Contributors: Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB); Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM); Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT); Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3); Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Communauté d'universités et établissements de Toulouse (Comue de Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC); Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Service d'Oncologie Médicale CHRU Besançon; Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon)-Université de Franche-Comté (UFC); Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC)-Université Bourgogne Franche-Comté COMUE (UBFC); Interactions hôte-greffon-tumeur, ingénierie cellulaire et génique - UFC (UMR INSERM 1098) (RIGHT); Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Établissement Français du Sang Bourgogne-Franche-Comté Besançon (EFS BFC - Besançon); Établissement Français du Sang La Plaine Saint-Denis (EFS)-Établissement Français du Sang La Plaine Saint-Denis (EFS)-Université de Franche-Comté (UFC); Institut Pasteur Paris (IP); Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189 (CRIStAL); Centrale Lille-Université de Lille-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS); Agence Nationale de la Recherche grants ANR-18-CE45-0020, ANR-22-CE45-0007, ANR-19-CE45-0008, PIA/ANR16-CONV-0005, ANR-19-P3IA-0001. Immun4Cure IHU “Institute for innovative immunotherapies in autoimmune diseases” (France 2030 / ANR-23-IHUA-0009). European Union’s Horizon 2020 research and innovation program, Marie Skłodowska-Curie grant agreements No. 872539 and 956229.; ANR-18-CE45-0020,Transipedia,Signatures transcriptionnelles pour une analyse RNA-seq globale(2018); ANR-22-CE45-0007,full-RNA,Fouille non biaisée dans les banques de données RNA-seq massives(2022); ANR-19-CE45-0008,SeqDigger,Moteur de recherche de donne´es de se´quenc¸age en ge´nomique environnementale(2019); ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016); ANR-19-P3IA-0001,PRAIRIE,PaRis Artificial Intelligence Research InstitutE(2019); ANR-23-IAHU-0009,IMMUN4CURE,Institut des maladies auto-immunes et des immunothérapies innovantes(2023); European Project: 872539,H2020-MSCA-RISE-2019,H2020-MSCA-RISE-2019,PANGAIA(2020); European Project: 956229,H2020-MSCA-ITN-2020,H2020-MSCA-ITN-2020,ALPACA(2021)
نبذة مختصرة : International audience ; Indexing techniques relying on k-mers have proven effective in searching for RNA sequences across thousands of RNA-seq libraries, but without enabling direct RNA quantification. We show here that arbitrary RNA sequences can be quantified in seconds through their decomposition into k-mers, with a precision akin to that of conventional RNA quantification methods. Using an index of the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) collection consisting of 1019 RNA-seq samples, we show that k-mer indexing offers a powerful means to reveal non-reference sequences, and variant RNAs induced by specific gene alterations, for instance in splicing factors.
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