Comparative Study of Genomic DNA Extraction Protocols from Whole Blood for P53 Gene Polymorphism in Persons with and without Prostate Cancer.

دراسة مقارنة لبروتوكولات استخراج الحمض النووي الجينومي من الدم الكامل لتعدد الأشكال الجيني في جين P53 لدى الأشخاص الطبيعيين والمصابين بسرطان البروستات.

In latest decades, genetic methods have developed into a potent tool in a number of life-attaching applications. In research looking at demographic genetic diversity, QTL detection, marker-assisted selection, and food traceability, DNA-based technologies like PCR are being employed more and more. These approaches call for extraction procedures that provide efficient nucleic acid extraction and the elimination of PCR inhibitors. The first and most important stage in molecular biology is the extraction of DNA from cells. For a molecular scientist, the high quality and integrity of the isolated DNA as well as the extraction method's ease of use and affordability are crucial factors. The present study was designed to establish a simple, fast and inexpensive method for DNA extraction from human peripheral blood (normal male n=2, age 24 years old, patient male (prostate cancer) n=2, age 65 years old) by comparing between them, and aimed to standardize a protocol of DNA extraction using five extraction protocols. The first method was the modified organic method by using sodium perchlorate instead of organic solvent (phenol, chloroform), sodium perchlorate advantage comes from its cheap price and low storage and shipping requirements, the second was the enzymatic method by using proteinase K, third method was done by using detergent, the fourth used phenol-chloroform; finally fifth one was salting out method. The result showed that the organic method gives a good DNA yield and needs relatively short time while the enzymatic method gives an excellent DNA purity which are more suitable for PCR by comparing five protocols using the spectrophotometer and Nanodrop technetium in addition to electrophoresis. Through the use of the five suggested procedures, the PCR multiplication of the P53 gene with the isolated DNA was effectively carried out. This indicates that, with the exception of the detergent approach, there were no significant inhibiting substances for Taq polymerase in the final solution. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

في العقود الأخيرة ، تطورت الأساليب الجينية لتصبح أداة فعالة في عدد من التطبيقات الملامسة للحياة في الأبحاث التي تبحث في التنوع الجيني الديموغرافي ، واكتشاف QTL ، والاختيار بمساعدة الواسمات ، وتتبع الطعام ، يتم استخدام التقنيات القائمة على الحمض النووي مثل PCR أكثر فأكثر. تستدعي هذه الأساليب إجراءات الاستخراج التي توفر استخلاصا فعالا للحمض النووي والتخلص من مثبطات تفاعل البوليميراز المتسلسل المرحلة الأولى والأكثر أهمية في البيولوجيا الجزيئية هي استخراج الحمض النووي من الخلايا. بالنسبة للعالم الجزيئي ، تعد الجودة العالية وسلامة الحمض النووي المعزول بالإضافة إلى سهولة استخدام طريقة الاستخراج والقدرة على تحمل التكاليف من العوامل الحاسمة. صُممت الدراسة الحالية لتأسيس طريقة بسيطة وسريعة وغير مكلفة لاستخراج الحمض النووي من الدم المحيطي البشري ذكر طبيعي ن = 2 ، عمر 24 سنة ، ذكر مريض سرطان البروستات) ن = 2 ، عمر 65 سنة) من خلال المقارنة بينهما ، وتهدف إلى توحيد بروتوكول استخراج الحمض النووي باستخدام خمسة بروتوكولات استخراج. كانت الطريقة الأولى هي الطريقة العضوية المعدلة باستخدام فوق كلورات الصوديوم بدلاً من المذيب العضوي الفينول ، الكلوروفورم) ، وتأتي ميزة فوق كلورات الصوديوم من سعرها الرخيص ومتطلبات التخزين والشحن المنخفضة ، والطريقة الثانية كانت الطريقة الأنزيمية باستخدام بروتينيز K ، والطريقة الثالثة باستخدام المنظف ، و الطريقة الرابعة باستخدام الفينول كلوروفورم ، وأخيرًا الطريقة الخامسة كانت طريقة التمليح. أظهرت النتيجة أن الطريقة العضوية تعطي إنتاجية جيدة من الحمض النووي وتحتاج إلى وقت قصير نسبيًا بينما تعطي الطريقة الأنزيمية نقاءًا ممتازًا للحمض النووي وهو أكثر ملاءمة لـ PCR من خلال مقارنة خمسة بروتوكولات باستخدام مقياس الطيف الضوئي وتقنية Nanodrop بالإضافة إلى الترحيل الكهربائي من خلال استخدام الإجراءات الخمسة المقترحة ، تم تنفيذ مضاعفة PCR للجين P53 مع الحمض النووي المعزول بشكل فعال. يشير هذا إلى أنه ، باستثناء طريقة المنظفات ، لم تكن هناك مواد مثبطة كبيرة لـ Taq polymerase في المحلول النهائي. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Baghdad Science Journal is the property of Republic of Iraq Ministry of Higher Education & Scientific Research (MOHESR) and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)