Phylogenetic tree analysis based on the 16S sequence alignment for Klebsiella spp. isolated from different sources.

المعزولة من pssKlebsiella لجنس S تحليل الذجرة اله ا رثية بالاعتماد على تدلدل جين 61 مرادر مختلفة

لد ا رسة التطهروالترشيف البكتيري بهاسطة جيشات ال S rRNA شسمت الد ا رسة استعسال جين لتذخيص وتحديد الدمف . تيدف ىذه الد ا رسة إلى التحقيق ، لأول مرة ، في العلاقة بين housekeeping السعزولة من العيشات الدريرية والبيئية في الع ا رق. Klebsiella spp تم عزليا من مرادر سريرية وبيئية مختمفة, ) 20 ( عزلت من Klebsiella spp 05 عزلة من بكتريا ) و ) 20 )Apium graveolens ) مرادر مختمفة من الخزروات الطازجة في الأسهاق الع ا رقية السحمية عزلة من العيشات الدريرية ) البمغم, مدحات الجروح, الاد ا رر( . البكتريا السعهية تم عزليا عمى أوساط انتقائية وتف ريقية وشخرت بهاسطة استعسال جياز الفايتك 16 تم SrRNA لمعزلات السختارة . جين PCR وعسل DNA تم استخلاص الدنا الكمي . vitek-2 27F تزخيسو باستعسال الب ا ريسر (5'-GGTTACCTTGTTACGACTT- 5) و (’ 3 '-AGAGTTTGATCCTGGCTCAG-3') 16 بين بعض العزلات السحمية ، وتست مقارنة الشتائج مع s RNA 1492 . تم تحميل تدمدل الجيشات R Klebsiella الأنهاع الأكثر شيهعًا في كمبديلا كانت .NCBI البيانات القياسية من سلالات مساثمة في و ozaenae (Kpo)eKlebsiella pneumonia يتبعيا pneumoniae pneumoniae (Kpp) أظيرت نتائج تحديد الأنهاع والأنهاع الفرعية باستخدام اختبار الكيسياء الحيهية . Klebsiella oxytoca (Ko) عمى أنيا أكثر دقة من استخدام الب ا ريسر العام. أظيرت نتائج تحميل الذجرة اله ا رثية وجهد تذابو )vitek-2( وثيق ندبي اً بين جسيع عزلات الكمبديلا التي تم تحميميا وكذفت عن السدافة اله ا رثية بين الأنهاع السعزولة من Klebsiella لتذخيص بكتريا (Universal( انهاع الكمبديلا. كذفت نتائجشا السيزة الرئيدية لاستعسال ب ا ريسر الاصل من الطبيعة. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

16S ribosomal RNA (16S rRNA) gene sequences used to study bacterial phylogeny and taxonomy have been by far the most common housekeeping genetic marker utilized for identification and ancestor determination. This study aimed to investigate, for the first time, the relationship between Klebsiella spp. isolated from clinical and environmental samples in Iraq. Fifty Klebsiella spp. isolates were isolated from clinical and environmental sources. Twenty-five isolates were collected from a fresh vegetable (Apium graveolens) and 25 from clinical samples (sputum, wound swab, urine). Enteric bacteria were isolated on selective and differential media and identified by an automatic identification system, vitek-2. The total DNA was extracted and PCR amplified for selected isolates. The 16S rRNA gene was amplified by using the universal primer 27F (5'- AGAGTTTGATCCTGGCTCAG- 3') and 1492R (5'- GGTTACCTTGTTACGACTT- 3'). The 16SrRNA gene sequence was analysed among some local isolates, and the results were compared with the standard data of similar registered strains in NCBI. The most common species of Klebsiella was Klebsiella pneumoniae pneumoniae (Kpp), followed by Klebsiella pneumoniae ozaenae (Kpo) and Klebsiella oxytoca (Ko). The results of the identification of species and sub species by using the biochemical test (vitek-2) were more precise than those obtained by the use of the universal primer.Phylogenetic tree strategies have clearly indicated a relatively close similarity amongst all analysed Klebsiella isolates and revealed the intra-species genetic distance between the individual isolates of the Klebsiella spp. In conclusion, our results revealed the main advantage of using universal primers for the identification of Klebsiella spp. and their root from nature. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Copyright of Iraqi Journal of Science is the property of Republic of Iraq Ministry of Higher Education & Scientific Research (MOHESR) and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.)