Aislamiento de microRNAs a partir de células clorofílicas de Bouteloua gracilis y su caracterización in silico.

Isolation of microRNAs from Bouteloua gracilis chlorophyllous cells and their in silico characterization.

Bouteloua gracilis is a grass native to Mexico, it is used as forage source for livestock because of its high nutritional value. It has high tolerance to osmotic stress and therefore can live in arid zones; however, regulation mechanisms in gene expression that confer these characteristics have not been reported. There is a class of small RNAs (sRNAs) called microRNAs (miRNAs), which regulate gene expression. They are complementary and act by binding to messenger RNAs (mRNAs to inhibit translation or by degrading them. In this work, the isolation of sRNAs from B. gracilis through cloning and sequencing of concatemers is reported. In silico analysis of the sequences obtained allowed to identify conserved sequences in Populus trichocarpa, Brachypodium distachyon, Oryza sativa, Sorghum bicolor, Zea mays, Malus domestica, and Linum usitatissimum. Furthermore, the secondary structure of the miRNA precursor (premiRNA) was predicted from two sequences isolated from In silico analysis using Glycine max, Zea mays, Sorghum bicolor, and Oryza sativa as reference genomes. Finally, six target mRNAs were identified for one of the miRNAs obtained. Identification of miRNAs in Bouteloua gracilis will help to understand how these molecules regulate gene expression and in the future will allow for the study at molecular level, providing insight on how this grass responds to environmental stress. [ABSTRACT FROM AUTHOR]

Bouteloua gracilis es un pasto nativo del norte de México, que es utilizado como fuente de forraje para el ganado por su alto contenido nutritivo; tiene elevada tolerancia al estrés osmótico que le permite vivir en climas secos; sin embargo, los mecanismos moleculares que le confieren esta tolerancia aún no se han reportado. Existe una clase de RNAs pequeños (sRNAs) llamados microRNAs (miRNAs), que se unen por complementariedad a RNAs mensajeros blanco, etiquetándolos para su degradación o supresión de la traducción. En este trabajo se reporta el aislamiento de sRNAs de B. gracilis, a través de la clonación de concatámeros y su secuenciación. El análisis in silico de la secuencias, permitió la identificación de miRNAs conservados en B. gracilis y reportados en Populus trichocarpa, Brachypodium distachyon, Oryza sativa, Sorghum bicolor, Zea mays, Malus domestica y Linum usitatissimum. Además, se predijo la estructura secundaria de los precursores de dos miRNAs (pre-miRNAs), usando como referencia los genomas de Glycine max, Zea mays, Sorghum bicolor y Oryza sativa. Finalmente, se identificaron seis mRNAs blanco para uno de ellos. La identificación de miRNAs en Bouteloua gracilis, ayudará a comprender como estas moléculas regulan la expresión genética en esta especie, y sus relaciones con los mecanismos de respuesta a estrés ambiental. [ABSTRACT FROM AUTHOR]