of genetic disorders diagnosed in the Peruvian National Institute of Health Breña (INSN-Breña) from 2014 to 2018 Genetic disorders Diagnostic countsa Percentage Down syndrome 1,344 12.69 Psychomotor retardation 582 5.49 Intellectual disability 520 4.91 Syndromic psychomotor delay 342 3.23 Syndrome Ehlers-Danlos hypermobile 280 2.64 Syndromic intellectual disability 267 2.52 Autism spectrum disorder 251 2.37 Short size 202 1.91 Syndromic short 199 1.88 Language delay 191 1.8 Neurofibromatosis 1 159 1.5 Syndromic microcephaly 150 1.42 Microtia 142 1.34 Turner syndrome 128 1.21 Hemihyperplasia 117 1.1 Cleft lip-palate 116 1.09 Malformation syndrome 112 1.06 Goldenhar syndrome 107 1.01 Macules café-au-lait 106 1 Skeletal dysplasia 101 0.95 Noonan syndrome 96 0.91 Imperfect osteogenesis 82 0.77 Microcephaly 75 0.71 Moebius syndrome 72 0.68 Hypotonia 58 0.55 Neural tube defect 56 0.53 Epilepsy 56 0.53 Marfanoid syndrome 56 0.53 Disorder of sexual differentiation 56 0.53 Duchenne muscular dystrophy 52 0.49 Palatal cleft 49 0.46 Achondroplasia 46 0.43 Unbalanced chromosome alteration 45 0.42 Congenital heart disease 41 0.39 Marfan syndrome 40 0.38 Congenital multiple arthrogryposis 39 0.37 Overgrowth syndrome 38 0.36 Mucopolysaccharidosis 36 0.34 Poland anomaly 35 0.33 Congenital cataract 34 0.32 Macrocephaly 34 0.32 Myopathy 33 0.31 Williams syndrome 32 0.3 Spinal muscular atrophy 31 0.29 Sequence of amniotic bands 31 0.29 Sensorineural hearing loss 30 0.28 Craniosynostosis 29 0.27 Syndromic lip-palatal fissure 29 0.27 Cardiac malformation 28 0.26 Beckwith-Wiedemann syndrome 24 0.23 Crouzon syndrome 24 0.23 Russell-Silver syndrome 23 0.22 Syndromic congenital heart disease 21 0.2 Tuberous sclerosis 21 0.2 Sotos syndrome 21 0.2 Epileptic encephalopathy 20 0.19 Cornelia de Lange syndrome 20 0.19 Syndromic microphthalmia 19 0.18 McCune-Albright syndrome 18 0.17 Scoliosis 17 0.16 Leukodystrophy 17 0.16 Sensory-motor polyneuropathy 17 0.16 Multiple enchondromatosis 16 0.15 Holoprosencephaly 16 0.15 Hypophosphatemic rickets 16 0.15 Congenital hypothyroidism 15 0.14 Congenital lipodystrophy 15 0.14 Microphthalmia 15 0.14 Polydactyly 15 0.14 Kabuki syndrome 15 0.14 Renal tubular acidosis 14 0.13 VACTERL Association 14 0.13 Syndromic cleft palate 14 0.13 Syndromic cardiac malformation 14 0.13 Meromelia 14 0.13 Micropene 14 0.13 Klippel–Feil syndrome 14 0.13 Prader–Willi syndrome 14 0.13 Waardenburg syndrome 14 0.13 Blepharophimosis syndrome—inverted epicanthus—palpebral ptosis 13 0.12 Cardiofaciocutaneous syndrome 13 0.12 Marshall syndrome 13 0.12 Spondylocostal dysostosis 12 0.11 Multiple exostosis 12 0.11 Congenital hydrocephalus 12 0.11 Syndromic macrocephaly 12 0.11 Apert syndrome 12 0.11 Parry-Romberg syndrome 12 0.11 Cleidocranial dysostosis 11 0.1 Hypospasses 11 0.1 Cerebral infantile paralysis 11 0.1 Albinism 10 0.09 Lip fissure 10 0.09 Gastroschisis 10 0.09 Pierre-Robin sequence 10 0.09 Cayler syndrome 10 0.09 Holt-Oram syndrome 10 0.09 Radio-ulnar synostosis 10 0.09 Brachydactyly 9 0.08 Ectodermal dysplasia 9 0.08 Congenital adrenal hyperplasia 9 0.08 Hypomelanosis of Ito 9 0.08 Primary immunodeficiency 9 0.08 Anorectal malformation 9 0.08 3MC syndrome 9 0.08 Costello syndrome 9 0.08 Klinefelter syndrome 9 0.08 Klippel-Trenaunay-Weber syndrome 9 0.08 Dilated cardiomyopathy 8 0.08 Hypohidrotic ectodermal dysplasia 8 0.08 Schizencephaly 8 0.08 Syndromic hemihyperplasia 8 0.08 Rubinstein–Taybi syndrome 8 0.08 Stickler syndrome 8 0.08 Anemia Fanconi 7 0.07 Intrahepatic cholestasis 7 0.07 Charcot-Marie-Tooth disease 7 0.07 Gaucher disease 7 0.07 Neuromuscular disease 7 0.07 Heterotaxia 7 0.07 Primary congenital microcephaly 7 0.07 Osteopetrosis 7 0.07 Spastic paraparesis in the family 7 0.07 Bardet-Biedl syndrome 7 0.07 Moebius syndrome-Anomaly Poland 7 0.07 Pallister-Killian syndrome 7 0.07 Prune-belly syndrome 7 0.07 Tricorinophalangeal syndrome 7 0.07 Trisomy 18 7 0.07 Ataxia-telangiectasia 6 0.06 Syndromic congenital cataract 6 0.06 Mandibulofacial dysostosis 6 0.06 Faunatosis pigmentosa 6 0.06 Syndromic anorectal malformation 6 0.06 Hand held 6 0.06 Escobar syndrome 6 0.06 Treacher-Collins syndrome 6 0.06 Aniridia 5 0.05 Incontinence pigmenti 5 0.05 Cystic lymphangioma 5 0.05 Angelman syndrome 5 0.05 Coffin-Lowry syndrome 5 0.05 FATCO syndrome 5 0.05 Androgen Insensitivity syndrome 5 0.05 Crystalline subluxation 5 0.05 Ataxia 4 0.04 Glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency 4 0.04 Congenital hypotrichosis 4 0.04 Syndromic infantile cerebral paralysis 4 0.04 Fetal alcohol syndrome 4 0.04 CHARGE syndrome 4 0.04 Ehlers-Danlos syndrome VI 4 0.04 Hallermann-Streiff syndrome 4 0.04 Loeys-Dietz syndrome 4 0.04 Proteus syndrome 4 0.04 Note Courtesy: Dr. Hugo Abarca-Barriga. a Table does not show 2,743 diagnostic cases for others genetic disorders of unknown etiology. Chromosomal microarray analysis, is the first-tier clinical diagnostic test for patients with intellectual disability, autism spectrum disorders and congenital anomalies (Miller et al., 2010). This technique was implemented and developed at INSN-Breña, revealing etiology in more than 50% of patients with intellectual disability and development delay (Abarca-Barriga, Chávez Pastor, Trubnykova, Vásquez, & Poterico, 2017), with a previous clinical genetic consultation. Furthermore, we found novel variants and demonstrated how loss of copy number variants (CNV) resulted in homozygous deletion in MPLKIP (OMIM #609188) and SUGCT (OMIM #609187) genes, which are causes of Trichothiodystrophy type 4 and glutaric aciduria type 3, respectively (Serna-Infantes et al., 2018). Also, it allowed us to describe a patient with 18p−/18q+ syndrome, adding to the phenotype by describing the persistent microscopic hematuria and aortic pseudocoarctation with descending aorta walls thickening, suggesting Takayasu's arteritis (Poterico et al., 2017). Collaboration with European geneticists allowed the report of novel CNVs of the Sonic hedgehog (SHH) limb enhancer ZPA regulatory sequence (ZRS) on chromosome 7q36 and its relationship with specific polysyndactyly syndromes. These microduplications correlated to Laurin–Sandrow syndrome and Haas-type polysyndactyly, according to the ZRS region length (Lohan et al., 2014). Moreover, Peruvian geneticists of INSN described unique cases of pterygium-digital keloid dysplasia (Abarca et al., 2014), H syndrome (Abarca Barriga, Trubnykova, Polar Córdoba, Ramos Diaz, & Aviles, 2016), van der Knaap syndrome (Hamilton et al., 2018), and Shawaf-Traboulsi syndrome (Abarca Barriga et al., 2018). Last, international collaboration permitted reports of two common genetic syndromes—that is, Noonan (Kruszka et al., 2018) and Williams-Beuren (Kruszka et al., 2018)—with clinical geneticists of the National Human Genome Research Institute of The National Institutes of Health; and with other geneticists of different sites in the globe, contributing to the worldwide clinical genetics area. A political decision allowed the Peruvian population to have a novel institution for children's healthcare. This specialized institute is called Instituto Nacional de Salud del Niño San Borja (INSN-SB) and is a national reference center for complex cases requiring surgical treatment or transplantation. The Genetics Service started in 2015, with a rapid development in clinical and laboratory activities. The clinical genetics consultations at INSN-SB are carried out by five clinical geneticists, estimating 400 patients attending every month approximately. The most frequent diagnosis is Down syndrome. Evaluation includes an increasing number of patients with diagnosis of cardiac anomalies (e.g., heterotaxy, dilated cardiomyopathy), neurological (e.g., epilepsy, intellectual disability, hearing loss) or behavioral disorders (e.g., autism). Cytogenetic analyses have been implemented since the establishment of the Genetics Service at INSN-SB, mostly for constitutional analyses. In addition, there are bone marrow studies of children with leukemia, and chromosome fragility test for diagnosis of Fanconi anemia—being the unique center doing this test in Peru. Since 2016, more than 500 blood and almost 200 bone marrow samples have been analyzed. On the other hand, more than 600 samples have been analyzed for detection of genetic alterations in patients with haematological neoplasms. Ongoing research projects with institutional investment involve cardiac anomalies and pharmacogenetics in children with leukemia. INSN-SB is working on administrative and logistics issues for obtaining equipment and human resources for the implementation of genetic panel test using next-generation sequencing (NGS) in pediatric diseases, such as cardiac anomalies, bone marrow failure syndromes, among others. 2.4 Cancer genetics Clinical genetics and counseling in oncology started in 2006 at the Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas (National Institute of Neoplastic Diseases—INEN) as a research initiative with public funding. Since that time, genetic consultations have been increasing not only in numbers but also in clinical conditions with internal and external collaborations, as more non-genetics physicians are aware of hereditary conditions. Moreover, the clinical training on genetics has INEN as the unique node for future medical geneticists. More than 1,500 patients have attended a clinical geneticist consultation; even if reference to the genetic consultation at INEN is 4 are useful molecular tools for GC risk stratification in endoscopic biopsies (Pirini et al., 2017). An interesting study in native Peruvians (Quechuas from the Central Andes) did not found an association between candidate SNPs and GC (Zamudio et al., 2016). Twenty percent of the Latin American countries have developed guidelines for early detection of CRC, and in the last years with the advent of NGS there have been several tests performed to detect hereditary cancer syndromes, especially Lynch syndrome. These studies in Latin America have reported about 18% of patients diagnosed at a young age have pathogenic variants in genes not traditionally associated with CRC (e.g., ATM [OMIM #607585], CHEK2 [OMIM #604373], BRCA1, BRCA2, CDKN2A [OMIM #600160], PALB2 [OMIM #610355]). MHL1 (OMIM #120436) pathogenic variants were more frequent in patients from Peru, Mexico and Chile, whereas MSH2 (OMIM #609309) pathogenic variants occurred mostly in patients from Colombia and Argentina (Ñique Carbajal, Sánchez Renteria, Lettiero, Wernhoff, & Domínguez-Valentin, 2014; Rossi et al., 2017). 2.5 Genetics in autoimmune diseases Several manuscripts have been published on genetic aspects of autoimmune diseases in Peruvian populations; most of them were collaborative efforts. These studies involved patients of tertiary-level hospitals, mainly the Hospitals Guillermo Almenara Irigoyen and Edgardo Rebagliati Martins from the Social Security System, and in the Hospital Cayetano Heredia from the Ministry of Health System. Specific studies relied on autoimmune disorders, such as rheumatoid arthritis (RA), systemic lupus erythematosus (SLE), spondyloarthritis (SpA) and autoimmune hepatitis. A new variant HLA-DRB1 (OMIM #142851) (14:02) was reported in the first of this sort of Peruvian studies on RA in 2001 (Castro et al., 2001). A meta-analysis of HLA-DQA1 (OMIM #146880) polymorphism in Latin American populations included two Peruvian reports on this issue: from the Hospital Guillermo Almenara Irigoyen and the Air Force Army Hospital (Delgado-Vega & Anaya, 2007). Another Latin American collaboration—Genome of RA network consortium (GENAR)—found that the more Amerindian ancestry, the lower odds of fulfilling several RA criteria (Sánchez et al., 2017). On the other hand, Amerindian descendants could have new genetic loci related to RA (Herráez et al., 2013). In SLE, two Peruvian hospitals (Hospitals Guillermo Almenara Irigoyen and Edgardo Rebagliati Martins) are part of GENLES (Genoma de Lupus Eritematoso Sistémico Network consortium/Genome of SLE network consortium) which is the biggest genetic study in Latin American populations. This cohort has reported that Amerindian ancestry relates to higher genetic load of SLE risk alleles compared to Caucasian (Sanchez et al., 2010) and to a more severe disease (Sánchez et al., 2012). Nevertheless, when two cohorts with a similar ancestry were compared (LUMINA [Lupus in Minorities: Nature vs. Nurture] and GLADEL [Grupo Latino Americano de Estudio de Lupus/Latin American Group for the Study of SLE]), outcome differences could not be explained by Amerindian ancestry (Ugarte-Gil et al., 2015). Furthermore, GENLES, in collaboration with other cohorts from US and Europe, reported several new loci (Langefeld et al., 2017; Ugarte-Gil et al., 2015). As part of a Peruvian SLE Cohort named the Almenara Lupus Cohort, a study of hypomethylation in SLE patients has been started in collaboration with the University of California in San Francisco (UCSF). Regarding SpA and its main genetic risk (i.e., HLA-B27 [OMIM #142830]), a Peruvian population from Hospital Cayetano Heredia in 1981 (Alarcon et al., 1981) reported a low frequency of HLA-B27 antigen. This asseveration affects SpA Peruvian patients (Cuchacovich et al., 2002), explaini
علم الوراثة الجزيئية والطب الجيني المجلد 6، العدد 6 ص. 873-886 علم الوراثة والطب الجيني حول WORLDOpen Access Genetics and Genomics in Peru: Clinical and research perspective Heinner Guio, corresponding author Heinner Guio heinnerguio@gmail.com orcid.org/0000-0003-0078-1188 Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Correspondence Heinner Guio, Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, Perú. البريد الإلكتروني: heinnerguio@gmail.com ابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلفخوليو أ. بوتريكو، خوليو أ. بوتريكو المعهد الوطني لصحة بيرو، ليما، بيرو سيرفيسيو دي جينتيكا، المعهد الوطني لصحة النينيو سان بورخا (INSN - SB)، ليما، بيروابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف كيلي س. ليفانو، كيلي س. ليفانو إنبيوميديك مركز الأبحاث والتكنولوجيا، ليما، بيروابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف ماريو كورنيجو- أوليفاس، ماريو كورنيجو- أوليفاس مركز أبحاث علم الوراثة العصبية، المعهد الوطني للعلوم العصبية، ليما، بيرو كلية الطب، جامعة ماياسيونال دي ماركوس ليما، بحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف مانوسورو- مانوساليس، بيلار مازيتي مركز أبحاث علم الوراثي العصبي، المعهد الوطني للعلوم العصبية، ليما، بيرو، كلية الطب، جامعة ماياسيونال دي ماركوس، ليما، بيروس، بيروسيكا، بحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف مانوسور- مانوساليس، مانوساليسو سيرفيكو- سيرفاليسيكو، معهد سانتيكو- ساليكو- ساليتيكا، نيودو- ساليكا، ليما- ساليتا، ليما- ساليتا، ليما- بوريتا، بيرو (هذه الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف). مستشفى Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo - Vásquez, Eduardo Acevedo - Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas - Roque, Milagros Dueñas - Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú هذا المؤلفRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca - Zambrano, Sandro Casavilca - Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicasicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo - Valverde, Luis Jaramillo - Valde INBIEDIC Research and Technological Center, PeruSearch for this papers by Lima المؤلف ياسر سولكاهوامان- أليندي، ياسر سولكاهوامان- أليندي المعهد الوطني للأمراض العصبية الوراثية، ليما، جامعة بيرو للعلوم التطبيقية UPC، ليما، بيروالبحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلفخوان م. إغليسياس- بيدراز، خوان م. إغليسياس- بيدراز الجامعة العلمية للصور، ليما، بيرو لابوراتوريو دي جينتيكا الجزيئية والبيوكيميائية، قسم البحوث، التنمية والابتكار، جامعة سينتيفيكا ديل سور، ليما، بيرو البحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف هوجو أباركا- باريجا، هوغو أباركا- باريجا سيرفيكو دي جينتيكا & EIM، المعهد الوطني للصحة النينية بريانا (INN)، بيرو، ليما، كلية العلوم التطبيقية، جامعة سورفيكا، ليما، كلية الطب، بالكلورادا، ليما، ليما، كلية الطب البشري، ليما، ليما، ليما، مؤلف هذا المقال الذي كتبه المؤلف غوجو- غويو- غوينيرو- ليما، أو ليما- دي ليما- ليما، Peracido، Peraciuto Nacional de Salud del Niño Breña (INS)، بيرو، ليما، جامعة ليما، ليما، ليما، ليما، ليما. البريد الإلكتروني: heinnerguio@gmail.com ابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلفخوليو أ. بوتريكو، خوليو أ. بوتريكو المعهد الوطني لصحة بيرو، ليما، بيرو سيرفيسيو دي جينتيكا، المعهد الوطني لصحة النينيو سان بورخا (INSN - SB)، ليما، بيروابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف كيلي س. ليفانو، كيلي س. ليفانو إنبيوميديك مركز الأبحاث والتكنولوجيا، ليما، بيروابحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف ماريو كورنيجو- أوليفاس، ماريو كورنيجو- أوليفاس مركز أبحاث علم الوراثة العصبية، المعهد الوطني للعلوم العصبية، ليما، بيرو كلية الطب، جامعة ماياسيونال دي ماركوس ليما، بحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف مانوسورو- مانوساليس، بيلار مازيتي مركز أبحاث علم الوراثي العصبي، المعهد الوطني للعلوم العصبية، ليما، بيرو، كلية الطب، جامعة ماياسيونال دي ماركوس، ليما، بيروس، بيروسيكا، بحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف مانوسور- مانوساليس، مانوساليسو سيرفيكو- سيرفاليسيكو، معهد سانتيكو- ساليكو- ساليتيكا، نيودو- ساليكا، ليما- ساليتا، ليما- ساليتا، ليما- بوريتا، بيرو (هذه الأبحاث التي كتبها هذا المؤلف). مستشفى Guillermo Almenara Irigoyen. EsSalud, Lima, PerúSearch for more papers by this authorEduardo Acevedo - Vásquez, Eduardo Acevedo - Vásquez School of Medicine, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Lima, Perú Clínica San Felipe, Lima, PerúSearch for more papers by this authorMilagros Dueñas - Roque, Milagros Dueñas - Roque Servicio de Genética, Hospital Nacional Edgardo Rebagliati Martins, Lima, Perú Sociedad de Genética Médica del Perú, Lima, PeruSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscoya Universidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú Hospital Guillermo Kaelin de la Fuente, Lima, PerúSearch for more papers by this authorAlejandro Piscoya, Alejandro Piscidad San Ignacio de Loyola, Lima, Perú هذا المؤلفRicardo Fujita, Ricardo Fujita Centro de Genética y Biología Molecular, Universidad de San Martín de Porres, Lima, PerúSearch for more papers by this authorCesar Sanchez, Cesar Sanchez Instituto Nacional de Salud del Perú, Lima, PerúSearch for more papers by this authorSandro Casavilca - Zambrano, Sandro Casavilca - Zambrano Banco de Tejidos Tumorales, Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicasicas, Banco de Tejidos Tumorales, Lima, Perú Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, PerúSearch for more papers by this authorLuis Jaramillo - Valverde, Luis Jaramillo - Valde INBIEDIC Research and Technological Center, PeruSearch for this papers by Lima authorYasser Sullcahuaman - Allende, Yasser Sullcahuaman - Allende Instituto Nacional de Enfermedades Neoplásicas, Lima, Perú Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas UPC, Lima, Peruالبحث عن المزيد من الأبحاث التي كتبها هذا المؤلفJuan M. Iglesias - Pedraz, Juan M. Iglesias - Pedraz Universidad Científica del Sur, Lima, Perú Laboratorio de Genética Molecular y Bioquímica, Departamento de Investigación, Desarrollo e Innovación, Universidad Científica del Sur, Lima, PerúSearch for more papers by this authorHugo Abarca - Barriga, Hugo Abarca - Barriga Servicio de Genética & EIM, Instituto Nacional de Salud del Niño Breña (INS), Perua, de Facultadomología, Universiédícientica Surfientica, Lima, Perúculta Medicadina Récadina, Palicado, Palacadma Lima, Perúa published by this author: 25 ديسمبر 2018/102. Learn more.Copy URL Share a linkShare onFacebookTwitterLinkedInRedditWechat Graphical Abstract Peruvians currently maintain in their DNA the history of 2.5 million years of human evolution and 150,000 years of migration from Africa to Peru or the Americas. يظهر تطور علم الوراثة وعلم الجينوم في المجال السريري والأكاديمي في هذه المراجعة. 1 التركيبة السكانية البيروفية بيرو بلد متعدد الثقافات ومتنوع عرقيًا يقع في وسط غرب أمريكا الجنوبية. وهي رابع أكبر دولة (1،285،216 كيلومتر مربع) في منطقة في أمريكا الجنوبية، وتحدها في الشمال الإكوادور وكولومبيا، وفي الجنوب تشيلي، وجنوب شرق بوليفيا، والبرازيل في الشرق والمحيط الهادئ في الغرب. تتمتع بيرو بواحد من أكثر المناخات تنوعًا، جغرافيًا وبيئيًا في العالم، من الحلوى الاستوائية أو شبه الاستوائية إلى الجليدية في جبال المرتفعات إلى غابة الأمازون. تنقسم بيرو إلى 24 منطقة جيوسياسية مع حكومة مركزية. وفقًا لآخر تعداد وطني في عام 2017، يبلغ عدد سكان بيرو 31,237,385 نسمة (المعهد الوطني للإحصاء والمعلوماتية [INEI]، 2017). يعيش معظم سكان بيرو في المنطقة الساحلية، حيث يعيش ما يقرب من ثلث سكان البلاد في ليما، أكبر مدينة يبلغ عدد سكانها حوالي 11 مليون نسمة. لقد تغير سكان الريف والحضر على مدى السنوات الخمسين الماضية بسبب موجات الهجرة في الخمسينيات من المناطق الريفية إلى المناطق الحضرية التي تقع أساسًا في الساحل مما تسبب في انخفاض أو اختفاء المجتمعات الأصلية. يشمل نظام الرعاية الصحية في بيرو خمسة أنظمة فرعية مختلفة: (أ) وزارة الصحة التي تقدم الخدمات للأشخاص المصنفين على أنهم فقراء وفقراء للغاية (حول السكان) الذين تغطيهم SIS (التأمين الصحي المتكامل)، (ب) النظام الفرعي للضمان الاجتماعي (EsSalud) الذي يديره وزير العمل والتوظيف الذي يقدم الخدمات للموظفين الرسميين وعائلاتهم (26.7 ٪ من السكان)، (ج) النظام الفرعي للقوات المسلحة الذي يديره وزير الدفاع، (د) النظام الفرعي لقوات الشرطة الذي تديره وزارة الداخلية و (هـ) القطاع الخاص (Alcalde - Rabanal، Lazo - González، & Nigenda، 2011 ؛ Ypanaqué - Luyo & Martins، 2015). ضمن الأمراض الأكثر انتشارًا في بيرو، تتمتع أمراض الجهاز التنفسي العلوي المعدية (الفيروسية أو البكتيرية) بأعلى معدلات الاعتلال والسرطان (المعدة وعنق الرحم والرحم والثدي والبروستاتا والرئة) بأعلى معدلات الوفيات (INEI، 2015). وهذا يعطي فرصة فريدة للدراسات الوراثية المتنوعة في الأمراض المعدية وغير المعدية الأكثر انتشارًا التي تصيب سكان بيرو. 2 خدمات الرعاية الصحية لعلم الوراثة وعلم الجينوم الخدمات الوراثية في بيرو نادرة ولكنها تنمو على الرغم من القيود المفروضة على البنية التحتية والموارد البشرية المؤهلة. تقدم الخدمات الوراثية العامة القليلة جدًا المتاحة في البلاد الرعاية السريرية والاستشارات الوراثية التي يقدمها علماء الوراثة الطبية وغيرهم من المتخصصين الذين تلقوا تدريبًا على علم الوراثة. يعتمد التشخيص الجزيئي المتاح في الغالب على تقنيات الوراثة الخلوية وتقنيات التسلسل القائمة على تفاعل البوليميراز المتسلسل وتقنيات سانجر. يوجد 21 عالم وراثة طبية معتمد في السجل الوطني لكلية الطب البيروفية للأطباء (https://cmp.org.pe/conoce-a-tu-medico/) يعمل معظمهم في المستشفيات العامة داخل العاصمة. التدريب في علم الوراثة البشرية وعلم الوراثة الطبية نادر مع برنامج إقامة واحد معتمد في علم الوراثة الطبية للأطباء، وبرنامج واحد للدراسات العليا في علم الوراثة البشرية، وبرنامج واحد للدراسات العليا في علم الأحياء وعلم الوراثة والتكنولوجيا الحيوية لأخصائيي البيولوجيا الجزيئية. يتم تقديم الاستشارة الوراثية حاليًا من قبل علماء الوراثة الطبية وغيرهم من المتخصصين الذين تلقوا تدريبًا في علم الوراثة ؛ ومع ذلك، لا يوجد برنامج رسمي معتمد للاستشارة الوراثية في بيرو. بالإضافة إلى ذلك، كان التعاون الوطني والدولي حاسمًا بشكل خاص في تحليل المعلوماتية الحيوية نظرًا لعدم وجود مهنة جامعية في مجال المعلوماتية الحيوية في بيرو، حيث تعد التدريبات جزءًا فقط من الدورات التدريبية والندوات داخل بلدنا وخارجه. 2.1 فحص حديثي الولادة هناك مبادرات معزولة للمستشفيات لفحص حديثي الولادة في بيرو. بحلول عام 2012، ينص القانون على المصلحة الوطنية لوجود برنامج فحص شامل لحديثي الولادة، مع إعطاء الأولوية لفحص قصور الغدة الدرقية الخلقي (CH)، وتضخم الغدة الكظرية الخلقي (CAH)، وبيلة الفينيل كيتون (PKU)، والتليف الكيسي، وفقدان السمع وإعتام عدسة العين الخلقي (Galán - Rodas، Duenas، Obando، & Saborio 2013). حتى الآن، هناك برامج مستقلة لفحص حديثي الولادة في المستشفيات الرئيسية التابعة للنظام الفرعي لوزارة الصحة والضمان الاجتماعي (EsSalud) والقطاع الخاص. بدأ البرنامج من EsSAlud في عام 2011 (INEI، 2015)، بما في ذلك فحص CH و PKU و CAH و galactosemia (GAL) المتاح في كل مركز رعاية صحية EsSalud في جميع أنحاء البلاد. كان معدل حدوث CH و CAH و PKU و GAL 1:3,211 و 1:22,207 و 1:46,970 و 1:37,576 على التوالي (البيانات وفقًا للدكتور م. دوينياس). ومع ذلك، لم تنفذ بيرو بعد بشكل كامل البرنامج الوطني لفحص حديثي الولادة في المراكز الطبية العامة. 2.2 مراقبة العيوب الخلقية منذ عام 2012، يوجد سجل في المستشفى للعيوب الخلقية في المستشفى الثالث للنظام الفرعي للضمان الاجتماعي، وهو جزء من المساهمة في الدراسة التعاونية لأمريكا اللاتينية للتشوهات الخلقية (ECLAMC) (Cruz - Ticona et al.، 2015)، العيوب الخلقية الأكثر شيوعًا هي كما يلي: عيوب القلب الخلقية، متلازمة داون، الشفة المشقوقة و/أو الحنك، استسقاء الرأس وعيوب الأنبوب العصبي. 2.3 علم الوراثة السريري للأطفال بدأ علم الوراثة السريري في مستشفى Guillermo Almenara Irigoyen في عام 1968، مع تشوه سريري واختبار تشخيصي للنمط النووي دون ربط (Delgado - Matallana، 2000). علاوة على ذلك، ازدهر التشوه السريري في المعهد الوطني لصحة النينيو برينيا (INSN - Breña)، مع ميزة كونه المعهد الوطني التمثيلي لصحة الأطفال. على مر السنين، تم نشر كل هذه التجربة ككتاب فريد من نوعه في علم التشوه يربط صور المريض (المصرح بها من قبل الوالدين) وتفسيرًا سريريًا وجزيئيًا موجزًا للأمراض. جمعت إعادة التجميع هذه المعنونة "Atlas de Dismorfología Pediátrica" (أطلس تشوه الأطفال) أكثر من 200 متلازمة وحالات سريرية يمكن التعرف عليها مع صور مرضى بيرو (Klein، Gallardo، Chavez، & Abarca، 2012). علاوة على ذلك، تعد INSN - Breña واحدة من أكبر المؤسسات الوطنية حيث يتلقى المرضى من بيرو وداخل نظام الرعاية الصحية في وزارة الصحة التشخيص والعلاج. في الجدول 1، يمكننا ملاحظة تواتر الاضطرابات الوراثية التي تم تشخيصها في هذه المؤسسة في خدمة الخطأ الوراثي والولادي في الأيض. الجدول 1. تواتر الاضطرابات الوراثية التي تم تشخيصها في المعهد الوطني للصحة في بيرو (INSN - Breña) من 2014 إلى 2018 الاضطرابات الوراثية تشخيص متلازمة داون 1،344 12.69 التخلف النفسي الحركي 582 5.49 الإعاقة الذهنية 520 4.91 متلازمة التأخير النفسي الحركي 342 3.23 متلازمة إهلرز- دانلوس فرط الحركة 280 2.64 متلازمة الإعاقة الذهنية 267 2.52 اضطراب طيف التوحد 251 2.37 حجم قصير 202 1.91 متلازمة قصيرة 199 1.88 تأخر اللغة 191 1.8 الورم العصبي الليفي 1 159 1.5 متلازمة صغر الرأس 150 1.42 مايكروتيا 142 1.34 متلازمة تيرنر 128 1.21 فرط تنسج الشفة 117 1.1 شق الشفة الحنك 116 1.09 متلازمة التشوه 112 1.06 متلازمة غولدنهار 107 1.01 ماكولات مقهى أو لايت 106 1 خلل التنسج الهيكلي 101 0.95 متلازمة نونان 96 0.91 خلل تكوّن العظم غير الكامل 82 0.77 صغر الرأس 75 0.71 متلازمة مويبيوس 72 72 0.68 هيبوتونيا 585 0.55 عيب عصبي 563 الصرع 563 0.53 متلازمة مارانويد 0.53 اضطراب التماي الجنسي 0.53 اضطراب التمايز العضلي 0.53 ضمور ديني 0.53 تضخم عضلي 0.49 0.49 0.49 0.4 490 0.43 0.43 خلل التنسج غير المكتملية 0.43 تغيرات القلبية 0.40 0.32 اعتلال المفاصل 39 0.37 متلازمة فرط النمو 38 0.36 عديد السكاريد المخاطي 36 0.34 بولندا الشذوذ 35 0.33 إعتام عدسة العين الخلقي 34 0.32 ضخامة الرأس 34 0.32 الاعتلال العضلي 33 0.31 متلازمة ويليامز 32 0.3 ضمور العضلات الشوكي 31 0.29 تسلسل العصابات السالمة 31 0.29 فقدان السمع الحسي العصبي 30 0.28 عظم الدروز القحفي 29 0.27 متلازمة الشفة الحنكية 29 0.27 تشوه القلب 28 0.26 متلازمة بيكويث- فيدمان 24 0.23 متلازمة كروزون 24 0.23 متلازمة راسل- سيلفر 23 0.22 متلازمة مرض القلب الخلقي 21 0.2 تصلب درني 21 0.2 متلازمة سوتوس 21 0.2 0.2 الصرع الدماغي 20 0.19 Cornelia de Lange syndrome 20 0.19 Syndromic microphthalmia 19 0.18 McCune - Albright syndrome 18 0.17 Scoliosis 17 0.16 Leukodystrophy 17 0.16 Sensory - motor polyneuropathy 17 0.16 Multiple enchondromatosis 16 0.15 Holoprosencephaly 16 0.15 Hypophosphatemic rickets 16 0.15 Congenital hypothyroidism 15 0.14 Congenital lipodystrophy 15 0.14 Microphthalmia 15 0.14 Polydactyly 15 0.14 Kabuki syndrome 15 0.14 Renal tubular acidosis 14 0.13 VACTERL Association 14 0.13 Syndromic cleftate 14 0.13 Syndromic cardiac malformation 14 0.13 Meromelia 14 0.13 Micropene 14 0.13 Klippel - Feil syndrome 14 0.13 Prader - Willi syndrome 14 0.13 متلازمة فاردنبرغ 14 0.13 تدلي الجفن المقلوب 13 0.12 متلازمة القلب والوجه والجلد 13 0.12 متلازمة مارشال 13 0.12 خلل التعظم الفقاري الضلعي 12 0.11 العرن المتعدد 12 0.11 استسقاء الرأس الخلقي 12 0.11 متلازمة ضخامة الرأس 12 0.11 متلازمة أبرت 12 0.11 متلازمة باري رومبرغ 12 0.11 خلل التعظم الترقوي القحفي 11 0.1 Hypospasses 11 0.1 الشلل الدماغي الطفلي 11 0.1 المهق 10 0.09 شق الشفة 10 0.09 انشقاق المعدة 10 0.09 تسلسل بيير روبين 10 0.09 متلازمة كيلر 10 0.09 متلازمة هولت- أورام 10 0.09 التعظم التعظمي الكشفي الزندي 10 0.09 قصور الأصابع 9 0.08 خلل التنسج الجلدي الخارجي 9 0.08 تضخم الغدة الكظرية الخلقي 9 0.08 نقص الميلانين في إيتو 9 0.08 نقص المناعة الأولية 9 0.08 تشوه الشرج 9 0.08 متلازمة 3MC 9 0.08 متلازمة كوستيلو 9 0.08 متلازمة كلاينفلتر 9 0.08 متلازمة كليبل- ترينوني- ويبر 9 0.08 اعتلال عضلة القلب المتوسع 8 0.08 خلل التنسج الجلدي الخارجي الناقص التعرق 8 0.08 انفصام الدماغ 8 0.08 متلازمة فرط التنسج النصفي المتلازم 8 0.08 متلازمة روبنشتاين- تايبي 8 0.08 متلازمة ستيكلر 8 0.08 فقر الدم فانكوني 7 0.07 الركيزة الصفراوية داخل الكبدي 7 0.07 مرض شاركو- ماري- توث 7 0.07 مرض غوشيه 7 0.07 مرض الشلل العصبي العضلي 7 0.07 خلل التنسج الخلقي الأولي 7 0.07 صغر الرأس 7 0.07 هشاشة العظام 7 0.07 خزل سفلي تشنجي في الأسرة 7 0.07 متلازمة بارديت- بيدل 7 0.07 متلازمة موبيوس- شذوذ بولندا 7 0.07 متلازمة باليستر- كيليان 7 0.07 متلازمة برون- بيلي 7 0.07 متلازمة تريكورينوفالانجيال 7 0.07 التثلث الصبغي 18 7 0.07 الرنح- توسع الشعيرات 6 0.06 متلازمة الساد الخلقي 6 0.06 خلل التعظم الفكي الوعائي 6 0.06 متلازمة فوناتوسيس الصباغي 6 0.06 متلازمة تشوه الشرج والمستقيم 6 0.06 اليد المحمولة 6 0.06 متلازمة إسكوبار 6 0.06 متلازمة تريشر- كولينز 6 0.06 فقدان القزحية 5 0.05 سلس البول الصباغي 5 0.05 الورم اللمفاوي الكيسي 5 0.05 متلازمة أنجلمان 5 0.05 متلازمة كوفين- لوراي 5 0.05 متلازمة فاتكو 5 0.05 متلازمة أندروجين إنزيتوزيت 5 0.05 0.05 0.05 فرعي البلورات البلورية 5 0.05 أتاكسيا 4 0.04 نقص فوسفات الفوسفات 4 0.04 نقص هيدروجين 4 0.04 نقص الغدد 4 0.04 نقص الغدة الدماغي 4 0.04 نقص الغدة الدماغي 4 0.04 نقص الغدة الدماغي 4 0.04 شحنة الدماغية 4 0.04 متلازمة شلل 4 0.04 متلازمة هالي 4 0.04 متلازمة هاليانزي 4 0.04 متلازمة هاليفيوس 4 0.04 متلازمة هاليست 4 0.04 متلازمة هاليست 4 0.04 متلازمة هاليست 4 0.04 متلازمة هاليستروية 4 0.04 متلازمة هاليستروية 4 0.04 بروتوزية 0.04 متلازمة هاليتوزية 0.04 بروتوزية 0.04 متلازمة هاليتوزية 0.04 حالة غير معروفة 2 حالات أخرى غير معروفة. تحليل المصفوفة الصبغية الدقيقة، هو الاختبار التشخيصي السريري من الدرجة الأولى للمرضى الذين يعانون من إعاقة ذهنية واضطرابات طيف التوحد والتشوهات الخلقية (Miller et al.، 2010). تم تنفيذ هذه التقنية وتطويرها في INSN - Breña، وكشفت عن المسببات في أكثر من 50 ٪ من المرضى الذين يعانون من إعاقة ذهنية وتأخر في النمو (Abarca - Barriga، Chávez Pastor، Trubnykova، Vásquez، & Poterico، 2017)، مع استشارة وراثية سريرية سابقة. علاوة على ذلك، وجدنا متغيرات جديدة وأظهرنا كيف أدى فقدان متغيرات عدد النسخ (CNV) إلى حذف متماثل الزيجوت في جينات MPLKIP (OMIM # 609188) و SUGCT (OMIM # 609187)، والتي هي أسباب الحثل الشعري من النوع 4 وبيلة حمض الجلوتاريك من النوع 3، على التوالي (Serna - Infantes et al.، 2018). كما سمح لنا بوصف مريض مصاب بمتلازمة 18p -/18q +، مما يضيف إلى النمط الظاهري من خلال وصف البيلة الدموية المجهرية المستمرة والتضيق الأبهر الكاذب مع سماكة جدران الأبهر النازلة، مما يشير إلى التهاب شريان تاكاياسو (Poterico et al.، 2017). سمح التعاون مع علماء الوراثة الأوروبيين بتقرير عن CNVs الجديدة للتسلسل التنظيمي للقنفذ الصوتي (SHH) ZPA (ZRS) على الكروموسوم 7q36 وعلاقته بمتلازمات محددة لتعدد الأصابع. ترتبط هذه المضاعفات الدقيقة بمتلازمة لورين ساندرو وتعدد الأصابع من نوع Haas، وفقًا لطول منطقة ZRS (Lohan et al.، 2014). علاوة على ذلك، وصف علماء الوراثة البيروفيون في INSN حالات فريدة من خلل التنسج الجديري الظفرة الرقمية (Abarca et al.، 2014)، متلازمة H (Abarca Barriga، Trubnykova، Polar Córdoba، Ramos Diaz، & Aviles، 2016)، متلازمة فان دير ناب (Hamilton et al.، 2018)، ومتلازمة شواف طرابلسي (Abarca Barriga et al.، 2018). أخيرًا، سمح التعاون الدولي بتقديم تقارير عن اثنين من المتلازمات الوراثية الشائعة - وهما نونان (Kruszka et al.، 2018) وويليامز بورين (Kruszka et al.، 2018)- مع علماء الوراثة السريرية للمعهد الوطني لبحوث الجينوم البشري التابع للمعاهد الوطنية للصحة ؛ ومع علماء الوراثة الآخرين من مواقع مختلفة في العالم، مما يساهم في مجال الوراثة السريرية في جميع أنحاء العالم. سمح قرار سياسي لسكان بيرو بالحصول على مؤسسة جديدة للرعاية الصحية للأطفال. يسمى هذا المعهد المتخصص المعهد الوطني لصحة الأطفال في سان بورخا (INSN - SB) وهو مركز مرجعي وطني للحالات المعقدة التي تتطلب العلاج الجراحي أو الزرع. بدأت خدمة علم الوراثة في عام 2015، مع تطور سريع في الأنشطة السريرية والمخبرية. يتم إجراء الاستشارات الوراثية السريرية في INSN - SB من قبل خمسة علماء وراثة سريريين، يقدرون 400 مريض يحضرون كل شهر تقريبًا. التشخيص الأكثر شيوعًا هو متلازمة داون. يشمل التقييم عددًا متزايدًا من المرضى الذين يعانون من تشخيص حالات شذوذ القلب (على سبيل المثال، الانقسام المغاير، اعتلال عضلة القلب المتوسع)، أو الاضطرابات العصبية (على سبيل المثال، الصرع، الإعاقة الذهنية، فقدان السمع) أو الاضطرابات السلوكية (على سبيل المثال، التوحد). تم تنفيذ التحليلات الوراثية الخلوية منذ إنشاء خدمة علم الوراثة في INSN - SB، ومعظمها للتحليلات الدستورية. بالإضافة إلى ذلك، هناك دراسات لنخاع العظام للأطفال المصابين بسرطان الدم، واختبار هشاشة الكروموسوم لتشخيص فقر الدم فانكوني - كونه المركز الفريد الذي يقوم بهذا الاختبار في بيرو. منذ عام 2016، تم تحليل أكثر من 500 عينة دم وما يقرب من 200 عينة من نخاع العظم. من ناحية أخرى، تم تحليل أكثر من 600 عينة للكشف عن التغيرات الجينية في المرضى الذين يعانون من الأورام الدموية. تتضمن المشاريع البحثية الجارية ذات الاستثمار المؤسسي حالات شذوذ القلب وعلم الوراثة الدوائي لدى الأطفال المصابين بسرطان الدم. تعمل INSN - SB على القضايا الإدارية واللوجستية للحصول على المعدات والموارد البشرية لتنفيذ اختبار اللوحة الوراثية باستخدام تسلسل الجيل التالي (NGS) في أمراض الأطفال، مثل الشذوذ القلبي ومتلازمات فشل نخاع العظام وغيرها. 2.4 علم الوراثة السرطانية بدأت الوراثة السريرية والمشورة في علم الأورام في عام 2006 في المعهد الوطني للأمراض السرطانية (INEN) كمبادرة بحثية بتمويل عام. منذ ذلك الوقت، كانت الاستشارات الوراثية تتزايد ليس فقط من حيث الأعداد ولكن أيضًا في الظروف السريرية مع التعاون الداخلي والخارجي، حيث أن المزيد من الأطباء غير الوراثيين على دراية بالحالات الوراثية. علاوة على ذلك، فإن التدريب السريري على علم الوراثة لديه INEN كعقدة فريدة لعلماء الوراثة الطبية في المستقبل. حضر أكثر من 1500 مريض استشارة أخصائي علم الوراثة السريري ؛ حتى لو كانت الإشارة إلى الاستشارة الوراثية في INEN أقل من 5 ٪ سنويًا. على سبيل المثال، يمثل سرطان الثدي الاستشارة الأكثر تكرارًا في وحدة البيولوجيا الجزيئية وعلم الوراثة في INEN (Manrique, Sullcahuamán - Allende, & Limache - García, 2013). يؤدي التعاون مع المؤسسات الأجنبية مثل عيادة مدينة الأمل الخاصة إلى جعل علماء الوراثة السريرية في بيرو جزءًا من الأبحاث السريرية حول السرطان الوراثي أو العائلي في بيرو. Abugattas et al. (2015) صورت في مجموعة غير مختارة من النساء المصابات بسرطان الثدي أن 5 ٪ حملن BRCA1 (OMIM #113705) أو BRCA2 (OMIM # 600185) تغييرات جينية محددة (لوحة المتغيرات اللاتينية). كان BRCA1 185delAG هو المتغير الأكثر شيوعًا لدى هؤلاء المرضى. ومع ذلك، فإن التكنولوجيا المستخدمة لتحديد الفرص الجينية تنطوي على فهرس من المتغيرات اللاتينية التي أكدها تسلسل سانجر، لا تنطوي على أنواع أخرى من التغيرات الجينية المسببة للأمراض. يسمح التعاون طويل الأمد مع City of Hope - من خلال مشروع بحثي مستمر - بتقارير عن متغيرات السلالة الجرثومية للمرضى الذين يحضرون استشارة الاستشارات الوراثية في INEN. تساعد المعلومات الوراثية علماء الوراثة على تقديم المشورة الوراثية المناسبة، والإدارة المناسبة. ستسمح أحدث التقنيات الحالية (أي NGS) المطبقة محليًا في INEN لمزيد من المرضى بالتقييم والاستشارة الوراثية. من ناحية أخرى، سمحت البيانات السريرية والمخبرية لعلماء الوراثة في بيرو بتأسيس تعاون دولي ليس فقط في مجال المتلازمات الوراثية لسرطان الثدي العائلي (Abugattas et al.، 2015)، ولكن أيضًا في سرطان القولون والمستقيم (CRC) (Rossi et al.، 2017) والاستعداد لسرطان المعدة (GC) (Slavin et al.، 2017)، من بين أمور أخرى. علاوة على ذلك، نشأت تعاونات دولية سريرية أخرى بشأن اتفاقية حقوق الطفل واتفاقية جنيف. على سبيل المثال، دراسة كبيرة شملت 362 مريضًا من مرضى GC من ليما، بيرو مولعين بأن IRF4 (OMIM # 601900)، ELMO1 (OMIM # 606420)، CLIP4 (OMIM # 605736) و MSC (OMIM # 603628) مقترنة بـ GDMI > 4 هي أدوات جزيئية مفيدة لتقسيم مخاطر GC في الخزعات بالمنظار (Pirini et al.، 2017). لم تجد دراسة مثيرة للاهتمام في البيروفيين الأصليين (الكيتشوا من جبال الأنديز الوسطى) ارتباطًا بين SNPs المرشحة و GC (Zamudio et al.، 2016). وضعت عشرون في المائة من بلدان أمريكا اللاتينية مبادئ توجيهية للكشف المبكر عن اتفاقية حقوق الطفل، وفي السنوات الأخيرة مع ظهور NGS، أجريت العديد من الاختبارات للكشف عن متلازمات السرطان الوراثية، وخاصة متلازمة لينش. أفادت هذه الدراسات في أمريكا اللاتينية أن حوالي 18 ٪ من المرضى الذين تم تشخيصهم في سن مبكرة لديهم متغيرات مسببة للأمراض في الجينات غير المرتبطة تقليديًا بـ CRC (على سبيل المثال، ATM [OMIM # 607585]، CHEK2 [OMIM # 604373]، BRCA1، BRCA2، CDKN2A [OMIM # 600160]، PALB2 [OMIM # 610355]). كانت المتغيرات المسببة للأمراض MHL1 (OMIM #120436) أكثر شيوعًا في المرضى من بيرو والمكسيك وتشيلي، في حين حدثت المتغيرات المسببة للأمراض MSH2 (OMIM # 609309) في الغالب في المرضى من كولومبيا والأرجنتين (Ñique Carbajal، Sánchez Renteria، Lettiero، Wernhoff، & Domínguez - Valentin، 2014 ؛ Rossi et al.، 2017). 2.5 علم الوراثة في أمراض المناعة الذاتية تم نشر العديد من المخطوطات حول الجوانب الوراثية لأمراض المناعة الذاتية في سكان بيرو ؛ معظمها كانت جهودًا تعاونية. وشملت هذه الدراسات مرضى المستشفيات من المستوى الثالث، ولا سيما مستشفيات غييرمو ألمينارا إيريغوين وإدغاردو ريباغلياتي مارتينز من نظام الضمان الاجتماعي، وفي مستشفى كايتانو هيريديا من نظام وزارة الصحة. اعتمدت دراسات محددة على اضطرابات المناعة الذاتية، مثل التهاب المفاصل الروماتويدي (RA)، والذئبة الحمامية الجهازية (SLE)، والتهاب المفاصل الفقارية (SpA) والتهاب الكبد المناعي الذاتي. تم الإبلاغ عن متغير جديد HLA - DRB1 (OMIM # 142851) (14:02) في أول من هذا النوع من الدراسات البيروفية حول التهاب المفاصل الروماتويدي في عام 2001 (Castro et al.، 2001). تضمن التحليل التلوي لتعدد الأشكال HLA - DQA1 (OMIM # 146880) في سكان أمريكا اللاتينية تقريرين من بيرو حول هذه المسألة: من مستشفى Guillermo Almenara Irigoyen ومستشفى جيش القوات الجوية (Delgado - Vega & Anaya، 2007). وجد تعاون آخر من أمريكا اللاتينية - جينوم اتحاد شبكة RA (GENAR)- أنه كلما زاد أصل الهنود الأمريكيين، انخفضت احتمالات استيفاء العديد من معايير RA (Sánchez et al.، 2017). من ناحية أخرى، يمكن أن يكون لدى أحفاد الهنود الأمريكيين مواضع وراثية جديدة مرتبطة بالتهاب المفاصل الروماتويدي (Herráez et al.، 2013). في مرض الذئبة الحمراء، يعد مستشفيان في بيرو (مستشفيان غييرمو ألمينارا إيريغوين وإدغاردو ريباجلياتي مارتينز) جزءًا من GENLES (Genoma de Lupus Eritematoso Sistémico Network consortium/Genome of SLE network consortium) وهي أكبر دراسة وراثية في سكان أمريكا اللاتينية. أفادت هذه المجموعة أن أصل الهنود الحمر يرتبط بحمل وراثي أعلى من أليلات خطر الذئبة الحمراء مقارنة بالقوقازيين (سانشيز وآخرون، 2010) وبمرض أكثر حدة (سانشيز وآخرون.، 2012). ومع ذلك، عندما تمت مقارنة مجموعتين من أصول متشابهة (LUMINA [Lupus in Minorities: Nature vs. Nurture] و GLADEL [Grupo Latino Americano de Estudio de Lupus/Latin American Group for the Study of SLE])، لا يمكن تفسير اختلافات النتائج من خلال أصل هندي أمريكي (Ugarte - Gil et al.، 2015). علاوة على ذلك، أبلغت GENLES، بالتعاون مع مجموعات أخرى من الولايات المتحدة وأوروبا، عن العديد من المواقع الجديدة (Langefeld et al.، 2017 ؛ أوغارتي- جيل وآخرون.، 2015). كجزء من فوج مرض الذئبة الحمراء البيروفي المسمى Almenara Lupus Cohort، بدأت دراسة نقص الميثيل في مرضى مرض الذئبة الحمراء بالتعاون مع جامعة كاليفورنيا في سان فرانسيسكو (UCSF). فيما يتعلق بـ SPA ومخاطرها الوراثية الرئيسية (أي HLA - B27 [OMIM # 142830])، أبلغ سكان بيرو من مستشفى Cayetano Heredia في عام 1981 (Alarcon et al.، 1981) عن تردد منخفض لمستضد HLA - B27. يؤثر هذا التحقق على مرضى SPA البيروفيين (Cuchacovich et al.، 2002)، شرح