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Análisis genético-molecular de genotipos regionales de arroz cultivados en la región de la Mojana en Colombia a través de polimorfismos de un solo nucleótido.
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- معلومة اضافية
- Alternate Title:
Genetic-molecular analysis of regional rice genotypes cultivated in the Mojana Region in Colombia through single nucleotide polymorphisms..
- نبذة مختصرة :
This study analyzed the genetic variants present in local rice varieties preserved in the Plant Germplasm Bank (BGV) of AGROSAVIA in Colombia. The main purpose was to identify genetic duplicates, potential contaminations, determine the genetic structure, and compare the genetic diversity of these materials with rice accessions preserved in two of the most important rice germplasm banks in the world: the IRRI in the Philippines and the CNCGB in China. A total of 56 rice accessions, along with four commercial varieties, were analyzed and compared with over 3,000 reference genomic sequences of rice belonging to different genetic groups reported for this species. The results revealed the presence of 42,629 genetic variants of the SNP type in the BGV accessions, of which 23,456 SNPs were common when compared to the reference sequences. It was observed that the BGV accessions showed low levels of heterozygosity, with the majority having an ancestry from the Tropical Japonica group, followed by a smaller proportion of genotypes with ancestry from the Indica E group. Additionally, it was highlighted that the rice collection in the BGV includes unique and distinct genotypes compared to those preserved in the IRRI and CNCGB banks. These findings have significant implications for the conservation and utilization of regional rice germplasm in Colombia, as they provide valuable information about its diversity and genetic purity. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
- نبذة مختصرة :
En este estudio, se analizaron las variantes genéticas presentes en las variedades locales de arroz conservadas en el Banco de Germoplasma Vegetal (BGV) de AGROSAVIA en Colombia. El propósito principal fue identificar duplicados genéticos, posibles contaminaciones, determinar la estructura genética y comparar la diversidad genética de estos materiales con las accesiones de arroz conservadas en dos de los bancos de germoplasma de arroz más importantes en el mundo: el IRRI de Filipinas y el CNCGB de China. Se analizaron un total de 56 accesiones de arroz, junto con cuatro variedades comerciales, y se compararon con más de 3,000 secuencias genómicas de referencia de arroz pertenecientes a los diferentes grupos genéticos reportados para esta especie. Los resultados revelaron la presencia de 42,629 variantes genéticas de tipo SNP en las accesiones del BGV, de las cuales 23,456 SNPs fueron comunes al compararlas con las secuencias de referencia. Se observó que las accesiones del BGV presentan niveles bajos de heterocigosidad y que la mayoría de ellas tienen una ancestría del grupo Japonica Tropical, seguida de una menor proporción de genotipos con ancestría del grupo Indica. Además, se destacó que la colección de arroz del BGV incluye genotipos únicos y diferenciales en comparación con los conservados en los bancos del IRRI y del CNCGB. Estos hallazgos tienen implicaciones significativas para la conservación y utilización del germoplasma de arroz regional en Colombia, ya que proporcionan información valiosa sobre su diversidad y pureza genética. [ABSTRACT FROM AUTHOR]
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