Molecular biology characterization of Fusarium redolens in blackberry (Rubus glaucus Benth.) of Rafael Delgado, Veracruz.

Caracterización de Fusarium redolens mediante biología molecular en zarzamora (Rubus glaucus Benth.) de Rafael Delgado, Veracruz.

Fusarium redolens is a saprophyte that mainly affects the base of the stem and roots of blackberry plants (Rubus glaucus Benth), causing wilting. This issue occurs in the municipality of Rafael Delgado, Veracruz, leading to production reductions of up to 50%. The objective was to identify the phytopathogen. The inoculum was obtained through a 100-meter transect, collecting 12 diseased plants. The vegetative material was transferred to the UV-FCQ laboratory for sowing, isolation, and purification of the ascomycete on PDA. The pathogenicity revalidation was carried out following Koch's postulates in healthy blackberry plants. Molecular characterization was performed by comparing two DNA extraction methods: heat shock and CTAB buffer. Subsequently, ITS4 and ITS5 primers were used to sequence the ITS region using the Sanger technique. The sequences were aligned and compared using BLASTn with sequences from GenBank, confirming the identity of the pathogen with 94% coverage and a match of 534/535 with the F. redolens sequence (Gene ID MN486568.1), as well as the phylogenetic tree. These results highlight the need to develop phytosanitary management strategies to minimize economic losses. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Fusarium redolens es un saprofito que afecta principalmente la base del tallo y las raíces de las plantas de zarzamora (Rubus glaucus Benth) causando marchitez. Este problema se presenta en el Municipio de Rafael Delgado Veracruz, generando reducción en producción de hasta el 50%. El objetivo fue identificar al fitopatógeno. El inóculo se obtuvo mediante un transecto en banda de 100 metros, colectando 12 plantas enfermas. El material vegetativo se trasladó al laboratorio de la UV-FCQ., para la siembra, aislamiento y purificación en PDA del ascomiceto. La revalidación de la patogenicidad se llevó a cabo siguiendo los postulados de Koch en plantas sanas de zarzamora. La caracterización molecular se efectuó comparando dos métodos de extracción de ADN: Choque térmico y buffer CTAB. Posteriormente, se utilizaron primers ITS4 e ITS5, se secuenció la región ITS aplicando la técnica de Sanger. Las secuencias fueron alineadas y comparadas empleando BLASTn con secuencias del GenBank, confirmando así la identidad del fitopatógeno con una cobertura de 94% y match de 534/535 con la secuencia de F. redolens, (Gene ID MN486568.1) así como el árbol filogenético. Con lo anterior subrayan la necesidad de desarrollar estrategias de manejo fitosanitario para minimizar las pérdidas económicas. [ABSTRACT FROM AUTHOR]